<div dir="auto"><div>We can integrate the foreground and the background into one common concept of "universe",e.g. - like forest and trees, like Bohr's sets A B of the first kind.<div dir="auto"><br></div><div dir="auto">The background is different to the foreground by the difference in truth values. Some sentences are true before a specific background, like light is a particle under some measurement setups, and a wave under some different ones. Like one says a displacement is a topographic distance, to be measured in cm from a given position, while others say a displacement is a deviation in the extent of substance of matter present in a given environment, to be measured in kg. Of course the two definitions are mutually exclusive, like Bohr's sets A B in the 2nd sense. </div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">The good news is that some strikingly simple arithmetic tools have been developed to be able to sort out the underlying exact meanings of the terms.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Karl </div><div dir="auto">PS : Does Sunday belong to the week ending with it? </div><br><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">Sungchul Ji <<a href="mailto:sji@pharmacy.rutgers.edu">sji@pharmacy.rutgers.edu</a>> schrieb am So., 6. Mai 2018 12:12:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div id="m_-4942637198535395833divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif" dir="ltr">
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0">Hi Karl,</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><br>
</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0">Thanks for your comment.</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><br>
</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0">According to N. Bohr, there are two kinds of opposites, A and B -- (i) supplementarity wherein A and B adds up to make the whole (e.g., the forest-tree pair), and  (ii) complementarity wherein A or B is the whole, depending
 on how the whole is observed (e.g., light as either wave or particle depending on how it is measured).  I can send you the reference if needed. </p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><br>
</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0">Sung</p>
</div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="m_-4942637198535395833divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> karl javorszky <<a href="mailto:umok.vedesin@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">umok.vedesin@gmail.com</a>><br>
<b>Sent:</b> Friday, May 4, 2018 2:50:50 PM<br>
<b>To:</b> Sungchul Ji<br>
<b>Cc:</b> Stanley N. Salthe; fis<br>
<b>Subject:</b> Re: [Fis] Fw: The 'Shirasawa phenomenon' or the 'Shirasawa effect"</font>
<div> </div>
</div>

<div>
<div dir="auto">
<div>Dear Sung,</div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">Very encouraging the discussion of the difficulties human perception poses while trying to consolidate opposites. 
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">The existence of the mental image is built on contrasts, so no wonder we find it hard to get a good grip on the mechanisms at work consolidating contradictions. </div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">To the opposites we work on : </div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">tree vs. forest, </div>
<div dir="auto">top vs. bottom,</div>
<div dir="auto">little vs. big, </div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">could we also add: </div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">background vs. foreground, </div>
<div dir="auto">across the flow vs. along the flow of time, </div>
<div dir="auto">commutative vs. sequenced? </div>
<div dir="auto"><br>
</div>
If so, there appear some encouraging hints, that a rational methodology has been found to consolidate opposites. </div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">Karl <br>
<br>
<div class="m_-4942637198535395833x_gmail_quote" dir="auto">
<div dir="ltr">Sungchul Ji <<a href="mailto:sji@pharmacy.rutgers.edu" target="_blank" rel="noreferrer">sji@pharmacy.rutgers.edu</a>> schrieb am Do., 3. Mai 2018 18:01:<br>
</div>
<blockquote class="m_-4942637198535395833x_gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif">
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0">Hi Stan,</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><br>
</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0">True.  <span style="font-size:12pt">Our brain seems to have many limitations, one of which is our inability to see the forest and the trees simultaneously.  </span></p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><br>
</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0">It is interesting to note that we cannot measure (or at least not easy to measure) particles and waves of quons  (or quantum objects) simultaneously either,  although there are occasional claims asserting otherwise.
