<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">

<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>

</head>

<body dir="ltr">

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

Dear Sheri and Colleagues,</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

we are discussing the central and most fundamental issue of generation of novelty and complexification in biological world. The main point here is the gener<span style="font-size: 12pt;">ation of

<span style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;" class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted5">Gödel numbers, i.e. the assignment of previously undefined statements in the natural computing system of the cell by meanings.

 To understand progressive biological evolution, we need to make a move from the description of biological system as self-sustaining (autopoiesis) to its understanding as generating evolutionary novelty (codepoiesis). While the term autopoiesis arises to Maturana

 and Varela (although first the autopoietic structure was suggested by Tibor <span class="ContentPasted1">

Gánti</span> in 1971 or even earlier - he conceived the basic idea in 1952), the concept of codepoiesis was introduced by Marcello Barbieri (in detail in his book of 2015 and earlier in his papers). For many years generation of novelty was considered as a random

 process, while it can be described as a continuous realization of the proof of <span style="font-size:12pt" class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted4">

Gödel</span>'s theorems. Why this happens - it is an inevitable consequence of natural computation, in other words, it is the consequence of the incompleteness of a sufficiently rich formal system, i.e., of the presence of undecidable statements within the

 system. The simple prokaryotic system can be insufficiently rich for advanced complexification (although at certain stage the process of complexification generated the eukaryotic cell), while in eukaryotes the capacity for complexification significantly increases. 

<br>

</span></div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

<span style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;" class="ContentPasted0 ContentPasted2"><br>

</span></div>

<div class="elementToProof"><span style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;" class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted6">The process of

<span style="font-size:12pt" class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted5">

<span class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted4 ContentPasted7">Gödel</span></span> numbering introduces a new code to the system

<span style="font-size:12pt" class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted6 ContentPasted8">

<span class="ContentPasted6 ContentPasted8">which proves that certain statements are undecidable</span></span></span> within the system. This code can be externally applied but it can be<span style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;" class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted6 ContentPasted9"><span style="font-size:12pt" class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted6 ContentPasted8"><span class="ContentPasted6 ContentPasted8">

 efficiently internalized in the system itself. The resulting hierarchical</span> structure, consisting of the formal system and its reflection in the course</span> of the proof of undecidability, corresponds to a new organization where</span>

<span style="font-size:12pt;font-family:Calibri, Helvetica, sans-serif" class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted6 ContentPasted10">

<span class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted5"><span class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted4 ContentPasted7 ContentPasted10">Gödel</span></span>

</span>numbers represent a new information system that emerged from the original system by assigning codes to it. The undecidable statements become the basis of the evolutionary<span style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;" class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted6 ContentPasted9 ContentPasted11 ContentPasted13">

 unfolding of the system by assigning certain values to them. The details can be found in my paper published in BioSystems 207 (2021) 104454,

<span class="citation-doi ContentPasted12"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://doi.org/10.1016/j.biosystems.2021.104454__;!!D9dNQwwGXtA!XNTnFJ4u2QgqKjaTPDl9SYxtMxbaJgSQT2E6lsil6yLtVQX_HF2GT4OYCtCkvXueXNtL7LNzVwVTEwTRVtKk8OS6Q1Q$" id="LPNoLPOWALinkPreview_1">https://doi.org/10.1016/j.biosystems.2021.104454</a>, although the original idea arises to my early paper published in 1986.

 More detailed metamathematical analysis of this process of assigning codes is presented in Shelah, S., Strüngmann, L., 2021. Infinite combinatorics in mathematical biology. Biosystems 204, 104392.

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://doi.org/10.1016/j.biosystems.2021.104392__;!!D9dNQwwGXtA!XNTnFJ4u2QgqKjaTPDl9SYxtMxbaJgSQT2E6lsil6yLtVQX_HF2GT4OYCtCkvXueXNtL7LNzVwVTEwTRVtKkgqrkQtk$" id="LPNoLPOWALinkPreview">

https://doi.org/10.1016/j.biosystems.2021.104392</a>.<br>

</span></div>

<div class="elementToProof"><span style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;" class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted6 ContentPasted9 ContentPasted11 ContentPasted13"><br>

</span></div>

<div class="elementToProof"><span style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;" class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted6 ContentPasted9 ContentPasted11 ContentPasted13">It is definitely true that the immune system has a great

 capacity for generation of <span style="font-size:12pt" class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted6 ContentPasted10 ContentPasted14">

<span class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted5"><span class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted4 ContentPasted7 ContentPasted10 ContentPasted14">Gödel</span></span>

</span>numbers. The significant increase of capacity for complexification occurs at certain level of organization, corresponding to eukaryotic cell. The prokaryotic progressive evolution is limited by the size of formal coding system, and most likely most living

 structures in the Universe do not overcome this limit, so the chance of finding the eukaryotic life outside the Earth is extremely low.

