<div dir="ltr">Great news, Sungchil and an extremely interesting theory of language!<div><br></div><div class="gmail_extra">Congratulations! I think this goes well also with Petoukhov's contribution to the 2017 PBMB special issue you also wrote for.</div><div class="gmail_extra"><p><span lang="EN-US"><font face="georgia, serif"><a href="http://www.sciencedirect.com/science/journal/00796107/131" target="_blank">2017 JPBMB Focused Issue on Integral Biomathics: The Necessary Conjunction of Western and Eastern Thought Traditions for Exploring the Nature of Mind and Life</a></font></span><font face="georgia, serif"> </font> *</p></div><div class="gmail_extra">Now, the next step is of giving some more instructive details about the puzzle building to make your predictions happen.  I keep my thumbs pressed.</div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font face="georgia, serif">___ ___ ___<br><br></font></div><div><font face="georgia, serif"><a href="http://ibiomath.org" target="_blank">ibiomath.org</a> | <a href="http://irianc.org" target="_blank">irianc.org</a> | <a href="http://inbiosa.eu" target="_blank">inbiosa.eu</a></font></div><div dir="ltr">___________________________________________________________<br></div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><span style="font-family:georgia,serif;font-size:small;color:rgb(0,0,0)"><br></span></div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><div class="gmail_quote">On Wed, Jan 24, 2018 at 3:42 AM, Sungchul Ji <span dir="ltr"><<a href="mailto:sji@pharmacy.rutgers.edu" target="_blank">sji@pharmacy.rutgers.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div id="gmail-m_-1284621197292997899divtagdefaultwrapper" dir="ltr">
<p style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt;margin-top:0px;margin-bottom:0px">
Hi FISers,</p>
<p style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt;margin-top:0px;margin-bottom:0px">
<br>
</p>
<p style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt;margin-top:0px;margin-bottom:0px">
   (<b>1</b>)  Stanley Salthe kindly brought to my attention the following link to the article recently published by Rutgers researchers dealing with the basic building blocks (BBBs, or'legos')<span> </span>of proteins that I was unaware of.  The Rutgers researchers
 applied the 'smash-and search' method to almost 10,000 proteins catalyzing oxidation-reduction (redox) reactions in living systems and found only 4 BBBs (each consisting of 60-100 amino acids) that were common to all the redox-catalyzing enzymes (i.e., oxidoreductases). 
 They also predicted that there are more BBBs to be discovered that catalyze chemical reactions other than redox reactions. </p>
<p style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt;margin-top:0px;margin-bottom:0px">
<br>
</p>
<p style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt;margin-top:0px;margin-bottom:0px">
<span style="font-size:20px;font-weight:bold;color:rgb(51,51,51);font-family:"Helvetica Neue",Helvetica,Arial,sans-serif">Science News</span><br>
</p>
<p style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt;margin-top:0px;margin-bottom:0px">
</p>
<div class="gmail-m_-1284621197292997899head gmail-m_-1284621197292997899no-print" style="height:20px;margin:10px 0px;color:rgb(51,51,51);font-family:"Helvetica Neue",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:14px;border-top-left-radius:0px;border-top-right-radius:0px;border-bottom-right-radius:0px;border-bottom-left-radius:0px">
<div class="gmail-m_-1284621197292997899pull-right gmail-m_-1284621197292997899head-right" style="float:right;font-style:italic;margin-top:7px;border-top-left-radius:0px;border-top-right-radius:0px;border-bottom-right-radius:0px;border-bottom-left-radius:0px">
from research organizations</div>
</div>
