From jmadrid en unizar.es Mon Feb 3 11:59:20 2025 From: jmadrid en unizar.es (Josseline Nicole Madrid Chirinos) Date: Mon, 3 Feb 2025 11:59:20 +0100 Subject: [BSICoS_AI_Gen] =?utf-8?q?Tabla_m=C3=A1ster_de_variables_demogr?= =?utf-8?q?=C3=A1ficas_-_UKBiobank?= In-Reply-To: <00cbadb0-354a-4263-a5a4-c552da9e894e@unizar.es> References: <00cbadb0-354a-4263-a5a4-c552da9e894e@unizar.es> Message-ID: Hola a todos, Les comparto que he extraído una tabla demográfica para la aplicación de UKB 2964, por si alguno está interesado en trabajar con estos datos. La tabla la encontrarán en: /mnt/cephfs/home/bio/shared/database/UKBiobank/Covariates/demographics_all_UKBB_2964_300125.tsv. También he puesto dentro de esta carpeta el excel actualizado 'lista_variables_UKB_v3_JM_2964', en el que he añadido varios códigos de mi interés y que incluí en la tabla anterior. ps: He agregado el script para extracción de covariables que Lalo modificó al github. Saludos, Josseline El jue, 9 ene 2025 a las 15:11, Julia Ramírez () escribió: > Perfecto chicos, > > Muchísimas gracias, > Julia > > On 09/01/2025 14:48, Ángela Hernández Mendoza wrote: > > Buenos días a todos, > > Este email es para informaros sobre los nuevos archivos que han sido > subidos al clúster en relación a los datos de UKBiobank, en concreto a la > carpeta /mnt/cephfs/home/bio/shared/database/UKBiobank/Covariates/. > > En esta carpeta, podréis encontrar los siguientes archivos: > > (1) *Tabla máster con variables demográficas* de nuestro interés, para > todos los sujetos, en las 4 visitas y todas las instancias disponibles. > Esta tabla tiene el nombre de: *demographics_all_filtered_250109.tsv.gz. * > En ella, podéis encontrar una fila por cada sujeto incluido en la > aplicación 8256, es decir, un total de 502 131 sujetos únicos (¡OJO! En > esta tabla ya han sido excluidos los sujetos que han solicitado dejar de > formar parte de la base de datos de UKB). En cada columna se recoge cada > variable demográfica según su código, diferenciando el número de la visita > con la letra i (son 4 visitas en total, pero se contabilizan desde 0 hasta > 3) y la instancia (misma medida realizada varias veces en una misma > visita), denominada con la letra a. > > (2) *Jupyter notebook para extracción de tablas del RAP*. Este script > tiene el nombre de: *extract_covar_ukbb_250109.ipynb. * > Este cuaderno consiste en un script (originalmente creado por Julia y > posteriormente editado por Josseline) que hemos editado Lalo y yo para que > tan solo realice la tarea de extracción de variables de interés a partir un > archivo *.txt en el que se introducen a mano los código del Showcase de UKB > que nos interesen. Este cuaderno está preparado para no necesitar ser > editado y no realiza ningún filtrado posterior de los datos. > > (3) *Listado de códigos* de las variables de interés (mencionado > anteriormente). Este listado tiene el nombre de: *code_fields.txt. * > En este listado se incluyen los códigos de las variables que a día de hoy > nos interesan, pero podría modificarse en el futuro cuando existan otras > variables de interés y necesite ejecutarse el notebook en el RAP de nuevo. > > (4) Archivo de excel con la *descripción de los códigos* de las variables > de interés. Este archivo tiene el nombre de: > *lista_variables_UKB_v3.xlsx. * > En este archivo se recogen los distintos códigos (obtenidos a partir del > Showcase de UKBiobank) que a día de hoy interesan a nivel grupal. Este es > un archivo de consulta para conocer rápidamente qué significan las columnas > de la Tabla máster. > > (5) Un *README.txt *donde se recoge de forma resumida lo comentado en las > líneas anteriores. > > Espero haberme explicado de la mejor manera posible, cualquier consulta no > dudéis en comentarnos. > > Un abrazo, > Ángela > > > > > > _______________________________________________ > INFORMACION SOBRE PROTECCION DE DATOS DE CARACTER PERSONAL > > Ud. recibe este correo por pertenecer a una lista de correo gestionada por la Universidad de Zaragoza. > Puede encontrar toda la informacion sobre como tratamos sus datos en el siguiente enlace:https://sicuz.unizar.es/informacion-sobre-proteccion-de-datos-de-caracter-personal-en-listas > Recuerde que si esta suscrito a una lista voluntaria Ud. puede darse de baja desde la propia aplicacion en el momento en que lo desee. > ___________________________________________ > Jaje mailing listJaje en listas.unizar.eshttps://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/jaje > > _______________________________________________ > INFORMACION SOBRE PROTECCION DE DATOS DE CARACTER PERSONAL > > Ud. recibe este correo por pertenecer a una lista de correo gestionada por > la Universidad de Zaragoza. > Puede encontrar toda la informacion sobre como tratamos sus datos en el > siguiente enlace: > > https://sicuz.unizar.es/informacion-sobre-proteccion-de-datos-de-caracter-personal-en-listas > Recuerde que si esta suscrito a una lista voluntaria Ud. puede darse de > baja desde la propia aplicacion en el momento en que lo desee. > ___________________________________________ > Jaje mailing list > Jaje en listas.unizar.es > https://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/jaje > ------------ próxima parte ------------ Se ha borrado un adjunto en formato HTML... 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