<br>

</span></div>

<div class="elementToProof"><span style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;" class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted6 ContentPasted9 ContentPasted11 ContentPasted13"><br>

</span></div>

<div class="elementToProof"><span style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;" class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted6 ContentPasted9 ContentPasted11 ContentPasted13">The simplest way of generating new codes (especially

 at early stages of evolution) is the activity similar t<span style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;" class="ContentPasted15">o the enzyme polynucleotide phosphorylase (EC 2.7.7.8), which can catalyze the casual rearrangement of

 nucleotides and operates without energy cost. It realizes the RNA-based multiplication of generativity and thus can serve as an elementary tool for codepoiesis.

</span><span style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;" class="ContentPasted15">A new rearranged sequences generated via such polynucleotide phosphorylase equilibrium can potentially acquire biological functions and correspond to

 the evolution of autopoietic systems. </span></span><span style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;" class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted6 ContentPasted9 ContentPasted11 ContentPasted13"> </span><span style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;" class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted6 ContentPasted9 ContentPasted11 ContentPasted13">

</span><span style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;" class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted6 ContentPasted9 ContentPasted11 ContentPasted13"><span style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;" class="ContentPasted16">At

 higher evolutionary levels, combinatorial rearrangements represent a powerful tool for evolutionary changes; they can be realized at the level of meiotic crossover and lead to the expansion of the genome.</span><br>

</span></div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

<span style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;" class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted6 ContentPasted9 ContentPasted11 ContentPasted13"><br>

</span></div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255);" class="elementToProof">

<span style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;" class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted6">

<div class="ContentPasted6 elementToProof">Sheri has suggested certain concrete examples of

<span style="font-size:12pt" class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted5">

<span class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted4 ContentPasted19">Gödelization of code-based information such as bio-peptide unique identifiers, e.g., signal peptide sequences, antibody production in response to non-self antigens, etc.

 We can discuss the particular cases and outline possible ways of generation of such new information. Comparing bacteria-phage arms race with antibody production will clarify the complexification of the eukaryotic system in comparison with the prokaryotic.

<br>

</div>

<div class="ContentPasted6 elementToProof"><br>

</div>

<div class="ContentPasted6 elementToProof">In conclusion, the understanding of <span style="font-size:12pt" class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted6 ContentPasted20">

<span class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted5"><span class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted4 ContentPasted19 ContentPasted20">Gödel</span></span>ization of code-based information will represent an overall fundamental principle of evolving

 natural-computing systems operating towards the appearance of the structures with maximum power efficiency, and the well-known principles (and their limitations) such as natural selection, variability, adaptability, etc. will represent a consequence of the

 basic phenomenon of the codepoietic nature of the evolutionary biological phenomena. It is worth to consider and discuss the particular examples of codepoiesis as well as the "codification" of the codepoietic events in the individual development of multicellular

 organisms during cell differentiation. This could be a very valuable discussion.<br>

</span></div>

<div class="ContentPasted6 elementToProof"><span style="font-size:12pt" class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted6 ContentPasted20"><br>

</span></div>

<div class="ContentPasted6 elementToProof"><span style="font-size:12pt" class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted6 ContentPasted20">All the best,<br>

</span></div>

<div class="ContentPasted6 elementToProof"><span style="font-size:12pt" class="ContentPasted0 ContentPasted2 ContentPasted6 ContentPasted20">Andrei Igamberdiev  

</span><br>

</div>

<div class="ContentPasted6 elementToProof"><br>

</div>

</span></div>

<div id="signature_bookmark"></div>

<div id="appendonsend"></div>

<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)" class="elementToProof">

<br>

</div>

<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">

<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr" class="elementToProof"><font style="font-size:11pt" face="Calibri, sans-serif" color="#000000"><b>From:</b> Fis <fis-bounces@listas.unizar.es> on behalf of Markose, Sheri <scher@essex.ac.uk><br>

</font></div>

<div dir="ltr"><font style="font-size:11pt" face="Calibri, sans-serif" color="#000000"><b>Sent:</b> October 25, 2022 6:42 PM<br>

<b>To:</b> fis@listas.unizar.es <fis@listas.unizar.es><br>

<b>Subject:</b> [Fis] New Discussion on Complex Self-Other Interactions and Gödelization of Biology</font>

<div> </div>

</div>

<div style="word-wrap:break-word" lang="EN-GB">

<div class="x_WordSection1">

<p class="x_MsoNormal" style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: "Calibri", sans-serif;">

<span style="font-family:"Arial",sans-serif">Dear Colleagues -  I look forward to your valuable comments.</span></p>

<p class="x_MsoNormal" style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: "Calibri", sans-serif;">

<span style="font-family:"Arial",sans-serif"> </span></p>

<p style="margin:0cm; text-align:center; background:white" align="center"><a name="x__Hlk116426332"><b><span style="font-size:11.0pt; color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm">G</span></b></a><span style=""><span style="font-size:11.0pt; color:black">ö<b><span style="border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm">delian

 Self-Referential Genomic Information Processing: Complex Self-Other Interactions and Novelty Production</span></b></span></span><span style=""><b><span style="font-size:11.0pt; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm"></span></b></span></p>

<p style="margin:0cm; background:white"><span style=""><b><span style="font-size:11.0pt; color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm"> </span></b></span></p>

<p style="margin:0cm; background:white"><span style=""><b><i><span style="font-size:11.0pt; color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm">Overview for Foundations of Information Science Discussion –

