<div dir="ltr">Dear Carlo, as an economist I agree with you when you say: «Information is the degree of being different from what is expected». Information is giving body to something or someone or taking shape from something or someone.  My Trans-information is a change or transmutation of form that occurs over time. Thus «The discrepancies that present themselves as an artifact of the counting system are in their essence information». Such counting, calculating, computing is nothing but a matter of quantum reality - that's why my economics is quantum. This is the comment I send you with affection, also because you say what you do and do what you say.<br>A hug,<br>Francis<br><div><p class="MsoNormal" style="margin:0cm;text-align:justify;text-indent:14.2pt;line-height:normal;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">Caro
Carlo, sono da economista d’accordo con Te quando dici: «L’informazione è il
grado di essere diverso da quanto previsto». L’informazione è un dare corpo a
qualcosa o qualcuno o il prendere corpo da qualcosa o qualcuno. La mia "Tras-informazione" è un cambiamento o una <b>trasmutazione</b> di forma che
avviene nel tempo. Quindi «Le discordanze che si presentano come un arte-fatto
del sistema di conteggio sono nella loro essenza l’informazione». Tale
conteggio, calcolo, computazione non è altro che una questione di realtà
quantica: ecco perché la mia economia è quantistica. Questo è il commento che
Ti mando con affetto, anche perché dici quel che fai e fai quel che dici.</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin:0cm;text-align:justify;text-indent:14.2pt;line-height:normal;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">Un
abbraccio,</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin:0cm;text-align:justify;text-indent:14.2pt;line-height:normal;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">Francesco</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin:0cm;text-align:justify;text-indent:14.2pt;line-height:normal;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin:0cm;text-align:justify;text-indent:14.2pt;line-height:normal;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif"> </span></p></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Il giorno ven 2 dic 2022 alle ore 13:22 Karl Javorszky <<a href="mailto:karl.javorszky@gmail.com" target="_blank">karl.javorszky@gmail.com</a>> ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><p class="MsoNormal"><span lang="HU">Another new
session within same frames of reference<span></span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="HU"> </span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="HU">Dear Friends,<span></span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="HU"> </span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="HU">There was an
interesting one-day conference online </span>just a few days ago on Zoom re Information
and Philosophy. <span></span></p>

<p class="MsoNormal">There are many noteworthy efforts to gain a deep
understanding of the meaning of the word ‘information’. Yet, they all remain –
alas! – within the same system of references. The cultural taboos and their
positive form, cultural agreements give us a standard frame of references which
is not easy to discard, leave behind as world views of a naïve person.<span></span></p>

<p class="MsoNormal">In clinial psychology, one is routinely used to discarding
the common framework of what is correct and reasonable, while one tries to
understand one specific client’s perspectives of the world. One has to reframe
the context so that it makes sense (at least for the client).<span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span> </span></p>

<p class="MsoNormal">Two main points:<span></span></p>

<p>1.<span style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;font-size:7pt;line-height:normal;font-family:"Times New Roman"">    
</span>Discard the unified, seamlessly fitting concept
of the whole (which is imagined to be made up of identical elementary units)<span></span></p>

<p>2.<span style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;font-size:7pt;line-height:normal;font-family:"Times New Roman"">    
</span>Assume the existence of a crack along the whole,
which crack is serrated and can locally be overcome, but will not cease to
exist, because the two parts that one wants to fit together are by their nature
different. One cannot fit a lid on a cup if the diameters are slightly deviant,
whichever method one tries to trick one into fit with the other.<span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span> </span></p>

<p class="MsoNormal">Doing the same but in stereo<span></span></p>

<p class="MsoNormal">One needs agreement that (while using <i>one </i>linear enumeration the problem appears not to exist) using <i>two </i>enumerations reveals inbuilt
controversies among the relations that underly <i>a+b=c. </i>We can put to use the diverse variants of the slight overall
discongruence which exists as a logical fact, to be read out of the properties
of natural numbers.<span></span></p>

<p class="MsoNormal">We need to agree that the world consists of two parts. The
parts <i>a, b </i>do not fit seamlessly into
an entity <i>c. </i>The extent of the
non-fit can be made visible by means of planar geometry. While <i>a+b=c </i>is true in a linear context, <i>pos(a) + pos(b) {<,=,>} pos(c)</i>
shows many, diverse variants of being not true, which variants each have a
definite numeric extent.<span></span></p>