 Here we have two entities, A and B, that are not compositionally related (i.e., A is not a part of B) as are trees and the forest, but "complementarily" related (i.e., A^B, read A or B, depending on measurement) and hence does not involve any hierarchy.  </p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><br>
</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0">All the best.</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><br>
</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0">Sung</p>
<br>
<div style="color:rgb(0,0,0)">
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> Fis <<a href="mailto:fis-bounces@listas.unizar.es" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">fis-bounces@listas.unizar.es</a>>
 on behalf of Stanley N Salthe <<a href="mailto:ssalthe@binghamton.edu" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">ssalthe@binghamton.edu</a>><br>
<b>Sent:</b> Sunday, April 29, 2018 9:49 AM<br>
<b>To:</b> fis<br>
<b>Subject:</b> Re: [Fis] Fw: The 'Shirasawa phenomenon' or the 'Shirasawa effect"</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">Sung -- regarding:
<div><br>
</div>
<div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,'Apple Color Emoji','Segoe UI Emoji',NotoColorEmoji,'Segoe UI Symbol','Android Emoji',EmojiSymbols;font-size:16px">The reason epigenetics (defined here as the
 process of inheritance without imlplicating any changes in the nucleotide sequences of DNA)  was not mentioned in my previous post is because I was mainly interested in the bottom-up (from micro to macro) mechanism of genetics, not the top-down (from macro
 to micro) mechanism.  It is interesting to note that our brain seems unable to handle both bottom-up and top-down mechanisms simultaneously, perhaps it may have something to do with the fact that we have two brain hemispheres (Yin and Yang) but only one vocal
 cord (the Dao). </span><br>
</div>
<div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,'Apple Color Emoji','Segoe UI Emoji',NotoColorEmoji,'Segoe UI Symbol','Android Emoji',EmojiSymbols;font-size:16px"><br>
</span></div>
<div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,'Apple Color Emoji','Segoe UI Emoji',NotoColorEmoji,'Segoe UI Symbol','Android Emoji',EmojiSymbols">It is interesting that I early realized the difficulty many
 folks have with visualizing at one time both the top-down AND bottom-up aspects of the compositional hierarchy:</span></div>
<div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,'Apple Color Emoji','Segoe UI Emoji',NotoColorEmoji,'Segoe UI Symbol','Android Emoji',EmojiSymbols">                [large scale constraints -> [activity in focus
 <- [small scale affordances]]]</span></div>
<div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,'Apple Color Emoji','Segoe UI Emoji',NotoColorEmoji,'Segoe UI Symbol','Android Emoji',EmojiSymbols"><br>
</span></div>
<div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,'Apple Color Emoji','Segoe UI Emoji',NotoColorEmoji,'Segoe UI Symbol','Android Emoji',EmojiSymbols">Perhaps your suggestion is involved here as well!</span></div>
<div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,'Apple Color Emoji','Segoe UI Emoji',NotoColorEmoji,'Segoe UI Symbol','Android Emoji',EmojiSymbols"><br>
</span></div>
<div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,'Apple Color Emoji','Segoe UI Emoji',NotoColorEmoji,'Segoe UI Symbol','Android Emoji',EmojiSymbols">STAN </span></div>
</div>
<div class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_gmail_extra"><br>
<div class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_gmail_quote">On Sat, Apr 28, 2018 at 5:17 PM, Sungchul Ji
<span dir="ltr"><<a href="mailto:sji@pharmacy.rutgers.edu" id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736LPlnk84251" class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736OWAAutoLink" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">sji@pharmacy.rutgers.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif">
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><span style="font-size:12pt">Hi Arthur and  FISers,</span><br>
</p>
</div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
<br>
</div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