</span></i></b></span></p>

<p style="margin:0cm; background:white"><span style=""><b><i><span style="font-size:11.0pt; color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm">Sheri Markose         25-10-2022</span></i></b></span></p>

<ol style="margin-bottom: 0cm;margin-top:0cm" type="1">

<li style="margin-top:0cm;margin-bottom:0cm;background:white;font-size:11pt;color:black">

<span style=""><b><span style="font-size:11.0pt; color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm">Background

</span></b></span><span style=""><b><span style="font-size:11.0pt; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm"></span></b></span></li></ol>

<p style="margin:0cm; background:white"><span style=""><span style="font-size:11.0pt; color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm">Complexity, evolvability, novelty production and ‘thinking outside the box’ in biology and humans have for most part

 relied on models of randomness or on statistical white noise error terms.   </span>

</span><span style="font-size:11.0pt; color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm"></span></p>

<p style="margin:0cm; background:white"><span style="font-size:11.0pt; color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm">                  The digitization of inheritable information in the genome encoded in a near universal alphabet  (A,T,C,G/U) has

 been called the ‘algorithmic takeover of biology’ by Walker and Davis (2013).  The Faustian pact at the genesis of life colourfully portrayed by Freeman Dyson  as ‘ the takeover of a replicative digital virus of an analogue metabolism’ accords with the perspective

 of Forterre, Zimmer, Villareal, Koonin and others.  </span><span style="font-size:11.0pt; color:black">This underpins the remarkable fact that in nature only life and biology as we know it and the artifacts of genomic intelligence (GI) thereof are explicitly

 code based digital systems.  </span><span style="font-size:11.0pt"></span></p>

<p class="x_MsoBodyText2" style="margin: 0cm; line-height: 150%; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;line-height:normal">

<span style="font-size:11.0pt">                     Genomic intelligence is a concept introduced in

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://doi.org/10.3390/e23040405__;!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqV3O-kDY$" data-auth="NotApplicable">

Markose (2021)</a> specifically to characterize the Gödelization of code-based information processing in genomic systems with the distinctive self-referential conditions of Gödel Incompleteness results that appear to have been acquired for complexification

 over the course of evolution of multicellular eukaryote life, <a href="https://urldefense.com/v3/__https://doi.org/10.1016/j.biosystems.2022.104718__;!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqPn2Rp5k$" data-auth="NotApplicable">

Markose (2022)</a>.  <a name="x_bbib59">To explain the latter in contrast to the relative stasis of prokaryotes, which has remain unchanged since inception,

</a></span><span style=""></span><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0303264722001022*bib10__;Iw!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqdTKw3lg$" data-auth="NotApplicable"><span style=""><span style="font-size:11.0pt; color:#0C7DBB">Barbieri

 (2012</span></span><span style=""></span></a><span style=""><span style="font-size:11.0pt; color:#2E2E2E">; </span></span><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0303264722001022*bib13__;Iw!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSq0lIhVMs$" data-auth="NotApplicable"><span style=""><span style="font-size:11.0pt; color:#0C7DBB">2018)</span></span><span style=""></span></a><span style=""><span style="font-size:11.0pt">,for

 instance, has resorted to Code Biology and Codeopoiesis, viz. biotic code based explanations to complement  the more popular thermodynamic explanations of self-organization and

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/topics/mathematics/autopoiesis__;!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqDFaksjk$" data-auth="NotApplicable" title="Learn more about autopoiesis from ScienceDirect's AI-generated Topic Pages"><span style=""><span style="font-size:11.0pt; color:#2E2E2E">autopoiesis<span style=""></a><span style=""><span style="font-size:11.0pt; color:#2E2E2E">.

</span></span><span style=""></span><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0303264722001022*bib59__;Iw!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqIQhnjCw$" data-auth="NotApplicable"><span style=""><span style="font-size:11.0pt; color:#0C7DBB">Igamberdiev

 (2021)</span></span><span style=""></span></a><span style=""></span><span style="font-size:11.0pt; color:#2E2E2E"> gives general principles, but no concrete evidence, for why “living systems during evolution continuously realize the proof of Gödel's theorems

 (1931).” </span></p>

<p style="margin:0cm; background:white"><span style="font-size:11.0pt; color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm">                   Significantly, while debunking the idea that the primary source of evolutionary changes arise from random transcription/replication

 errors, t</span><span style="font-size:11.0pt; color:black; background:white">he epochal discovery by Nobel Laureate

<a name="x_bbib88">Barbara </a></span><span style=""></span><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0303264722001022*bib88__;Iw!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqajIC2C4$" data-auth="NotApplicable"><span style=""><span style="font-size:11.0pt; color:#0C7DBB">McClintock

 (1984)</span></span><span style=""></span></a><span style=""></span><span style="font-size:11.0pt; color:black; background:white"> of viral transposable elements that conduct cut-paste (transposons) and copy-paste (retrotransposon) gives a code based explanation 

 for genomic evolvability, brain plasticity and novel phenotype primarily in eukaryotes.  This underscores the truism that primarily only software can change software and also that viral hacking by such internal and external biotic malware is the Achilles heel

 of genomic digital systems.<span style="background:yellow"> </span>  </span><span style="font-size:11.0pt; background:white"></span></p>