<p class="MsoNormal">Treating the logical primitives in the context of planar
geometry, their interrelations give rise to many concepts the meaning of which
we have created by relating measurements of Nature. We find mathematical pictures
of natural constants.<span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span> </span></p>

<p class="MsoNormal">Information is the extent of being otherwise than expected<span></span></p>

<p class="MsoNormal">Sorting and ordering a grand dozen of tin soldiers one will
observe typical patterns of movements while the exchanges of places take place.
These patterns are assemblies of numeric values. They can be brought into a web
of mutual expectations. This is a conceptually complicated but technically simple
data base management problem. <span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span> </span></p>

<p class="MsoNormal">Change the Frame (coulisses, conceptual landscape, system of
what is normal)<span></span></p>

<p class="MsoNormal">Imagine a generally dualistic world. The two parts coexist
and transcend each other. The diameter of the proton is the result of numeric interdependencies
in a system of values which is the proton’s own system of references. The
diameter of the neutron is the result of numeric interdependencies in a system
of values which is the neutron’s own system of references. For our perception
we can establish two interacting systems of references when observing movement
patterns of realizations of <i>(a,b). </i>Having <i>two </i>counting systems in use,
we can exactly point out those snippets that are generated when our brain
assembles <i>one </i>picture out of the <i>two </i>sets of data coming from the
eyes. The discongruences that come as an artefact of the counting system are in
their essence the information. <span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span> </span></p>

<p class="MsoNormal">Looking forward
your comments<span></span></p>

<p class="MsoNormal">Karl<span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span> </span></p></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Am Do., 1. Dez. 2022 um 14:03 Uhr schrieb Pedro C. Marijuán <<a href="mailto:pedroc.marijuan@gmail.com" target="_blank">pedroc.marijuan@gmail.com</a>>:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
  
    
  
  <div>
    <div>Dear Sheri, Lou, and all discussants,</div>
    <div><br>
    </div>
    <div>It is a pity that this excellent
      discussion has taken place in complicated academic weeks, as it
      has been caught in a sort of "punctuated equilibrium" of longer
      stasis than activities in our evolutionary list. Well, I have a
      couple of very brief comments: <br>
    </div>
    <div><br>
    </div>
    <div>First, emphasizing that one of the
      references in Youri's last messages should be obligated reading
      for biologically interested parties:  "Sensing the world and its
      dangers: An evolutionary perspective in<br role="presentation">
      neuroimmunology." By Aurora Krauset al. In, eLife 2021;10:e66706.
      DOI: <a href="https://urldefense.com/v3/__https://doi.org/10.7554/eLife.66706__;!!D9dNQwwGXtA!SqizL3x3CcntbhLaIdrhBHmGMi7btD5ZwhfvU15L4xIxjE3QCOJv6ua8XvelEf-PtASzBqEnHi_-s40a8WSen8bu1LAR$" target="_blank">https://doi.org/10.7554/eLife.66706</a><span style="font-size:13.2836px;font-family:serif" role="presentation" dir="ltr">.</span> In this vein, I
      will follow with the argument that the multicellular self is a
      composite, an association with a microbial consortium that
      probably was the big evolutionary cause to create a defense system
      of such a great complexity.  The innate immune system would
      represent the evolutionary learning about those dangers, with
      scores of different components and pattern recognition
      strategies...</div>
    <div><br>
    </div>
    <div>And second, about the adaptive immune
      system, it is where the ongoing mostly formal discussion would
      apply (can we agree with that?). Then, it seems that the core of
      this adaptive immune branch is the Major Histocompatibility
      Complex molecule (MHC). This MHC molecules of two major classes
      are highly complex (polygenic and polymorphic) and they are in
      charge of presenting to lymphocyte T cells the protein fragments
      churned out from the proteosomes inside cells (fragments of
      variable lenght: 8-10 amino acids residues
      for Class 1, mostly "self",  and 13-18 amino acids residues for
      Class 2, mostly "non self"). Then, the thymus is in charge of
      deactivating the T cells loaded with self stuff. My point is that
      the defense in front of the non-self is based on <u>indirect
        products of protein translation</u>. This causes me some
      uneasiness, as protein translation (see Youri's presentation
      months ago) introduces a layer of extra complexity, not to speak
      the processing via proteosomes. Further, with just 10 or 12 amino
      acids can we faithfully ascertain algorithmic non-self
      provenance?? <br>
    </div>
    <div><br>
    </div>
    <div>Well, Sheri is far more acknowledged
      with all this stuff. And perhaps Lou can say something about the
      formal distinguishability of 10-12 aa.<br>
    </div>
    <div>Best--Pedro<br>
    </div>
    <div><br>
    </div>
    <div>El 15/11/2022 a las 21:19, Markose,
      Sheri escribió:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      
      