Thank you for asking an important question. The reason epigenetics (defined here as the process of inheritance without imlplicating any changes in the nucleotide sequences of DNA)  was not mentioned in my previous post is because I was mainly interested in
 the bottom-up (from micro to macro) mechanism of genetics, not the top-down (from macro to micro) mechanism.  It is interesting to note that our brain seems unable to handle both bottom-up and top-down mechanisms simultaneously, perhaps it may have something
 to do with the fact that we have two brain hemispheres (Yin and Yang) but only one vocal cord (the Dao). </div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
<br>
</div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
One way to integrate the bottom-up and top-down mechanisms underlying genetic phenomenon may be to invoke the principle of vibrational resonance -- to view both the micro-scale DNA and  the macro-scale environment of organisms as vibrational systems or systems
 of oscillators that can exchange information and energy through the well-known mechanisms of resonance (e.g., the resonance between the oscillatory motions of the swing and the arms of the mother; both motions must have same frequencies. otherwise the child
 will not swing).  According to the Fourier theorem, any oscillatory motions of DNA including very low frequencies can be generated by linear combinations of  very fast covalent bond vibrations in  DNA and  hence can be coupled to slow oscillatory motions of
 the environment, e.g., musical sounds. If this view is correct, music can affect, DIRECTLY (i.e., unmediated by the auditory system of the brain), the molecular motions of DNA in every cell in our body.  In other words, we can hear music not only through our
 ears but also through our whole body including blood.  Because of the patent  issue, I cannot reveal the experimental evidence supporting this claim, but, indue course, I hope to share with you the scientific evidence we obtained recently. </div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
<span style="font-size:12pt"><br>
</span></div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
In conclusion, it may be that  the yin-yang doctrine of the Daoist philosophy (or any other equivalent principles) applies here, since molecular genetics and epigenetics may constitute  the irreconcilable opposites:   </div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
<br>
</div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
"Genetics has two complementary aspects -- molecular genetics and epigenetics."</div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
<br>
</div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
"Molecular genetics and epigenetics are the complementary aspects of genetics."</div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
<br>
</div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
"Genetic phenomena can be accounted for in two irreconcilably opposite manner with equal validity -- through the bottom-up (or reductionistic) or the top-down  (or holistic) approaches."</div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
<br>
</div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
The last statement would help avoid many wasteful debates in the field of genetics.  </div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
<br>
</div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
 If you have any questions or corrections, please let me know.</div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
<br>
</div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
Sung</div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
<br>
</div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
                                      </div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
<br>
</div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
<br>
</div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
<br>
</div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
<br>
</div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
<br>
</div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
<br>
</div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
<br>
</div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