<ol style="margin-bottom: 0cm;margin-top:0cm" type="1" start="2">

<li style="margin-top:0cm;margin-bottom:0cm;background:white"><b><span style="font-size:11.0pt; color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm">Unpacking the Evidence</span></b><span style="font-size:11.0pt; color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm">

<b>for </b></span><b><span style="font-size:11.0pt; color:black">Gödelization of Biology</span></b><span style="font-size:11.0pt; color:black">

</span><b><span style="font-size:11.0pt; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm"></span></b></li></ol>

<p style="margin:0cm; background:white"><span style="font-size:11.0pt; color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm">                        While operations on encoded information fall under the purview of Computation Theory and Recursion Function

 Theory (<b>RFT</b>), till recently there was no evidence for how this and </span>

<span style="font-size:11.0pt; color:#2E2E2E">Gödel's theorems apply to</span><span style="font-size:11.0pt; color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm"> biology.  Markose (</span><span style="font-size:11.0pt; color:black"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0303264722001022*bib61__;Iw!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSq6qlj9z0$" data-auth="NotApplicable"><span style="border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm">2022</span></a><span style="border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm">)

 unpacks the recent breakthroughs here. </span></span><span style="font-size:11.0pt; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm"></span></p>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<span style="font-size:11.0pt">                     Gödelization of information processing starts, firstly, with unique identifiers or Gödel numbers for digital entities well known in the digital economy and taking the form of bio-peptide unique identifiers

 including ‘zip codes’ in organisms as discovered in the Nobel prize winning work of Blobel (2009). It appears all signalling in bio-ICT relies on peptide identifiers from transcription factors to neuron-neuron links. 

</span></p>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<span style="font-size:11.0pt">                     Two other <span style="color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm; background:white">

distinctive </span>Gödelian<span style="color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm; background:white"> features found in genomic intelligence, using epithets from Hofstadter (1999) are self-reference (<b>Self-Ref</b>) or the online machine execution

 involving the Diagonal operator and offline virtual self-representation (<b>Self-Rep</b>) of the former. 

</span>The breakthrough on the significance of these staples of <b>RFT</b> found in textbooks such as Rogers (1967) and Cutland (1980), starts with the insight from Gershenfeld (<a name="x_bbib48"></a><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0303264722001022*bib48__;Iw!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqGSrl56A$" data-auth="NotApplicable"><span style=""><span style="color:#0C7DBB">2012</span></span><span style=""></span></a><span style=""></span><span style="color:#2E2E2E">, </span><a name="x_bbib49"></a><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0303264722001022*bib49__;Iw!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqpGCiPPQ$" data-auth="NotApplicable"><span style=""><span style="color:#0C7DBB">2017</span></span><span style=""></span></a><span style=""></span><span style="color:#2E2E2E"> Chapter

 3 p. 109</span></span><span style="font-size:11.0pt; font-family:"Georgia",serif; color:#2E2E2E">)</span><span style="font-size:11.0pt"> as to what the self-referential/Diagonal operator means for biology, where a program

<i>g </i>builds<i> </i>machine </span><i><span style="font-size:11.0pt; font-family:Symbol">f

</span></i><span style="font-size:11.0pt">to run <i>g </i>(typically denoted as </span>

<i><span style="font-size:11.0pt; font-family:Symbol">f</span></i><i><sub><span style="font-size:11.0pt">g</span></sub></i><i><span style="font-size:11.0pt">(g)</span></i><span style="font-size:11.0pt">). Gershenfeld (</span><span style="font-size:11.0pt"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0303264722001022*bib48__;Iw!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqGSrl56A$" data-auth="NotApplicable"><span style="color:#0C7DBB">2012</span></a>)

 says what 21 century digital fabrication is trying to achieve is something biology solved 3.7 billion years ago with the self-assembly programs associated with the ribosome and other transcriptase machinery involved in gene expression for the morphology, somatic

 identity and regulatory control of the organism. </span></p>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<span style="font-size:11.0pt">                      Despite the central role assigned to self-reference for the sentient self in advanced organisms (<a href="https://urldefense.com/v3/__https://scholar.google.se/citations?view_op=view_citation&hl=sv&user=ZW8RWdAAAAAJ&citation_for_view=ZW8RWdAAAAAJ:Y0pCki6q_DkC__;!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqclXIy_8$" data-auth="NotApplicable">Gardenfors 

 2003</a>, <a href="https://urldefense.com/v3/__https://doi.org/10.1016/j.neuroimage.2005.12.002__;!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqKaUbmro$" data-auth="NotApplicable">

Northoff et. al, 2006</a> , <a name="x_bbib94"></a><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0303264722001022*bib94__;Iw!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqkgZx_Ng$" data-auth="NotApplicable"><span style=""><span style="color:#0C7DBB">Newen

 (2018)</span></span><span style=""></span></a><span style=""></span> , <a href="https://urldefense.com/v3/__https://doi.org/10.1016/j.pbiomolbio.2018.10.002__;!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqM9CMK80$" data-auth="NotApplicable">