<div class="gmail-m_-1284621197292997899clearfix" style="color:rgb(51,51,51);font-family:"Helvetica Neue",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:14px;border-top-left-radius:0px;border-top-right-radius:0px;border-bottom-right-radius:0px;border-bottom-left-radius:0px">
</div>
<hr class="gmail-m_-1284621197292997899head-rule gmail-m_-1284621197292997899no-print" style="height:0px;margin:5px 0px 15px;border-right-width:0px;border-color:rgb(204,204,204);border-bottom-width:0px;border-left-width:0px;border-top-style:solid;color:rgb(51,51,51);font-family:"Helvetica Neue",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:14px;border-top-left-radius:0px;border-top-right-radius:0px;border-bottom-right-radius:0px;border-bottom-left-radius:0px">
<h1 id="gmail-m_-1284621197292997899headline" class="gmail-m_-1284621197292997899headline" style="font-size:24px;margin:0px;font-family:"Helvetica Neue",Helvetica,Arial,sans-serif;font-weight:500;line-height:1.1;color:rgb(0,66,118);border-top-left-radius:0px;border-top-right-radius:0px;border-bottom-right-radius:0px;border-bottom-left-radius:0px">
Scientists discover 'Legos of life'</h1>
<dl class="gmail-m_-1284621197292997899dl-horizontal gmail-m_-1284621197292997899dl-custom" style="margin:20px 0px 0px;color:rgb(51,51,51);font-family:"Helvetica Neue",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:14px;border-top-left-radius:0px;border-top-right-radius:0px;border-bottom-right-radius:0px;border-bottom-left-radius:0px">
<dt style="line-height:1.42857;float:left;width:70px;clear:left;text-align:right;overflow:hidden;text-overflow:ellipsis;white-space:nowrap;font-style:italic;padding-bottom:5px;border-top-left-radius:0px;border-top-right-radius:0px;border-bottom-right-radius:0px;border-bottom-left-radius:0px">
Date:</dt><dd id="gmail-m_-1284621197292997899date_posted" style="line-height:1.42857;margin-left:90px;padding-bottom:5px;border-top-left-radius:0px;border-top-right-radius:0px;border-bottom-right-radius:0px;border-bottom-left-radius:0px">
January 22, 2018</dd><dt style="line-height:1.42857;float:left;width:70px;clear:left;text-align:right;overflow:hidden;text-overflow:ellipsis;white-space:nowrap;font-style:italic;padding-bottom:5px;border-top-left-radius:0px;border-top-right-radius:0px;border-bottom-right-radius:0px;border-bottom-left-radius:0px">
Source:</dt><dd id="gmail-m_-1284621197292997899source" style="line-height:1.42857;margin-left:90px;padding-bottom:5px;border-top-left-radius:0px;border-top-right-radius:0px;border-bottom-right-radius:0px;border-bottom-left-radius:0px">
Rutgers University-New Brunswick</dd><dt style="line-height:1.42857;float:left;width:70px;clear:left;text-align:right;overflow:hidden;text-overflow:ellipsis;white-space:nowrap;font-style:italic;padding-bottom:5px;border-top-left-radius:0px;border-top-right-radius:0px;border-bottom-right-radius:0px;border-bottom-left-radius:0px">
Summary:</dt><dd id="gmail-m_-1284621197292997899abstract" style="line-height:1.42857;margin-left:90px;padding-bottom:5px;margin-bottom:15px;border-top-left-radius:0px;border-top-right-radius:0px;border-bottom-right-radius:0px;border-bottom-left-radius:0px">
Scientists have found the “Legos of life” – four core chemical structures that can be stacked together to build the myriad proteins inside every organism – after smashing and dissecting nearly 10,000 proteins to understand their component <u></u><a class="gmail-m_-1284621197292997899in-text-unit" href="http://7769domain.com/Ad/GoIEx2/?token=WCtDQW94L0I0Q0FJMVpZakdtU3NsdWxYcmFCTUF1dVg4b3lSRDFFY3FGSXRDOGI1SUIvNUYyZVRaZDRpRXgweVFoZm9DZVVpajNuU1h5blZVbzVsWlVselpaZWNiNGQ0RElYTnJUWEw3R0xjOUlNd0cyQkJvSHhsSHcwdSs0SnhRR0lJMmNlSWZiRHFuaE1WTWx1V3lWZFZMQm8yL2s3ZlFpSTFvaG9IczdBPQ2" disabled style="border-top-left-radius:0px;border-top-right-radius:0px;border-bottom-right-radius:0px;border-bottom-left-radius:0px" target="_blank">parts</a><u></u>.