      
      
      <div>
        <p>Dear Louis, dear Colleagues -  <u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>Louis has given an excellent exposition
          of Gödel Numbering (g.n) (your point number 2 on coding and
          semantics is giving me food for thought) , giving example of
          prime factorization and also of Gödel Sentence as one that
          states its own unprovability.  Unlike statements like  "this
          is false", GS is not paradoxical and in a consistent system it
          is a theorem with a constructive g.n. The latter in terms of
          the prime factorization format, it is indeed a Hilbert 10
          Diophantine equation with no integer solutions.  A remarkable
          achievement in maths, considering Gödel was only 23 years of
          age ....   But what has this got to do with Biology and
          novelty production, the objectives of the my FIS discussion
          ?   
          <u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>In view of brevity and also urged by
          Pedro, I dropped a couple of paragraphs in my FIS kick off
          submission as to why we need to exceed Gödel (1931) and couch
          the Gödel Incompleteness Results and the Gödel Sentence with a
          fuller understanding of algorithms as encoded instructions and
          as machine executable codes, of the notion of recursive
          enumeration (re) and re sets that was developed in the Emil
          Post (1944).  I hope Louis Kauffman can comment on the the
          application of the fuller Gödel-Turing -Post-Rogers framework
          mentioned in my FIS note and in my papers cited there.    
          <u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>1. I have found the following statement
          by Joel Hamkins (  :
          <a href="https://urldefense.com/v3/__http://jdh.hamkins.org/wp-content/uploads/A-review-of-several-fixed-point-theorems-1.pdf__;!!D9dNQwwGXtA!SqizL3x3CcntbhLaIdrhBHmGMi7btD5ZwhfvU15L4xIxjE3QCOJv6ua8XvelEf-PtASzBqEnHi_-s40a8WSenw8_avhB$" target="_blank">
            <span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">http://jdh.hamkins.org/wp-content/uploads/A-review-of-several-fixed-point-theorems-1.pdf</span></a>
          ) useful as it makes an important observation that the
          original Gödel (1931) framework permits an encodable
          proposition to make statements about itself while Second
          Recursion Theorems (SRT) also called Fixed Point Theorems  are
          needed “to construct programs/algorithms that refer to
          themselves”.  The terms programs and algorithms will be used
          interchangeably.
          <u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p class="MsoNormal">I choose Rogers Fixed Point Theorem of
          (total) computable functions starting with the staple I have
          already indicated Diag (g) (RHS of (8) below) is what Neil
          Gerschenfeld  calls ribosomal self-assembly machines in gene
          expression where the program <i>g builds the </i>machine
          that runs g. <u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>II. The first requirement of a system to
          identify Fixed Points viz. self-referential constructions of
          algorithms/programs is (8) viz to identify  what
          function/algorithm has altered the Diag (g).
          <u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p><img style="width: 9.3333in; height: 2.5in;" id="m_-303142184314655114m_-1490578781154761285m_1703372105328360732m_6698188255541615770Picture_x0020_1" src="cid:184d2c8c9a64cff311" width="896" height="240" border="0"><u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>When online gene expression takes place
          on RHS of (8), viz. these programs have halt commands  and
          builds the somatic and phenotype identity of vertebrates
          online, the offline record of this is made in the Thymus that
          can not only represent the Thymic/immune self but also
          concatenate changes thereof.  <u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>I have suggested that the Adaptive
          Immune System and the Mirror Neuron System have these
          structures in (8).  And the domain of self-halting machines as
          in (8) are the Theorems of the system and a subset of Post
          (1944) Creative Set.   The non-Theorems have codes say <span style="font-size:12pt">g<sup>¬</sup></span> which cannot
          halt in a formal system that is consistent.  To my mind, the
          embodiment via the physical self being self-assembled and an
          offline record of this on LHS of (8) is what fuses syntax and
          semantics. <u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>II. Once, (8) is in place, the Adaptive
          immune system has to identify novel negation software function
          <i>f<sup>¬! </sup></i><sub> </sub>of non-self antigens which
          is an uncountable infinite possibilities. Hence the close to
          astronomic search with V(D) J of  10