Miller et.al., 2018</a> , etc) only <a name="x_bbib114"></a><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0303264722001022*bib114__;Iw!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqPf630Ss$" data-auth="NotApplicable"><span style=""><span style="color:#0C7DBB">Tsuda

 (2014)</span></span><span style=""></span></a><span style=""></span><span style="color:#2E2E2E"> </span>and Markose (2017, 2021,2022) have noted how the evolutionary development of

<b>Self-Rep</b> mirror structures as in <span style="color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm; background:white">

the</span> Gödel Meta-Representation Theorem (Rogers,1967) is necessary for biotic elements to make statements about themselves, first having self-assembled themselves.  This

<i>offline</i> embodied <b>Self-Rep</b>, which contrasts with no such structures in prokaryotes, was a paradigm shift

<span style="color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm; background:white">

in the Adaptive Immune System (AIS) some 500 million years ago in the lineage of jawed fish, called the Big Bang of Immunology, Janeway et. al (2005).  This latterly appears as Mirror Neuron System (MNS) mostly in primate brains first discovered by the Parma

 Group of neuroscientists. </span></span></p>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<span style="font-size:11.0pt; color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm; background:white">                   </span><span style="font-size:11.0pt">The

<b><span style="color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm; background:white">AIS</span></b><span style="color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm; background:white"> demonstrates virtual offline mirrored self-representation (<b>Self-Rep</b>)

 in the MHC1 T cell receptors of ~85 % of expressed genes viz. <i>halted </i>machine executions of genomic self-assembly codes that determine the somatic and phenotype identity for the organism.  As will be seen, these Self-Repped gene codes in the Thymus,

 called the <i>Thymic Self </i> (</span><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpsyt.2020.540676/full__;!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqRtkoQzk$" data-auth="NotApplicable"><span style="border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm; background:white">Ramon

 and Faure, 2021</span></a><span style="color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm; background:white">) or ‘the science of self’ (</span><a href="https://urldefense.com/v3/__https://link.springer.com/article/10.1007/s00281-020-00831-y__;!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSq71KRW4U$" data-auth="NotApplicable"><span style="border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm; background:white">Greenen,

 2021</span></a><span style="color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm; background:white">) are primarily used to identify the hostile other, viz. negation function operators of non-self antigens.  In turn, the Mirror Neuron System (<b>MNS</b>)

 reuses codes of self-actions from the sensory-motor cortex for social cognition and inference regarding conspecifics via virtual simulations in the

<b>MNS</b> (</span><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0303264722001022*bib35__;Iw!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqek3WNP4$" data-auth="NotApplicable"><span style="color:#0C7DBB">Fadiga

 et al. (1995)</span></a><span style="color:#2E2E2E">; </span><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0303264722001022*bib46__;Iw!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqHLWVVsM$" data-auth="NotApplicable"><span style="color:#0C7DBB">Gallese

 et al. (1996)</span></a><span style="color:#2E2E2E">; </span><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0303264722001022*bib102__;Iw!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqmxeFzqA$" data-auth="NotApplicable"><span style="color:#0C7DBB">Rizzolatti

 et al. (1996)</span></a>).  </span></p>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<span style="font-size:11.0pt">                 It is conjectured that an identical

<b>RFT</b> machinery is involved in the self-other nexus in both the <b>AIS</b> and

<b>MNS</b>.  The graphics for <b>Self-Rep</b> Mirror Mapping in the <b>AIS</b> and

<b>MNS</b> is given in <a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.mdpi.com/1099-4300/23/4/405__;!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSq8Rs91D0$" data-auth="NotApplicable">

Figure 1 in Markose (2021)</a>.</span></p>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<span style="font-size:11.0pt; background:lime"> </span></p>

<ol style="margin-bottom: 0cm;margin-top:0cm" type="1" start="3">

<li class="x_MsoListParagraph" style="margin:0cm 0cm 10pt 36pt;line-height:normal;font-size:11pt;font-family:"Times New Roman", serif;margin-bottom:0cm;margin-left:0cm">

<b><span style="font-family:"Times New Roman",serif">Detection of Non-Self Antigen in AIS: N</span></b><b><span style="font-family:"Times New Roman",serif">ew Diversity-Selector Model and Gödel Sentence in Genomic Blockchain Distributed Ledger (BCDL)

</span></b></li></ol>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<b><span style="font-size:11.0pt; font-family:Symbol">                     </span></b><span style="font-size:11.0pt">The most significant of all breakthroughs here is the one made by the game theorist Binmore (1987) who raised the ‘spectre of Gödel (1931)’

 in the form of Gödel’s Liar who will negate or falsify what can be computed/predicted. Binmore effectively mooted the adversarial digital game which is co-extensive with life itself (Markose, 2017, 2021). This constitutes the

fourth condition of Gödel systems and involves an adversarial agent in the form of a virus or a hacker whose actions cannot be constrained in anyway.

</span></p>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<span style="font-size:11.0pt">                The Gödel Incompleteness result that generates the Gödel Sentence permits a code qua biotic element to self-report  “I’m under attack”, when it has been hacked/negated by a novel malware. This marks an endogenous

 exit from listable sets, a necessary condition for novelty and the production of novel antibodies, to avoid the irrational state of logical inconsistency of formal systems (<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.jstor.org/stable/j.ctt1b7x7ww__;!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqtrLoY_E$" data-auth="NotApplicable">Smullyan,1961</a>). 