 The four building blocks make energy available for humans and all other living organisms, according to a new study.</dd></dl>
<a href="https://www.sciencedaily.com/releases/2018/01/180122175526.htm" class="gmail-m_-1284621197292997899OWAAutoLink" id="gmail-m_-1284621197292997899LPlnk777127" disabled target="_blank">https://www.sciencedaily.com/<wbr>releases/2018/01/180122175526.<wbr>htm</a>
<p></p>
<p style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt;margin-top:0px;margin-bottom:0px">
<span style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:16px"><br>
</span></p>
<p style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt;margin-top:0px;margin-bottom:0px">
   (<b>2</b>) Inspired by the concept of the 'lego' (see above) as applied to protein structure (to be denoted as L_proteins), I invoked the concept to the BBBs of genes (to be denoted as L_nucleotides), of metabolic pathways (to be denoted as L_MP),  and of
 the cell function-specific networks of metabolic pathways that I elected to refer to as the "hyper-metabolic pathways" (to be denoted as L_HyperMP).  The last is synonymous with the notion of "hyperstructures" proposed by Norris et al in 1999 [1].   These
 various BBBs are thought to be  organized hierarchically as shown in <b>Figure 1</b>.<br>
</p>
<p style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt;margin-top:0px;margin-bottom:0px">
<br>
</p>
<div id="gmail-m_-1284621197292997899divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt">
<img size="156949" id="gmail-m_-1284621197292997899img908454" disabled style="max-width: 99.9%;" src="cid:28c1bc80-8619-4dfc-a016-0f507af1caa7">
<div id="gmail-m_-1284621197292997899divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols">
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"></p>
</div>
</div>
<div id="gmail-m_-1284621197292997899divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt">
<br>
</div>
<div id="gmail-m_-1284621197292997899divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt">
<br>
</div>
<div id="gmail-m_-1284621197292997899divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt">
<span style="font-family:"Times New Roman",Times,serif">   (<b>3</b>)  The hierarchically organized "legos" of cell
<i>linguistic building blocks </i> as proposed </span><span style="font-family:"Times New Roman",Times,serif">in
</span><b><span style="font-family:"Times New Roman",Times,serif">Figure 1 </span>
</b><span style="font-family:"Times New Roman",Times,serif">agrees well with the </span></div>
<div id="gmail-m_-1284621197292997899divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt">
<span style="font-family:"Times New Roman",Times,serif">isomorphism postulate between
<i>cellese</i> and <i>humanese</i> first proposed in 1997 [3, 4</span><span style="font-family:"Times New Roman",Times,serif">]  and further developed in 2018 [2, 5]</span></div>
<div id="gmail-m_-1284621197292997899divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt">
<span style="font-family:"Times New Roman",Times,serif">as summarized in <b>Table 1.</b></span></div>
<div id="gmail-m_-1284621197292997899divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt">
<b><br>
</b></div>
<div id="gmail-m_-1284621197292997899divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt">
<br>
</div>
<div id="gmail-m_-1284621197292997899divtagdefaultwrapper" dir="ltr">
<table class="gmail-m_-1284621197292997899MsoTableGrid" border="1" cellspacing="0" cellpadding="0" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt;background-color:rgb(231,230,230);border-collapse:collapse;border:none;background-position:initial initial;background-repeat:initial initial">
<tbody>
<tr>
<td width="623" colspan="4" valign="top" style="width:467.5pt;border:1pt solid windowtext;padding:4.3pt 5.75pt">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<b><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">Table 1.</span></b><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">  The structure of the cell language (<i>cellese</i>) inferred based on the postulated
<span style="color:rgb(255,0,0)">functional isomorphism between </span><i><span style="color:rgb(255,0,0)">cellese</span></i><span style="color:rgb(255,0,0)"> and </span><i><span style="color:rgb(255,0,0)">humanese</span></i><span style="color:rgb(255,0,0)">
</span>(or human language). Hyper-metabolic pathways are defined as sets of metabolic pathways that are functionally connected to carry out cell functions and are synonymous with Norris’ ‘hyperstructures’ [1].</span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif"><br>