<br>
</div>
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
<br>
<div style="color:rgb(0,0,0)">
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> Arthur Wist <<a href="mailto:arthur.wist@gmail.com" id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736LPlnk150301" class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736OWAAutoLink" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">arthur.wist@gmail.com</a>><br>
<b>Sent:</b> Friday, April 27, 2018 6:48 PM<br>
<b>To:</b> Sungchul Ji; FIS FIS<br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:sburley@proteomics.rutgers.edu" id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736LPlnk491024" class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736OWAAutoLink" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">
sburley@proteomics.rutgers.edu</a>; Sergey Petoukhov; ole2001@med.cornell; <a href="mailto:daniela@shirasawa-acl.net" id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736LPlnk134851" class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736OWAAutoLink" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">
daniela@shirasawa-acl.net</a>; Sungchul Ji; <a href="mailto:xie@chemistry.harvard.edu" id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736LPlnk782604" class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736OWAAutoLink" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">
xie@chemistry.harvard.edu</a>; <a href="mailto:nyan@princeton.edu" id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736LPlnk284388" class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736OWAAutoLink" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">
nyan@princeton.edu</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [Fis] Fw: The 'Shirasawa phenomenon' or the 'Shirasawa effect"</font>
<div> </div>
</div>
<div class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:11pt">
<div class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012PlainText">Hi,<br>
<br>
Just a short note to first of all say thank you, I've find this very<br>
helpful to know albeit I can't point to a direct application. Secondly<br>
however, I do wonder: Why & how come you neglected to - in either an<br>
inclusionary or exclusionary manner - address any potential epigenetic<br>
mechanisms?<br>
<br>
Kind regards,<br>
<br>
<br>
Arthur<br>
<br>
On 20 April 2018 at 19:32, Sungchul Ji <<a href="mailto:sji@pharmacy.rutgers.edu" id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736LPlnk564649" class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736OWAAutoLink" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">sji@pharmacy.rutgers.edu</a>> wrote:<br>
> Hi,<br>
><br>
><br>
> I am forwarding a slightly modified version of my previous post with the<br>
> same title which was rejected by the FIS list due to the heavy attachments.<br>
> The most significant addition is written in green.  The removed attachments<br>
> are now replaced by their web addresses from which they can be downloaded<br>
> free of charge.<br>
><br>
><br>
> Best.<br>
><br>
><br>
> Sung<br>
><br>
> ________________________________<br>
> From: Sungchul Ji<br>
> Sent: Thursday, April 19, 2018 11:02 AM<br>
> To: FIS FIS<br>
> Cc: Sergey Petoukhov; <a href="mailto:daniela@shirasawa-acl.net" id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736LPlnk211044" class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736OWAAutoLink" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">
daniela@shirasawa-acl.net</a>; John Stuart Reid; sayer ji;<br>
> <a href="mailto:sji.conformon@gmail.com" id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736LPlnk145071" class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736OWAAutoLink" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">
sji.conformon@gmail.com</a>; <a href="mailto:xie@chemistry.harvard.edu" id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736LPlnk99761" class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736OWAAutoLink" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">
xie@chemistry.harvard.edu</a>;<br>
> <a href="mailto:sburley@proteomics.rutgers.edu" id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736LPlnk917879" class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736OWAAutoLink" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">