 The genomic Gödel Sentence in terms of 21 century nomenclature is a <i>hash</i> that helps demonstrate endogenously that the outputs of expressed genes have been maliciously altered. Note,

</span>that halting self-assembly gene codes, <i>g</i> <span style="font-family:Symbol">

Î</span><span style="font-family:Symbol"> </span><b>G </b>that create the organism are theorems of the genomic system

<span style="font-size:11.0pt">theorems and is disjoint from known non-theorems or what the immunologist Burnett (1958) famously called ‘forbidden codes’ if allowed to run will ‘negate’ the theorems and cause harm.

</span></p>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<span style="font-size:11.0pt">                Indeed, how the <b>AIS</b> identifies novel software attacks on own gene codes,

g , by malware/parasite negating functions fp¬ ! , which belongs to an uncountable infinite set that cannot be mechanically listed, is stupendous case of uber bio-cybersecurity.

</span></p>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<span style="font-size:11.0pt">              <span style="color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm; background:white">The AIS implements ‘out of the box’ astronomic anticipative search for novel non-self antigens necessary for

</span>novel anti-body production and cognition <span style="color:black; background:white">

in humans manifests unbounded proteanism for novel extended phenotypes, Dawkins (1987), in the form of artifacts outside of ourselves</span>. 

<span style="color:black; background:white">This facility found only in the <b>AIS</b> relying on the Recombination Activator genes (<b>RAG</b> 1 and 2) and in the human brain for neural receptor diversity runs into orders of magnitude of 10<sup>20</sup> –

 10<sup>30</sup> that exceed the pre-scripted germline genome size many times over.   

</span><span style="background:white"></span></span></p>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<span style="font-size:11.0pt; color:#555555; background:white">               </span><span style="font-size:11.0pt"> The Rogers (1967) fixed point indexes for yet to happen

<i>f<sub>p</sub></i><sup>¬ !</sup> attacks by the non-self antigens are generated in the

<b>AIS</b>  in most ingenious fashion: a large number of codes/indexes purported to be of different

<a name="x__Hlk117013984"><i>f<sub>p</sub></i><sup>¬ !</sup> </a>on each <b>self-repped</b>

<i> g </i>are generated in the T-Cell Receptors. This is the most spectacular case of predictive coding. Suppose that the g.n for the specific tuple {<i> f<sub>p</sub></i><sup>¬

</sup>, <i>g<sub>n</sub></i> } denoted by <i>g<sup>¬</sup></i>. When the attack by

<i>f<sub>p</sub></i><sup>¬ !</sup>  takes place in real time in the periphery involving the said pair {<i> f<sub>p</sub></i><sup>¬

</sup>, <i>g<sub>n</sub></i> }, the experientially driven peripheral MHC1 receptor must record this and if this ‘syncs’ with the one that was speculatively generated in the thymic MHC1 receptors, two parts of the fixed point come together to construct a genomic

 Gödel Sentence.   <i> </i></span></p>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<span style="font-size:11.0pt">               This molecular genomic diversity-selector model follows a unique self-referential blockchain distributed ledger that is different, in terms of the self-referential design, from man-made

<b>BCDLs</b> first invented circa 2009.  <span style="color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm">

The genomic </span><b>BCDL </b><span style="color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm">manifests secure digital and decentralized record keeping where no internal or external bio-malware can compromise the immutability of the life’s building blocks

 and no novel blocks can be added that is not consistent with extant blocks. </span>

</span></p>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<span style="font-size:11.0pt; color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm">                    There are no doubt

</span><span style="font-size:11.0pt; color:black; background:white">macroscopic environmental and population level pressures of the Neo-Darwinian style natural selection arising from conspecific or multi-species competition for survival in terms of those which

 reproduce more and those which die out. There is growing evidence that at level of bio-digital smart controls of the eukaryote genome and homeostasis, selective pressures are based on the principles of a unique self-referential

</span><b><span style="font-size:11.0pt; color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm">BCDL</span></b><span style="font-size:11.0pt; color:black; background:white">

</span><span style="font-size:11.0pt; background:white"></span></p>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<span style="font-size:11.0pt; color:black; background:white">                    In conclusion, genomic intelligence in vertebrates that has reached its apogee in humans is highly empathic as the conspecific/other is the projection of self; greatly Machiavellian

 having co-evolved with adversarial viral agents; geared toward unbounded proteanism from the get-go starting with transposon based diversity of

<b>RAG</b> genes in the immune system and stringently self-regulated by a <b>BCD</b>L driven by the principle of autonomy of the life of the organism and an agenda to be hack-free.        