</span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif"><b>1st Articulation</b> = II -> III (needed to decide)</span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif"><b>2nd Articulation</b> = I -> II (needed to denote) </span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif"><b>3rd Articulation</b> = III -> IV (needed to reason/argue/compute) [2]<br>
<br>
</span></p>
</td>
</tr>
<tr>
<td width="108" valign="top" style="width:80.75pt;border-right-width:1pt;border-bottom-width:1pt;border-left-width:1pt;border-style:none solid solid;border-right-color:windowtext;border-bottom-color:windowtext;border-left-color:windowtext;padding:4.3pt 5.75pt">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<b><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">Organization Level</span></b></p>
</td>
<td width="90" valign="top" style="width:67.5pt;border-style:none solid solid none;border-bottom-width:1pt;border-bottom-color:windowtext;border-right-width:1pt;border-right-color:windowtext;padding:4.3pt 5.75pt">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<b><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">Humanese</span></b></p>
</td>
<td width="180" valign="top" style="width:135pt;border-style:none solid solid none;border-bottom-width:1pt;border-bottom-color:windowtext;border-right-width:1pt;border-right-color:windowtext;padding:4.3pt 5.75pt">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<b><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">Function</span></b></p>
</td>
<td width="246" valign="top" style="width:184.25pt;border-style:none solid solid none;border-bottom-width:1pt;border-bottom-color:windowtext;border-right-width:1pt;border-right-color:windowtext;padding:4.3pt 5.75pt">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<b><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">Cellese</span></b></p>
</td>
</tr>
<tr>
<td width="108" valign="top" style="width:80.75pt;border-right-width:1pt;border-bottom-width:1pt;border-left-width:1pt;border-style:none solid solid;border-right-color:windowtext;border-bottom-color:windowtext;border-left-color:windowtext;padding:4.3pt 5.75pt">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">I</span></p>
</td>
<td width="90" valign="top" style="width:67.5pt;border-style:none solid solid none;border-bottom-width:1pt;border-bottom-color:windowtext;border-right-width:1pt;border-right-color:windowtext;padding:4.3pt 5.75pt">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">Letters</span></p>
</td>
<td width="180" valign="top" style="width:135pt;border-style:none solid solid none;border-bottom-width:1pt;border-bottom-color:windowtext;border-right-width:1pt;border-right-color:windowtext;padding:4.3pt 5.75pt">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">Basic Building block</span></p>
</td>
<td width="246" valign="top" style="width:184.25pt;border-style:none solid solid none;border-bottom-width:1pt;border-bottom-color:windowtext;border-right-width:1pt;border-right-color:windowtext;padding:4.3pt 5.75pt">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">Nucleotides <br>
(A, C, G, T, AC, AG, TC, TTC, AGT, etc.)</span></p>
</td>
</tr>
<tr>
<td width="108" valign="top" style="width:80.75pt;border-right-width:1pt;border-bottom-width:1pt;border-left-width:1pt;border-style:none solid solid;border-right-color:windowtext;border-bottom-color:windowtext;border-left-color:windowtext;padding:4.3pt 5.75pt">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">II</span></p>
</td>
<td width="90" valign="top" style="width:67.5pt;border-style:none solid solid none;border-bottom-width:1pt;border-bottom-color:windowtext;border-right-width:1pt;border-right-color:windowtext;padding:4.3pt 5.75pt">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">Words</span></p>
</td>
<td width="180" valign="top" style="width:135pt;border-style:none solid solid none;border-bottom-width:1pt;border-bottom-color:windowtext;border-right-width:1pt;border-right-color:windowtext;padding:4.3pt 5.75pt">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">To denote</span></p>
</td>
<td width="246" valign="top" style="width:184.25pt;border-style:none solid solid none;border-bottom-width:1pt;border-bottom-color:windowtext;border-right-width:1pt;border-right-color:windowtext;padding:4.3pt 5.75pt">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">Genes (e.g., sets of nucleotide  <wbr>triplets)</span></p>
</td>
</tr>
<tr>
<td width="108" valign="top" style="width:80.75pt;border-right-width:1pt;border-bottom-width:1pt;border-left-width:1pt;border-style:none solid solid;border-right-color:windowtext;border-bottom-color:windowtext;border-left-color:windowtext;padding:4.3pt 5.75pt">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">III</span></p>
