[BSICoS_AI_Gen] Tabla máster de variables demográficas - UKBiobank

[Josseline Nicole Madrid Chirinos]

Hola a todos,

Les comparto que he extraído una tabla demográfica para la aplicación de
UKB 2964, por si alguno está interesado en trabajar con estos datos.

La tabla la encontrarán en:
/mnt/cephfs/home/bio/shared/database/UKBiobank/Covariates/demographics_all_UKBB_2964_300125.tsv.
También he puesto dentro de esta carpeta el excel actualizado
'lista_variables_UKB_v3_JM_2964', en el que he añadido varios códigos de mi
interés y que incluí en la tabla anterior.

ps: He agregado el script para extracción de covariables que Lalo modificó
al github.

Saludos,
Josseline

El jue, 9 ene 2025 a las 15:11, Julia Ramírez (<Julia.Ramirez en unizar.es>)
escribió:

> Perfecto chicos,
>
> Muchísimas gracias,
> Julia
>
> On 09/01/2025 14:48, Ángela Hernández Mendoza wrote:
>
> Buenos días a todos,
>
> Este email es para informaros sobre los nuevos archivos que han sido
> subidos al clúster en relación a los datos de UKBiobank, en concreto a la
> carpeta /mnt/cephfs/home/bio/shared/database/UKBiobank/Covariates/.
>
> En esta carpeta, podréis encontrar los siguientes archivos:
>
> (1) *Tabla máster con variables demográficas* de nuestro interés, para
> todos los sujetos, en las 4 visitas y todas las instancias disponibles.
> Esta tabla tiene el nombre de: *demographics_all_filtered_250109.tsv.gz. *
> En ella, podéis encontrar una fila por cada sujeto incluido en la
> aplicación 8256, es decir, un total de 502 131 sujetos únicos (¡OJO! En
> esta tabla ya han sido excluidos los sujetos que han solicitado dejar de
> formar parte de la base de datos de UKB). En cada columna se recoge cada
> variable demográfica según su código, diferenciando el número de la visita
> con la letra i (son 4 visitas en total, pero se contabilizan desde 0 hasta
> 3) y la instancia (misma medida realizada varias veces en una misma
> visita), denominada con la letra a.
>
> (2) *Jupyter notebook para extracción de tablas del RAP*. Este script
> tiene el nombre de: *extract_covar_ukbb_250109.ipynb. *
> Este cuaderno consiste en un script (originalmente creado por Julia y
> posteriormente editado por Josseline) que hemos editado Lalo y yo para que
> tan solo realice la tarea de extracción de variables de interés a partir un
> archivo *.txt en el que se introducen a mano los código del Showcase de UKB
> que nos interesen. Este cuaderno está preparado para no necesitar ser
> editado y no realiza ningún filtrado posterior de los datos.
>
> (3) *Listado de códigos* de las variables de interés (mencionado
> anteriormente). Este listado tiene el nombre de: *code_fields.txt. *
> En este listado se incluyen los códigos de las variables que a día de hoy
> nos interesan, pero podría modificarse en el futuro cuando existan otras
> variables de interés y necesite ejecutarse el notebook en el RAP de nuevo.
>
> (4) Archivo de excel con la *descripción de los códigos* de las variables
> de interés. Este archivo tiene el nombre de:
> *lista_variables_UKB_v3.xlsx. *
> En este archivo se recogen los distintos códigos (obtenidos a partir del
> Showcase de UKBiobank) que a día de hoy interesan a nivel grupal. Este es
> un archivo de consulta para conocer rápidamente qué significan las columnas
> de la Tabla máster.
>
> (5) Un *README.txt *donde se recoge de forma resumida lo comentado en las
> líneas anteriores.
>
> Espero haberme explicado de la mejor manera posible, cualquier consulta no
> dudéis en comentarnos.
>
> Un abrazo,
> Ángela
>
>
>
>
>
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