</span><span style="font-size:11.0pt; background:white"></span></p>

<p class="x_MsoNormal" style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: "Calibri", sans-serif;">

<span style="font-family:"Arial",sans-serif"> </span></p>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<b><span style="font-size:11.0pt">Points for discussion and areas where I would like collaborators and those I can learn from as in my day job I’m an economist

</span></b></p>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<b><span style="font-size:11.0pt">#1</span></b><span style="font-size:11.0pt"> I fully concur with the latter part of

</span><span style="font-size:11.0pt"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://doi.org/10.1016/j.pbiomolbio.2018.10.002__;!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqM9CMK80$" data-auth="NotApplicable">Miller/Torday

 (2018)</a> statement : </span></p>

<p style="margin:0cm; background:white"><span style="font-size:11.0pt; color:#2E2E2E">“As self-referential cognition is demonstrated by all living organisms, life can be equated with the sustenance of cellular </span><span style="font-size:11.0pt; color:black"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/topics/biochemistry-genetics-and-molecular-biology/homeostasis__;!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSq8F9h1Jc$" data-auth="NotApplicable" title="Learn more about homeostasis from ScienceDirect's AI-generated Topic Pages"><span style="color:#2E2E2E">homeostasis</span></a></span><span style="font-size:11.0pt; color:#2E2E2E"> in

 the continuous defence of 'self'.” </span><span style="font-size:11.0pt; color:black">However, Miller/Torday do not use any of the code based

<b>RFT</b> Gödel style <b>Self-Ref</b> mirror structures for genomic information processing.</span><span style="font-size:11.0pt"></span></p>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<span style="font-size:11.0pt">                No doubt prokaryote CRISPR based identification of non-self antigens is highly sophisticated and so are the innate immune system strategies which primarily entail analog defences of

</span><span style="font-size:11.0pt">setting up barriers, toxicity, raising temperature by inflammation and ingestion by phagocytes. Prokaryotes distinctively do not have the mirror

<b>Self-Rep </b>offline structures of self as in the Rogers (1967) <b>RFT</b> fixed point theorems which permit bio-molecules to self-report changes to their own codes.  My take on homeostasis in eukaryotes post jawed fish is that bio software data security

 and hence the autonomy of self was taken to the next level: the design of how codes can self-report they have been changed by bio malware by utilizing hashes like the Gödel Sentence.

</span></p>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<span style="font-size:11.0pt">                It will be interesting to compare the bacteria-phage arms race in prokaryotes with the one in the

AIS antibody production outlined above. I have reached out to John Mattick and Silvia Sanchez Ramon on these issues.

</span></p>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<span style="font-size:11.0pt"> </span></p>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<b><span style="font-size:11.0pt">#2.</span></b><span style="font-size:11.0pt">  In Markose (2021) I indicate that the generation of genomic Gödel Sentences for detection of novel the non-self antigen is necessary for novel antibody production is a testable

 hypothesis. Those who died of Covid 19 were found not to be capable of antibody production and instead were subjected by a cytokine storm brought about by the analog defences of toxicity and inflammation of the innate immune system.

</span></p>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<span style="font-size:11.0pt"> </span></p>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<b><span style="font-size:11.0pt"># 3</span></b><span style="font-size:11.0pt"> A common

<b>Self-Rep</b> mirror <b>RFT</b> machinery for self-other recognition in the <b>

AIS </b>and social cognition following from the Mirror Neuron Systems in primates has been conjectured. Similar conjectures have been made at least since Irun Cohen, but without any

<b>RFT</b> to guide the discussions.  </span><span style="font-size:11.0pt"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.mdpi.com/1099-4300/23/4/405__;!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSq8Rs91D0$" data-auth="NotApplicable">Figure

 1 in Markose (2021)</a> shows how a knock-out of the circuitry for self’s updates on non-self activity vis-à-vis self (the RHS entry in the

<i>offline</i> <b>Self-Rep</b> </span><span style="font-size:11.0pt; font-family:Symbol">s</span><span style="font-size:11.0pt">(g,g) operator ) known to be controlled by interferon gamma as in

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.nature.com/articles/nature18626__;!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqF1KRYvk$" data-auth="NotApplicable">

Jonathan Kipnis Group 2016</a> experiment on rats, could lead to loss of immune capabilities as well as their sociability.  Note, the Markose

RFT machinery for the self-other nexus is a different explanation to the evo-devo one given by Kipnis et.al.

</span></p>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<span style="font-size:11.0pt"> </span></p>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<b><span style="font-size:11.0pt">#4</span></b><span style="font-size:11.0pt"> Finally, it is a matter of incredulity that over 90 years have passed since Gödel (1931) for evidence  to be found that the staples of

<b>Self-Ref</b> and <b>Self-Rep</b> and the Gödel Sentence are ubiquitous in Biology.  A number of factors can be adduced. Even those who espouse that code-based operations are relevant in cognition such as in the Computational Theory of Mind never mention

<b>Self-Ref</b> and <b>Self-Rep</b>, let alone that the Gödel Sentence is like a </span>

<i><span style="font-size:11.0pt">hash </span></i><span style="font-size:11.0pt">which permits a software document to endogenously self-report it has been hacked.  There is a strong anti-machine view which overlooks the encoded basis of the genome and biology

 and claims that biology is a non-digital natural process that is creative in some vitalistic way.