</td>
<td width="90" valign="top" style="width:67.5pt;border-style:none solid solid none;border-bottom-width:1pt;border-bottom-color:windowtext;border-right-width:1pt;border-right-color:windowtext;padding:4.3pt 5.75pt">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">Sentences</span></p>
</td>
<td width="180" valign="top" style="width:135pt;border-style:none solid solid none;border-bottom-width:1pt;border-bottom-color:windowtext;border-right-width:1pt;border-right-color:windowtext;padding:4.3pt 5.75pt">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">To decide</span></p>
</td>
<td width="246" valign="top" style="width:184.25pt;border-style:none solid solid none;border-bottom-width:1pt;border-bottom-color:windowtext;border-right-width:1pt;border-right-color:windowtext;padding:4.3pt 5.75pt">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">Metabolic pathways (MP)</span></p>
</td>
</tr>
<tr>
<td width="108" valign="top" style="width:80.75pt;border-right-width:1pt;border-bottom-width:1pt;border-left-width:1pt;border-style:none solid solid;border-right-color:windowtext;border-bottom-color:windowtext;border-left-color:windowtext;padding:4.3pt 5.75pt">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">IV</span></p>
</td>
<td width="90" valign="top" style="width:67.5pt;border-style:none solid solid none;border-bottom-width:1pt;border-bottom-color:windowtext;border-right-width:1pt;border-right-color:windowtext;padding:4.3pt 5.75pt">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">Texts</span></p>
</td>
<td width="180" valign="top" style="width:135pt;border-style:none solid solid none;border-bottom-width:1pt;border-bottom-color:windowtext;border-right-width:1pt;border-right-color:windowtext;padding:4.3pt 5.75pt">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">To argue/reason/compute</span></p>
</td>
<td width="246" valign="top" style="width:184.25pt;border-style:none solid solid none;border-bottom-width:1pt;border-bottom-color:windowtext;border-right-width:1pt;border-right-color:windowtext;padding:4.3pt 5.75pt">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">Hyper-metabolic pathways (HMP)</span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal">
<span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">or Hyperstructures of Norris [1]</span></p>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
<p class="MsoNormal" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt">
<span style="font-family:"Times New Roman",Times,serif">  </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt">   Probably the most noteworthy novel feature of
</span><b style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt"><span style="font-family:"Times New Roman",Times,serif">Table
 1</span></b><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt"> </span><font face="Times New Roman, Times, serif"><span style="font-size:12pt">is the concepts of the "3rd articulation" (imported from linguistics [3]) </span></font><font face="Times New Roman, Times, serif"><span style="font-size:12pt">and 
 "hyper-metabolic pathways" (</span>publical<span style="font-size:12pt">y </span></font><font face="Times New Roman, Times, serif"><span style="font-size:12pt">described here for the first time).  Due to the </span></font><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt">lack
 of quantitative </span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt">experimental methods, it has been very difficult, if not impossible, to study the "third articulation" and "hyper-metabolic pathways"</span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt">in
 cell biology until now</span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt">.  However, the situation may change rapidly </span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt">with
 the recent emergence of the </span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt">method of "the Planck-Shannon plots (PSP)"  described in [5], if this method is adopted by </span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt">cell
 biologists around the world  in </span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt">analyzing </span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt">their transcritomes
 (i.e., the whole-cell mRNA levels) measured with </span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:12pt">microarrays or their equivalent.  PSP an be applied to analyzing other "hyperstructural data" such as fMRI (fucntional
 Magnetic Resoance Imaging) data measured from different regions of the brain that transiently cooperate to carry out brain functions and then disassemble. </span></p>