          <sup>20 </sup>– 10 <sup>30</sup> ) of non-self antigens 
          that can hijack the self- assembly machines as recorded  on
          RHS of (8).  Only from knowledge of self can the hostile
          other, in the case of the AIS, be identified.
          <u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>III.  Roger Fixed Point assures us that
          the indexes of the fixed point for
          <i>f<sup>¬! </sup></i><sub>  </sub>be generated. I have cced
          Guillame Bonfante who I think was among the first (with
          coauthors, 2006) to suggest how SRT can be used to identify
          computer viruses. But they do not use the full force of
          Self-Ref and Self -Rep  and only implicitly use Post Creative
          and Productive Sets. The index of the Godel Sentence for the
          fixed point will endogenously lie outside of Post listable or
          recusively enumerable set for Theorems and known non-Theorems.
          <u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>IV. From these Gödel Sentences produced
          in the immune-cognitive systems, the explicit use of Post
          (1944) Theorems indicates how novel antibodies cannot be
          produced in the absence of the Gödel Sentence which allows a
          biotic element to self-report it is under attack. <u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>V. In conclusion, while it has become
          fashionable for some like Jurgen  Schmidhuber to claim that
          there can be endogenous self improving recursive novelty (he
          calls them Gödel machines) , the Gödel Logic says that the
          original theorems and self-codes are kept unchanged/hack free
          and novelty is produced only in response to adversarial
          attacks of self codes.  So the AIS story is somatic 
          hypermutation so that nothing in the genome changes.  As to
          how the germline itself changes, needs more investigation, in
          Biosystems paper, I suggest something very briefly.   <u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>So thankyou all again for your in depth
          comments and interest.<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>Best Regards<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>Sheri <u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p><u></u><u></u></p>
        <p>-----Original Message-----<u></u><u></u></p>
        <p>From: Fis <<a href="mailto:fis-bounces@listas.unizar.es" target="_blank">fis-bounces@listas.unizar.es</a>>
          On Behalf Of Louis Kauffman<u></u><u></u></p>
        <p>Sent: 08 November 2022 00:13<u></u><u></u></p>
        <p>To: "Pedro C. Marijuán" <<a href="mailto:pedroc.marijuan@gmail.com" target="_blank">pedroc.marijuan@gmail.com</a>><u></u><u></u></p>
        <p>Cc: fis <<a href="mailto:fis@listas.unizar.es" target="_blank">fis@listas.unizar.es</a>><u></u><u></u></p>
        <p>Subject: Re: [Fis] A new discussion
          session<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>CAUTION: This email was sent from
          outside the University of Essex. Please do not click any links
          or open any attachments unless you recognise and trust the
          sender. If you are unsure whether the content of the email is
          safe or have any other queries, please contact the IT
          Helpdesk.<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>Dear Pedro,<u></u><u></u></p>
        <p>Here are some comments about Goedel
          numbering and coding.<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>It is interesting to think about Goedel
          numbering in a biological context.<u></u><u></u></p>
        <p>Actually we are talking about how a
          given entity has semantics that can vary from context to
          context.<u></u><u></u></p>
        <p>It is not simply a matter of assigning a
          code number. If g —> F is the relation of a Goedel number g
          to a statement F, then we have two contexts for F.<u></u><u></u></p>
        <p>1. F as a well formed formula in a
          formal system S.<u></u><u></u></p>
        <p>2. g as a number in either a number
          system for an observer of S or g as a number in S, but g, as a
          representative for F can be regarded in the system S with the
          meanings so assigned.<u></u><u></u></p>
        <p>Thus we have produced by the assignment
          of Goedel numbers a way for a statement F to exist in the
          semantics of more than one context.<u></u><u></u></p>
        <p>This is the key to the references and
          self-references of the Goedelian situations.<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>Lets look at this more carefully. Recall
          that there is a formal system S and that to every well formed
          formula in S, there is a code number g = g(S). The code number
          can be produced in many ways.<u></u><u></u></p>
        <p>For example, one can assign different
          index numbers n(X) to each distinct generating symbol in S.