sburley@proteomics.rutgers.edu</a>; <a href="mailto:nyan@princeton.edu" id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736LPlnk580194" class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736OWAAutoLink" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">
nyan@princeton.edu</a><br>
> Subject: The 'Shirasawa phenomenon' or the 'Shirasawa effect"<br>
><br>
><br>
> Hi FISers,<br>
><br>
><br>
> In 2003, Takuji Shirasawa and his coworkers [1] found that mutating certain<br>
> amino acids in the hemoglobin molecule (Hb) in mice produced the following<br>
> effects:<br>
><br>
> (1) increase O_2 consumption and CO_2 production,<br>
><br>
> (2) the conversion of the muscle histology from a fast glycolytic to a fast<br>
> oxidative type,<br>
><br>
> (3) a mild anemia, and<br>
><br>
> (4) faster running speed.<br>
><br>
><br>
> In other words, Shirasawa et al provided a concrete example of molecular<br>
> changes (e.g., amino acid mutations in Hb)  leading to (or associated with)<br>
> macroscopic physiological changes in whole animals (e.g., anemia,  running<br>
> behavior, etc.).  For the convenience of discussions, I am taking the<br>
> liberty of referring to this finding as the "Shirasawa et al.<br>
> phenomenon/effect" or, more briefly, the "Shirasawa phenomenon/effect" which<br>
> may be viewed as the macroscopic version of the Bohr effect [2].<br>
><br>
><br>
> The 'Shirasawa phenomenon/effect' is not limited to hemoglobin.  There are<br>
> now many similar phenomena found in the fields of voltage-gated ion<br>
> channels, i.e., molecular changes in the amino acid sequences of ion channel<br>
> proteins leading to (or associated with) macroscopic effects on the human<br>
> body called diseases [3].<br>
><br>
><br>
> Although the current tendency among practicing molecular biologists and<br>
> biophysicists would be to explain away what is here called the Shirasawa<br>
> phenomenon in terms of the microscopic changes "causing" the macroscopic<br>
> phenomenon in a 1:1 basis, another possibility is that the microscopic<br>
> changes "cause" a set of other microscopic changes at the DNA molecular<br>
> level which in turn cause a set of macroscopic changes", in a many-to-many<br>
> fashion.<br>
><br>
><br>
> Current trend:  Microscopic change (Hb mutation) --------->  Macroscopic<br>
> change 1 (Oxygen affinity change of blood) ---------> Macroscopic change 2<br>
> (O_2 metabolism, anemia, running behavior)<br>
><br>
><br>
><br>
> Althernative mechanism:  Microscopic change 1 (Hb mutation) -------><br>
> Microscopic change 2 (Changes in the standing waves in DNA) -------><br>
> Multiple macroscopic changes (O_2 metabolism, anemia, muscle cell<br>
> histological changes).<br>
><br>
><br>
> The alternative mechanism proposed here seems to me to be more consistent<br>
> with the newly emerging models of molecular genetics [4] and single-molecule<br>
> enzymology [5, 6].<br>
><br>
><br>
><br>
> Since the 'Shirasawa phenomenon/effect' evidently implicates information<br>
> transfer from the microscale to the macroscale, it may be of interest to<br>
> many information theoreticians in this group.   If you have any questions,<br>
> comments, or suggestions, please let me know.<br>
><br>
><br>
> All the best.<br>
><br>
><br>
> Sung<br>
><br>
><br>
><br>
> References:<br>
><br>
>    [1] Shirasawa, T., et al. (2003).  Oxygen Affinity of Hemoglboin<br>
> Regulaters O_2 Comsumtion, Metabolism, and Physical Activity.  J. Biol.<br>
> Chem. 278(7): 5035-5043.  PDF at<br>
> <a href="https://na01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fwww.jbc.org%2Fcontent%2F278%2F7%2F5035.full.pdf&data=02%7C01%7Csji%40pharmacy.rutgers.edu%7Cb134e6f0f18640a1578608d5ac911871%7Cb92d2b234d35447093ff69aca6632ffe%7C1%7C1%7C636604661553806634&sdata=sNOsN%2BTGxWSKHNzVWNJXDW3dU6tveVfKfNPaV%2Bcv3e4%3D&reserved=0" id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736LPlnk637631" class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012OWAAutoLink m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736OWAAutoLink" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">