<p class="MsoNormal" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt">
<br>
</p>
<p class="MsoNormal"><font face="Times New Roman, Times, serif"><span style="font-size:12pt">Another potentially controversial proposal is that DNA may contain more than one genetic alphabet (i.e., the traditional one with four nucleotides, A, C, G
 and T) such as what may be c</span></font><font face="Times New Roman, Times, serif"><span style="font-size:12pt">alled the 2nd-order genetic alphabet consisting of 4^2 = 16 doublets of nucleotides such as AT, CG, CT, etc., and the 3rd-order alphabet consisting
 of 4^3 = 64 letters, such as ACT coding fro threonine, CGT coding for a</span>rginine<span style="font-size:12pt">, GCG coding for alanine, etc. If this proposal turns out to be correct, the nucleotide triplets coding for the 20 amino acids are not genetic
 words, as currently widely thought, but genetic letters of the 3rd order.  This way of looking at the genetic alphabet indicates that a series of nucleotide triplets (viewed as letters) can form genes (or proteins) viewed as words via covalent interactions,
 consistent with the cell language theory summarized in <b>Table 1</b> [2, 3, 4].  </span></font></p>
<p class="MsoNormal" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt">
<br>
</p>
<p class="MsoNormal" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt">
<span style="font-family:"Times New Roman",Times,serif">If you have any questions or suggestions, please let me know.</span></p>
<p class="MsoNormal" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt">
<br>
</p>
<p class="MsoNormal" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt">
<span style="font-family:"Times New Roman",Times,serif">All the best.</span></p>
<p class="MsoNormal" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt">
<br>
</p>
<p class="MsoNormal" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt">
<span style="font-family:"Times New Roman",Times,serif">References:</span></p>
<p class="MsoNormal" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt">
<br>
</p>
<p class="MsoNormal" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt">
   [1]<span style="font-size:12pt;line-height:107%;font-family:"Times New Roman",serif"> Norris, V.  et al. (1999).  Hypothesis: Hyperstructures regulate bacterial structure and the cell cycle.
<i>Biochimie</i> <b>81: </b>915-920.  <br>
   [2] Ji, S. (2018).  The Cell Language Theory: Connecting Mind and Matter.  World Scientific Publishing, New Jersey.<br>
</span><span style="font-family:"Times New Roman",serif;font-size:12pt">   [3]  </span><span style="font-family:"Times New Roman",serif;font-size:12pt">Ji, S. (1997). Isomorphism between cell and human languages: molecular biological, </span><span style="font-family:"Times New Roman",serif;font-size:12pt">bioinformatics
 and linguistic implications. </span><i style="font-family:"Times New Roman",serif;font-size:12pt">BioSystems</i><span style="font-family:"Times New Roman",serif;font-size:12pt">
</span><b style="font-family:"Times New Roman",serif;font-size:12pt">44: </b><span style="font-family:"Times New Roman",serif;font-size:12pt">17-39.<br>
</span><span style="font-family:"Times New Roman",serif;font-size:12pt">   [4] Ji, S. (1999).  The Linguistics of DNA: Words, Sentences, Grammar, Phonetics, and </span><span style="font-family:"Times New Roman",serif;font-size:12pt"> Semantics.  </span><i style="font-family:"Times New Roman",serif;font-size:12pt">Ann.
 N. Y. Acad. Sci.</i><span style="font-family:"Times New Roman",serif;font-size:12pt">
</span><b style="font-family:"Times New Roman",serif;font-size:12pt">870: </b><span style="font-family:"Times New Roman",serif;font-size:12pt">411-417. <br>
   </span><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif"> [5] Ji, S. (2018).  The Molecular Linguistics of DNA: Letters, Words, Sentences, Texts, and their Meanings. (Invited contribution</span><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman",serif">).<br>
   </span><span style="font-family:"Times New Roman",serif;font-size:12pt"></span></p>
<br>
</div>
<div id="gmail-m_-1284621197292997899divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt">
<br>
</div>
<div id="gmail-m_-1284621197292997899divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;font-size:12pt">
<br>
</div>
</div>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Fis mailing list<br>
<a href="mailto:Fis@listas.unizar.es">Fis@listas.unizar.es</a><br>
<a href="http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis" rel="noreferrer" target="_blank">http://listas.unizar.es/cgi-<wbr>bin/mailman/listinfo/fis</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>