          Then with an expression F regarded as an ordered string of
          symbols, one can assign to F the product of the prime numbers,
          in their standard order, with exponents the indices of the
          sequence of characters that compose F. For example, g(~ x^2 =
          2) = 2^{n(~)} 3^{n(x)}5^{n(^)}7^{n(2)}11^{n(=)}13^{n(2)}. From
          such a code, one can retrieve the original formula in a unique
          way.<u></u><u></u></p>
        <p>The system S is a logical system that is
          assumed to be able to handle logic and basic number theory.
          Thus it is assumed that S can encode the function g: WFFS(S)
          —> N where N denotes the natural numbers.<u></u><u></u></p>
        <p>And S can decode a number to find the
          corresponding expression as well. It is assumed that S as a
          logical system, is consistent.<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>With this backgound, let g —> F
          denote the condition that g = g(F). Thus I write a reference g
          —> F for a mathematical discussion of S, to indicate that g
          is the Goedel number of F.<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>Now suppose that F(x) is a formula in S
          with a free variable x. Free variables refer to numbers. Thus
          if I write x^2 = 4 then this statement can be specialized to
          2^2 = 4 with x =2 and the specialization is true.<u></u><u></u></p>
        <p>Or I can write 3^2 = 4 and this is a
          false statement. Given F(x) and some number n, I can make a
          new sentence F(n).<u></u><u></u></p>
        <p>Now suppose that<u></u><u></u></p>
        <p>g —> F(x).<u></u><u></u></p>
        <p>Then we can form F(g) and this new
          statement has a Goedel number. Let #g denote the Goedel number
          of F(g).<u></u><u></u></p>
        <p>#g —> F(g).<u></u><u></u></p>
        <p>This # is a new function on Goedel
          numbers and also can be encoded in the system S. I will
          abbreviate the encoding into S by writing #n for appropriate
          numbers n handled by S.<u></u><u></u></p>
        <p>Then we can consider<u></u><u></u></p>
        <p>F(#x) and it has a Goedel number<u></u><u></u></p>
        <p>h —> F(#x)<u></u><u></u></p>
        <p>And we can shift that to<u></u><u></u></p>
        <p>#h —> F(#h).<u></u><u></u></p>
        <p>This is the key point.<u></u><u></u></p>
        <p>Now we have constructed a number #h so
          that F(#h) discusses its own Goedel number.<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>This construction allows the proof of
          the Goedel Incompleteness Theorem via the sentence B(x) that
          states<u></u><u></u></p>
        <p>B(x) =  “The statement with Goedel
          number x is provable in S.” (This can also be encoded in S.)<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>We then construct<u></u><u></u></p>
        <p>h—> ~B(#x)<u></u><u></u></p>
        <p>and<u></u><u></u></p>
        <p>#h —> ~B(#h)<u></u><u></u></p>
        <p>and obtain the statement<u></u><u></u></p>
        <p>G= ~B(#h).<u></u><u></u></p>
        <p>G states the unprovability of the Goedel
          decoding of #h.<u></u><u></u></p>
        <p>But the Goedel decoding of #h is the
          statement G itself.<u></u><u></u></p>
        <p>Thus G states its own unprovability.<u></u><u></u></p>
        <p>Therefore, S being consistent, cannot
          prove G.<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>By making these arguments we have have
          proved that G cannot be proved by S.<u></u><u></u></p>
        <p>Thus we have shown that G is in fact
          true.<u></u><u></u></p>
        <p>We have shown that there are true
          statements in number theory unprovable by system S..<u></u><u></u></p>
        <p>##########################<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>The above is a very concise summary of
          the proof of Goedel’s Incompleteness Theorem, using Goedel
          number encoding.<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>It is a very interesting question
          whether such encoding or such multiple relationships to
          context occur in biology. Here are some remarks.<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>1. In biology is is NORMALLY the case
          that certain key structures have multiple interpretations and
          uses in various contexts.<u></u><u></u></p>
        <p>The understanding of such multiple uses
          and the naming of them requires an observer of the biology.
          Thus we see the action of a cell membrane and we see the
          action of mitosis, and so on.<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>2. There are implicit encodings in
          biology such as the sequence codes in DNA and RNA and their
          unfoldment. To what extent do they partake of the properties
          of Goedel coding?<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>3. The use of the Goedel coding in the
          Incompleteness theorem depends crucially on the relationship
