<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
</head>
<body>
<p>Perfecto chicos,</p>
<p>Muchísimas gracias,</p>
Julia
<p></p>
<div class="moz-cite-prefix">On 09/01/2025 14:48, Ángela Hernández
Mendoza wrote:<br>
</div>
<blockquote type="cite"
cite="mid:CAOYqZGcLAubac9wLy3uid4qiF9ODLuCE5K064u-bgUhnVcUiEg@mail.gmail.com">
<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">
<div dir="ltr">Buenos días a todos,
<div><br>
</div>
<div>Este email es para informaros sobre los nuevos archivos que
han sido subidos al clúster en relación a los datos de
UKBiobank, en concreto a la
carpeta /mnt/cephfs/home/bio/shared/database/UKBiobank/Covariates/.</div>
<div><br>
</div>
<div>En esta carpeta, podréis encontrar los siguientes archivos:<br>
<br>
(1) <b>Tabla máster con variables demográficas</b> de
nuestro interés, para todos los sujetos, en las 4 visitas y
todas las instancias disponibles. Esta tabla tiene el nombre
de: <u>demographics_all_filtered_250109.tsv.gz. </u></div>
<div>En ella, podéis encontrar una fila por cada sujeto incluido
en la aplicación 8256, es decir, un total de 502 131 sujetos
únicos (¡OJO! En esta tabla ya han sido excluidos los sujetos
que han solicitado dejar de formar parte de la base de datos
de UKB). En cada columna se recoge cada variable
demográfica según su código, diferenciando el número de la
visita con la letra i (son 4 visitas en total, pero se
contabilizan desde 0 hasta 3) y la instancia (misma medida
realizada varias veces en una misma visita), denominada con la
letra a. </div>
<div><br>
</div>
<div>(2) <b>Jupyter notebook para extracción de tablas del RAP</b>.
Este script tiene el nombre de: <u>extract_covar_ukbb_250109.ipynb. </u></div>
<div>Este cuaderno consiste en un script (originalmente creado
por Julia y posteriormente editado por Josseline) que hemos
editado Lalo y yo para que tan solo realice la tarea de
extracción de variables de interés a partir un archivo *.txt
en el que se introducen a mano los código del Showcase de UKB
que nos interesen. Este cuaderno está preparado para no
necesitar ser editado y no realiza ningún filtrado posterior
de los datos. </div>
<div><br>
</div>
<div>(3) <b>Listado de códigos</b> de las variables de interés
(mencionado anteriormente). Este listado tiene el nombre de: <u>code_fields.txt. </u></div>
<div>En este listado se incluyen los códigos de las variables
que a día de hoy nos interesan, pero podría modificarse en el
futuro cuando existan otras variables de interés y necesite
ejecutarse el notebook en el RAP de nuevo. </div>
<div><br>
</div>
<div>(4) Archivo de excel con la <b>descripción de los códigos</b>
de las variables de interés. Este archivo tiene el nombre de: <u>lista_variables_UKB_v3.xlsx. </u></div>
<div>En este archivo se recogen los distintos códigos (obtenidos
a partir del Showcase de UKBiobank) que a día de hoy interesan
a nivel grupal. Este es un archivo de consulta para conocer
rápidamente qué significan las columnas de la Tabla máster. </div>
<div><br>
</div>
<div>(5) Un <b><u>README.txt</u> </b>donde se recoge de forma
resumida lo comentado en las líneas anteriores. </div>
<div><br>
</div>
<div>Espero haberme explicado de la mejor manera posible,
cualquier consulta no dudéis en comentarnos. </div>
<div><br>
</div>
<div>Un abrazo,</div>
<div>Ángela</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
</div>
<br>
<fieldset class="moz-mime-attachment-header"></fieldset>
<pre class="moz-quote-pre" wrap="">_______________________________________________
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</pre>
</blockquote>
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