https://na01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fwww.jbc.org%2Fcontent%2F278%2F7%2F5035.full.pdf&data=02%7C01%7Csji%40pharmacy.rutgers.edu%7Cb134e6f0f18640a1578608d5ac911871%7Cb92d2b234d35447093ff69aca6632ffe%7C1%7C1%7C636604661553806634&sdata=sNOsN%2BTGxWSKHNzVWNJXDW3dU6tveVfKfNPaV%2Bcv3e4%3D&reserved=0</a><br>
><br>
>    [2] The Bohr effect.  <a href="https://na01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fen.wikipedia.org%2Fwiki%2FBohr_effect&data=02%7C01%7Csji%40pharmacy.rutgers.edu%7Cb134e6f0f18640a1578608d5ac911871%7Cb92d2b234d35447093ff69aca6632ffe%7C1%7C1%7C636604661553806634&sdata=T%2Fl5fXUzb4RN0RUwpLBwASDExyceUPasgf%2BaJhmraJw%3D&reserved=0" id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736LPlnk699595" class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012OWAAutoLink m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736OWAAutoLink" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">
https://na01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fen.wikipedia.org%2Fwiki%2FBohr_effect&data=02%7C01%7Csji%40pharmacy.rutgers.edu%7Cb134e6f0f18640a1578608d5ac911871%7Cb92d2b234d35447093ff69aca6632ffe%7C1%7C1%7C636604661553806634&sdata=T%2Fl5fXUzb4RN0RUwpLBwASDExyceUPasgf%2BaJhmraJw%3D&reserved=0</a><br>
>    [3] Huang W, Liu M, S Yan F, Yan N. (2017).  Structure-based assessment<br>
> of disease-related mutations in human voltage-gated sodium channels. Protein<br>
> Cell. 8(6):401-438. PDF at <a href="https://na01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fpubmed%2F28150151&data=02%7C01%7Csji%40pharmacy.rutgers.edu%7Cb134e6f0f18640a1578608d5ac911871%7Cb92d2b234d35447093ff69aca6632ffe%7C1%7C1%7C636604661553806634&sdata=QERnpZll0BGSz20njXkWQZaNzKCt1EenJx7X7O3Qak4%3D&reserved=0" id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736LPlnk774239" class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012OWAAutoLink m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736OWAAutoLink" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">
https://na01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fpubmed%2F28150151&data=02%7C01%7Csji%40pharmacy.rutgers.edu%7Cb134e6f0f18640a1578608d5ac911871%7Cb92d2b234d35447093ff69aca6632ffe%7C1%7C1%7C636604661553806634&sdata=QERnpZll0BGSz20njXkWQZaNzKCt1EenJx7X7O3Qak4%3D&reserved=0</a><br>
><br>
>    [4] Petoukhov, S. V. (2016).  The system-resonance approach in modeling<br>
> genetic structures. BioSystems 139: 1–11. PDF at<br>
> <a href="https://na01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fwww.sciencedirect.com%2Fscience%2Farticle%2Fpii%2FS0303264715001732&data=02%7C01%7Csji%40pharmacy.rutgers.edu%7Cb134e6f0f18640a1578608d5ac911871%7Cb92d2b234d35447093ff69aca6632ffe%7C1%7C1%7C636604661553806634&sdata=%2FzkdwHLVCa5ROQXJmhmEho7qNUNAky8L1gFjOuee%2B1Y%3D&reserved=0" id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736LPlnk932581" class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012OWAAutoLink m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736OWAAutoLink" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">
https://na01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fwww.sciencedirect.com%2Fscience%2Farticle%2Fpii%2FS0303264715001732&data=02%7C01%7Csji%40pharmacy.rutgers.edu%7Cb134e6f0f18640a1578608d5ac911871%7Cb92d2b234d35447093ff69aca6632ffe%7C1%7C1%7C636604661553806634&sdata=%2FzkdwHLVCa5ROQXJmhmEho7qNUNAky8L1gFjOuee%2B1Y%3D&reserved=0</a><br>
><br>
>    [5] Lu, H. P., Xun, L. and Xie, X. S. (1998) Single-Molecule Enzymatic<br>
> Dynamics. Science 282:1877-1882.  PDF at<br>
> <a href="https://na01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fwww.jbc.org%2Fcontent%2F274%2F23%2F15967.short&data=02%7C01%7Csji%40pharmacy.rutgers.edu%7Cb134e6f0f18640a1578608d5ac911871%7Cb92d2b234d35447093ff69aca6632ffe%7C1%7C1%7C636604661553806634&sdata=MiyaHdch%2B0%2BbaKVZ6xKGz1WJ22%2BKBlLrGpX2QkxvmXs%3D&reserved=0" id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736LPlnk698690" class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012OWAAutoLink m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736OWAAutoLink" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">
https://na01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fwww.jbc.org%2Fcontent%2F274%2F23%2F15967.short&data=02%7C01%7Csji%40pharmacy.rutgers.edu%7Cb134e6f0f18640a1578608d5ac911871%7Cb92d2b234d35447093ff69aca6632ffe%7C1%7C1%7C636604661553806634&sdata=MiyaHdch%2B0%2BbaKVZ6xKGz1WJ22%2BKBlLrGpX2QkxvmXs%3D&reserved=0</a><br>