          of syntax and semantic in the formal system and in the
          mathematician’s interpretation of the workings of that system.
          The Goedel argument depends upon the formal system S being
          seen as a mathematical object that itself can be studied for
          its properties and behavior.<u></u><u></u></p>
        <p>When we speak of the truth of G, we are
          speaking of our assessment of the possible behaviour of S,
          given its consistency. We are reasoning about S just as Euclid
          reasons about the structure of right triangle.<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>4. In examining biological structures we
          take a similar position and reason about what we know about
          them. Sufficiently complex biological structures can be seen
          as modeled by certain logical formal systems.<u></u><u></u></p>
        <p>And then Goedelian reasoning can be
          applied to them. This can even be extended to ourselves.
          Suppose that I am modeled correctly in my mathematical
          reasoning by a SINGLE CONSISTENT FORMAL SYSTEM S.<u></u><u></u></p>
        <p>Then “I” can apply the above proof of
          Goedel’s Therem to S and deduce that G cannot be proven by S.
          Thus “I” have exceeded the capabilities of S. Therefore it is
          erroneous to assume that my mathematical reasoning is
          encapsulated by a single formal system S. If I am a formal
          system, that system must be allowed to grow in time. Such
          reasoning as this is subtle, but the semantics of the
          relationship of mathematicians and the formal systems that
          they study is subtle and when biology is brought in the whole
          matter becomes exceedingly interesting.<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>5. We man not need numbers to have these
          kinds of relationships. And example is the Smullyan Machine
          that prints sequences of symbols from the alphabet {~,P,R} on
          a tape. Sequences that begin with P,~P,PR and ~PR are regarded
          as meaningful, with the meanings:<u></u><u></u></p>
        <p>PX: X can be printed.<u></u><u></u></p>
        <p>~PX: X cannot be printed.<u></u><u></u></p>
        <p>PRX: XX can be printed.<u></u><u></u></p>
        <p>~PRX: XX cannot be printed.<u></u><u></u></p>
        <p>Here X is any string of the symbols
          {~,P,R}.<u></u><u></u></p>
        <p>Thus PR~~P means that XX can be printed
          where X = ~~P. Thus PR~~P means that ~~P~~P can be printed.<u></u><u></u></p>
        <p>By printed we mean on one press of the
          button on the Machine, a string of characters is printed.<u></u><u></u></p>
        <p>IT IS ASSUMED THAT THE SMULLYAN MACHINE
          ALWAYS TELLS THE TRUTH WHEN IT PRINTS A MEANINGFUL STATEMENT.<u></u><u></u></p>
        <p>Then we have the<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>Theorem. There are meaningful true
          strings that the Smullyan Machine cannot print.<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>This is a non-numerical analog of the
          Goedel Theorem. And the string that cannot be printed is G =
          ~PR~PR.<u></u><u></u></p>
        <p>For you see that G is meaningful and
          since G = ~PRX, G says that XX cannot be printed. But X = ~PR
          and XX = ~PR~PR = G. So G says that G cannot be printed.<u></u><u></u></p>
        <p>If the machine were to print G, it would
          lie. And the machine does not lie.<u></u><u></u></p>
        <p>Therefore G is unprintable.<u></u><u></u></p>
        <p>But this is what G says.<u></u><u></u></p>
        <p>So we have established the truth of G
          and proved the Theorem.<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>6. Examine this last paragraph 5. The
          Machine is like an organism with a limitation. This limitation
          goes through the semantics of reference. ~PRX refers to XX and
          so can refer to itself if we take X = ~PR. ~PX refers to X and
          cannot refer to itself since it is longer than X. In
          biological coding the DNA code is fundamentally smaller or
          equal to the structure to which it refers.<u></u><u></u></p>
        <p>Thus the self-reproduction of the DNA is
          possible since DNA = W+C the convention of the Watson and
          Crick strand and each of W and C can by themselves engage in
          an action to encode, refer to, the other strand. W can produce
          a copy of C in the form W+C and C can produce a copy of W in
          the form W+C each by using the larger environment. Thus W+C
          refers to itself, reproduces itself by a method of encoding
          quite similar to the self reference of the Smullyan Machine.<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>7. Von Neuman devised a machine that can
          build itself. B is the von Neuman machine and B.x —> X,x
          where x is the plan or blueprint or code for and entity X. B
