[BSICoS_AI_Gen] Tabla máster de variables demográficas - UKBiobank

[Julia Ramírez]

Perfecto chicos,

Muchísimas gracias,

Julia

On 09/01/2025 14:48, Ángela Hernández Mendoza wrote:
> Buenos días a todos,
>
> Este email es para informaros sobre los nuevos archivos que han sido 
> subidos al clúster en relación a los datos de UKBiobank, en concreto a 
> la carpeta /mnt/cephfs/home/bio/shared/database/UKBiobank/Covariates/.
>
> En esta carpeta, podréis encontrar los siguientes archivos:
>
> (1) *Tabla máster con variables demográficas* de nuestro interés, para 
> todos los sujetos, en las 4 visitas y todas las instancias 
> disponibles. Esta tabla tiene el nombre de: 
> _demographics_all_filtered_250109.tsv.gz. _
> En ella, podéis encontrar una fila por cada sujeto incluido en la 
> aplicación 8256, es decir, un total de 502 131 sujetos únicos (¡OJO! 
> En esta tabla ya han sido excluidos los sujetos que han solicitado 
> dejar de formar parte de la base de datos de UKB). En cada columna se 
> recoge cada variable demográfica según su código, diferenciando el 
> número de la visita con la letra i (son 4 visitas en total, pero se 
> contabilizan desde 0 hasta 3) y la instancia (misma medida realizada 
> varias veces en una misma visita), denominada con la letra a.
>
> (2) *Jupyter notebook para extracción de tablas del RAP*. Este script 
> tiene el nombre de: _extract_covar_ukbb_250109.ipynb. _
> Este cuaderno consiste en un script (originalmente creado por Julia y 
> posteriormente editado por Josseline) que hemos editado Lalo y yo para 
> que tan solo realice la tarea de extracción de variables de interés a 
> partir un archivo *.txt en el que se introducen a mano los código del 
> Showcase de UKB que nos interesen. Este cuaderno está preparado para 
> no necesitar ser editado y no realiza ningún filtrado posterior de los 
> datos.
>
> (3) *Listado de códigos* de las variables de interés (mencionado 
> anteriormente). Este listado tiene el nombre de: _code_fields.txt. _
> En este listado se incluyen los códigos de las variables que a día de 
> hoy nos interesan, pero podría modificarse en el futuro cuando existan 
> otras variables de interés y necesite ejecutarse el notebook en el RAP 
> de nuevo.
>
> (4) Archivo de excel con la *descripción de los códigos* de las 
> variables de interés. Este archivo tiene el nombre de: 
> _lista_variables_UKB_v3.xlsx. _
> En este archivo se recogen los distintos códigos (obtenidos a partir 
> del Showcase de UKBiobank) que a día de hoy interesan a nivel grupal. 
> Este es un archivo de consulta para conocer rápidamente qué significan 
> las columnas de la Tabla máster.
>
> (5) Un *_README.txt_ *donde se recoge de forma resumida lo comentado 
> en las líneas anteriores.
>
> Espero haberme explicado de la mejor manera posible, cualquier 
> consulta no dudéis en comentarnos.
>
> Un abrazo,
> Ángela
>
>
>
>
>
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