</span></p>

<p class="x_MsoFootnoteText" style="margin: 0cm; font-size: 10pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<span style="font-size:11.0pt"> </span></p>

<p class="x_MsoNormal" style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: "Calibri", sans-serif;">

<b><span style="font-family:"Times New Roman",serif">References </span></b></p>

<p class="x_MsoNormal" style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: "Calibri", sans-serif;">

<b><span style="font-family:"Times New Roman",serif">#Blog on University of Essex Website:

<i>How we became smart – a journey of discovery through the world of game theory and genomic intelligence</i>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.essex.ac.uk/blog/posts/2021/10/26/how-we-became-smart__;!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqVgSsoLo$" data-auth="NotApplicable">

https://www.essex.ac.uk/blog/posts/2021/10/26/how-we-became-smart</a>  </span></b></p>

<p class="x_MsoNormal" style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: "Calibri", sans-serif;">

<b><span style="font-family:"Times New Roman",serif"><br>

#</span></b><span style="font-family:"Times New Roman",serif">Markose, S.M, 2022,

</span><span style="font-family:"Times New Roman",serif; color:#505050">Complexification of eukaryote phenotype: Adaptive immuno-cognitive systems as unique Gödelian blockchain distributed ledger,

</span><span style="font-family:"Times New Roman",serif; color:#323232">Biosystems, ISSN: 0303-2647, Vol: 220,

</span><a href="https://urldefense.com/v3/__https://doi.org/10.1016/j.biosystems.2022.104718__;!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqPn2Rp5k$" data-auth="NotApplicable" title="Persistent link using digital object identifier"><span style="font-family:"Times New Roman",serif; color:#0C7DBB">https://doi.org/10.1016/j.biosystems.2022.104718</span></a><span class="x_MsoHyperlink" style="color: rgb(5, 99, 193); text-decoration: underline;"><span style="font-family:"Times New Roman",serif; color:#0C7DBB">

</span></span></p>

<p class="x_MsoNormal" style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: "Calibri", sans-serif;">

<u><span style="font-family:"Times New Roman",serif; color:#0C7DBB"><br>

<span class="x_MsoHyperlink" style="color: rgb(5, 99, 193); text-decoration: underline;"><span style="color:#0C7DBB">#</span></span></span></u><span style="font-family:"Times New Roman",serif; color:black; background:white">Markose, S.M, 2021, </span><a href="https://urldefense.com/v3/__https://doi.org/10.3390/e23040405__;!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqV3O-kDY$" data-auth="NotApplicable"><span style="font-family:"Times New Roman",serif; color:#70B85D; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm; background:white">“Genomic

 Intelligence as Über Bio-Cybersecurity: The Gödel Sentence in Immuno-Cognitive Systems”</span></a><span style="font-family:"Times New Roman",serif; color:black; background:white">, </span><em><span style="font-family:"Calibri",sans-serif; color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm; background:white">Entropy. </span></em><span style="font-family:"Times New Roman",serif; color:black; background:white">23(4),

 405; ttps://doi.org/10.3390/e23040405   </span></p>

<p class="x_MsoNormal" style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: "Calibri", sans-serif;">

<span class="x_info"><span style="font-family:"Times New Roman",serif; color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm; background:white"><br>

Markose, S.M, 2017, Complex type 4 structure changing dynamics of digital agents: Nash equilibria or a game with arms race in innovations. </span></span><span class="x_info"><i><span style="font-family:"Times New Roman",serif; color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm">Journal

 of Dynamics & Games</span></i></span><span class="x_info"><span style="font-family:"Times New Roman",serif; color:black; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm; background:white">, 2017, 4 (3) : 255-284. doi: </span></span><a href="https://urldefense.com/v3/__http://dx.doi.org/10.3934/jdg.2017015__;!!D9dNQwwGXtA!RRmmHQCs_Cav9UXiPz27dODNI-Kke3ky-PhpVLOvgOETwB-s3hTK7egkhJHf5AFKr0UuxLxzixSqC_UOvRc$" data-auth="NotApplicable"><span style="font-family:"Times New Roman",serif; color:#70B85D; border:none windowtext 1.0pt; padding:0cm">10.3934/jdg.2017015</span></a><span style="font-family:"Times New Roman",serif; color:black; background:white">  

</span></p>

<p class="x_MsoNormal" style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: "Calibri", sans-serif;">

<span style="font-family:"Arial",sans-serif"> </span></p>

<p class="x_MsoNormal" style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: "Calibri", sans-serif;">

<span style="font-family:"Arial",sans-serif"> </span></p>

<p class="x_MsoNormal" style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: "Calibri", sans-serif;">

<span style="font-size:10.0pt; font-family:"Arial",sans-serif">-------------------</span></p>

<p class="x_MsoNormal" style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: "Calibri", sans-serif;">

<span style="font-size:10.0pt; font-family:"Arial",sans-serif">Professor Sheri Markose</span></p>

<p class="x_MsoNormal" style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: "Calibri", sans-serif;">

<span style="font-size:10.0pt; font-family:"Arial",sans-serif">Economics Department</span></p>

<p class="x_MsoNormal" style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: "Calibri", sans-serif;">

<span style="font-size:10.0pt; font-family:"Arial",sans-serif">University of Essex</span></p>

<p class="x_MsoNormal" style="margin: 0cm; font-size: 11pt; font-family: "Calibri", sans-serif;">

<span style="font-size:10.0pt; font-family:"Arial",sans-serif">UK </span></p>

</div>

</div>

</body>

</html>