>    [6] Ji, S. (2017). RASER Model of Single-Molecule Enzyme Catalysis and<br>
> Its Application to the Ribosome Structure and Function. Arch Mol. Med & Gen<br>
> 1:104. PDF at <a href="https://na01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fhendun.org%2Fjournals%2FAMMG%2FPDF%2FAMMG-18-1-104.pdf&data=02%7C01%7Csji%40pharmacy.rutgers.edu%7Cb134e6f0f18640a1578608d5ac911871%7Cb92d2b234d35447093ff69aca6632ffe%7C1%7C1%7C636604661553806634&sdata=uviYFoPZJ84kVeHTn6CorCcn1Z6mt6Va7Zni18AJ7o4%3D&reserved=0" id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736LPlnk553350" class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012OWAAutoLink m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736OWAAutoLink" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">
https://na01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fhendun.org%2Fjournals%2FAMMG%2FPDF%2FAMMG-18-1-104.pdf&data=02%7C01%7Csji%40pharmacy.rutgers.edu%7Cb134e6f0f18640a1578608d5ac911871%7Cb92d2b234d35447093ff69aca6632ffe%7C1%7C1%7C636604661553806634&sdata=uviYFoPZJ84kVeHTn6CorCcn1Z6mt6Va7Zni18AJ7o4%3D&reserved=0</a><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Fis mailing list<br>
> <a href="mailto:Fis@listas.unizar.es" id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736LPlnk427393" class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736OWAAutoLink" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">
Fis@listas.unizar.es</a><br>
> <a href="https://na01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Flistas.unizar.es%2Fcgi-bin%2Fmailman%2Flistinfo%2Ffis&data=02%7C01%7Csji%40pharmacy.rutgers.edu%7Cb134e6f0f18640a1578608d5ac911871%7Cb92d2b234d35447093ff69aca6632ffe%7C1%7C1%7C636604661553806634&sdata=7fXHqfrTJtxTNxqLgORTR11zFG72gjZ%2B2fvAjWHNwVQ%3D&reserved=0" id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736LPlnk39484" class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736x_m_456809759171946012OWAAutoLink m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736OWAAutoLink" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">
https://na01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Flistas.unizar.es%2Fcgi-bin%2Fmailman%2Flistinfo%2Ffis&data=02%7C01%7Csji%40pharmacy.rutgers.edu%7Cb134e6f0f18640a1578608d5ac911871%7Cb92d2b234d35447093ff69aca6632ffe%7C1%7C1%7C636604661553806634&sdata=7fXHqfrTJtxTNxqLgORTR11zFG72gjZ%2B2fvAjWHNwVQ%3D&reserved=0</a><br>
><br>
</div>
</span></font></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br>
_______________________________________________<br>
Fis mailing list<br>
<a href="mailto:Fis@listas.unizar.es" id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736LPlnk268739" class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736OWAAutoLink" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">Fis@listas.unizar.es</a><br>
<a href="https://na01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Flistas.unizar.es%2Fcgi-bin%2Fmailman%2Flistinfo%2Ffis&data=02%7C01%7Csji%40pharmacy.rutgers.edu%7Ceffd81bea74b4a79d65c08d5add8236f%7Cb92d2b234d35447093ff69aca6632ffe%7C1%7C0%7C636606066226659457&sdata=uHgHovMrsPrwX5N03KhZn6%2BKPCqmHQQ8JLLLGK1aPsw%3D&reserved=0" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" id="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736LPlnk243162" class="m_-4942637198535395833x_m_4874210164462946736OWAAutoLink" target="_blank">http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis</a><br>
<br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
Fis mailing list<br>
<a href="mailto:Fis@listas.unizar.es" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">Fis@listas.unizar.es</a><br>
<a href="https://na01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Flistas.unizar.es%2Fcgi-bin%2Fmailman%2Flistinfo%2Ffis&data=02%7C01%7Csji%40pharmacy.rutgers.edu%7C34faa87b20ca443af2eb08d5b1effc4d%7Cb92d2b234d35447093ff69aca6632ffe%7C1%7C0%7C636610566724380619&sdata=UlMMbtpSYVqeVJDUhEokYcRwGDsPoZFOIX0ffu8i4zY%3D&reserved=0" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis</a><br>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div></div></div>