          builds X with given the blueprint x.<u></u><u></u></p>
        <p>Then we have B,b —> B,b where b is
          the blueprint for B. B builds itself from its own blueprint. I
          hope you see the analogy with the Goedel code.<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>8. I will stop here. The relationships
          with biology are very worth discussing.<u></u><u></u></p>
        <p>Before stopping it is worth remarking
          that the Maturana Uribe Varela autopoeisis is an example of a
          system arising into a form of self-reference that has a
          lifetime due to the probabilisitic dynamics of its process.<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>Very best,<u></u><u></u></p>
        <p>Lou Kauffman<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>_______________________________________________<u></u><u></u></p>
        <p>Fis mailing list<u></u><u></u></p>
        <p><a href="mailto:Fis@listas.unizar.es" target="_blank">Fis@listas.unizar.es</a><u></u><u></u></p>
        <p><a href="https://urldefense.com/v3/__https://linkprotect.cudasvc.com/url?a=http*3a*2f*2flistas.unizar.es*2fcgi-bin*2fmailman*2flistinfo*2ffis&c=E,1,1A1lgz03IPLQ2hs74kfiKoMaeMUB45427CkA4or9aZPmd25ZxHPE88KK0k9wHh7-Un8A9g25n5WMXHIu8yhAyMhiouezvcso3GGs3inouA,,&typo=1__;JSUlJSUlJQ!!D9dNQwwGXtA!SqizL3x3CcntbhLaIdrhBHmGMi7btD5ZwhfvU15L4xIxjE3QCOJv6ua8XvelEf-PtASzBqEnHi_-s40a8WSen48jEgBp$" target="_blank">https://linkprotect.cudasvc.com/url?a=http%3a%2f%2flistas.unizar.es%2fcgi-bin%2fmailman%2flistinfo%2ffis&c=E,1,1A1lgz03IPLQ2hs74kfiKoMaeMUB45427CkA4or9aZPmd25ZxHPE88KK0k9wHh7-Un8A9g25n5WMXHIu8yhAyMhiouezvcso3GGs3inouA,,&typo=1</a><u></u><u></u></p>
        <p>----------<u></u><u></u></p>
        <p>INFORMACIN SOBRE PROTECCIN DE DATOS DE
          CARCTER PERSONAL<u></u><u></u></p>
        <p><u></u> <u></u></p>
        <p>Ud. recibe este correo por pertenecer a
          una lista de correo gestionada por la Universidad de Zaragoza.<u></u><u></u></p>
        <p>Puede encontrar toda la informacin sobre
          como tratamos sus datos en el siguiente enlace:
          <a href="https://urldefense.com/v3/__https://linkprotect.cudasvc.com/url?a=https*3a*2f*2fsicuz.unizar.es*2finformacion-sobre-proteccion-de-datos-de-caracter-personal-en-listas&c=E,1,fozeJ_L1c5tT22-_XAnl69C5WGhrrENGO-y2mO0uH3X4Bbm3EnwS5CaEussDHCR05GDKiVPAM9G4jQaY0kVhqsc4vdv55TdLJ2956rnsNTuETjVx&typo=1__;JSUlJQ!!D9dNQwwGXtA!SqizL3x3CcntbhLaIdrhBHmGMi7btD5ZwhfvU15L4xIxjE3QCOJv6ua8XvelEf-PtASzBqEnHi_-s40a8WSen3lIIt8F$" target="_blank">
https://linkprotect.cudasvc.com/url?a=https%3a%2f%2fsicuz.unizar.es%2finformacion-sobre-proteccion-de-datos-de-caracter-personal-en-listas&c=E,1,fozeJ_L1c5tT22-_XAnl69C5WGhrrENGO-y2mO0uH3X4Bbm3EnwS5CaEussDHCR05GDKiVPAM9G4jQaY0kVhqsc4vdv55TdLJ2956rnsNTuETjVx&typo=1</a><u></u><u></u></p>
        <p>Recuerde que si est suscrito a una lista
          voluntaria Ud. puede darse de baja desde la propia aplicacin
          en el momento en que lo desee.<u></u><u></u></p>
        <p><a href="https://urldefense.com/v3/__https://linkprotect.cudasvc.com/url?a=http*3a*2f*2flistas.unizar.es&c=E,1,3TvXH92hrTfzt-a8xmVthnhgYDIEoQe6-G0P6rC6QRkjfvtNsCmkhdLTIB3yp7fRPc9B_8iQu5fWOkBGz-j3blB0p3sUtmf6XMK2hwJsC8gB1kGLD5vipYwnBGfi&typo=1__;JSUl!!D9dNQwwGXtA!SqizL3x3CcntbhLaIdrhBHmGMi7btD5ZwhfvU15L4xIxjE3QCOJv6ua8XvelEf-PtASzBqEnHi_-s40a8WSenzoKdr5E$" target="_blank">https://linkprotect.cudasvc.com/url?a=http%3a%2f%2flistas.unizar.es&c=E,1,3TvXH92hrTfzt-a8xmVthnhgYDIEoQe6-G0P6rC6QRkjfvtNsCmkhdLTIB3yp7fRPc9B_8iQu5fWOkBGz-j3blB0p3sUtmf6XMK2hwJsC8gB1kGLD5vipYwnBGfi&typo=1</a><u></u><u></u></p>
        <p>----------<u></u><u></u></p>
      </div>
    </blockquote>
    <p><br>
    </p>
  <div id="m_-303142184314655114m_-1490578781154761285m_1703372105328360732m_6698188255541615770DAB4FAD8-2DD7-40BB-A1B8-4E2AA1F9FDF2"><br><table style="border-top:1px solid rgb(211,212,222)"><tbody><tr><td style="width:55px;padding-top:13px"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.avast.com/sig-email?utm_medium=email&utm_source=link&utm_campaign=sig-email&utm_content=emailclient__;!!D9dNQwwGXtA!SqizL3x3CcntbhLaIdrhBHmGMi7btD5ZwhfvU15L4xIxjE3QCOJv6ua8XvelEf-PtASzBqEnHi_-s40a8WSen4qkMqQA$" target="_blank"><img src="https://s-install.avcdn.net/ipm/preview/icons/icon-envelope-tick-round-orange-animated-no-repeat-v1.gif" alt="" width="46" height="29" style="width: 46px; height: 29px;"></a></td><td style="width:470px;padding-top:12px;color:rgb(65,66,78);font-size:13px;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;line-height:18px">Libre de virus.<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.avast.com/sig-email?utm_medium=email&utm_source=link&utm_campaign=sig-email&utm_content=emailclient__;!!D9dNQwwGXtA!SqizL3x3CcntbhLaIdrhBHmGMi7btD5ZwhfvU15L4xIxjE3QCOJv6ua8XvelEf-PtASzBqEnHi_-s40a8WSen4qkMqQA$" style="color:rgb(68,83,234)" target="_blank">www.avast.com</a></td></tr></tbody></table><a href="#m_-303142184314655114_m_-1490578781154761285_m_1703372105328360732_m_6698188255541615770_DAB4FAD8-2DD7-40BB-A1B8-4E2AA1F9FDF2" width="1" height="1"> </a></div></div>

_______________________________________________<br>
Fis mailing list<br>
<a href="mailto:Fis@listas.unizar.es" target="_blank">Fis@listas.unizar.es</a><br>
<a href="http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis" rel="noreferrer" target="_blank">http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis</a><br>
----------<br>
INFORMACIÓN SOBRE PROTECCIÓN DE DATOS DE CARÁCTER PERSONAL<br>
<br>
Ud. recibe este correo por pertenecer a una lista de correo gestionada por la Universidad de Zaragoza.<br>
Puede encontrar toda la información sobre como tratamos sus datos en el siguiente enlace: <a href="https://sicuz.unizar.es/informacion-sobre-proteccion-de-datos-de-caracter-personal-en-listas" rel="noreferrer" target="_blank">https://sicuz.unizar.es/informacion-sobre-proteccion-de-datos-de-caracter-personal-en-listas</a><br>
Recuerde que si está suscrito a una lista voluntaria Ud. puede darse de baja desde la propia aplicación en el momento en que lo desee.<br>
<a href="http://listas.unizar.es" rel="noreferrer" target="_blank">http://listas.unizar.es</a><br>
----------<br>
</blockquote></div>
_______________________________________________<br>
Fis mailing list<br>
<a href="mailto:Fis@listas.unizar.es" target="_blank">Fis@listas.unizar.es</a><br>
<a href="http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis" rel="noreferrer" target="_blank">http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis</a><br>
----------<br>
INFORMACIÓN SOBRE PROTECCIÓN DE DATOS DE CARÁCTER PERSONAL<br>
<br>
Ud. recibe este correo por pertenecer a una lista de correo gestionada por la Universidad de Zaragoza.<br>
Puede encontrar toda la información sobre como tratamos sus datos en el siguiente enlace: <a href="https://sicuz.unizar.es/informacion-sobre-proteccion-de-datos-de-caracter-personal-en-listas" rel="noreferrer" target="_blank">https://sicuz.unizar.es/informacion-sobre-proteccion-de-datos-de-caracter-personal-en-listas</a><br>
Recuerde que si está suscrito a una lista voluntaria Ud. puede darse de baja desde la propia aplicación en el momento en que lo desee.<br>
<a href="http://listas.unizar.es" rel="noreferrer" target="_blank">http://listas.unizar.es</a><br>
----------<br>
</blockquote></div>