<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>Dear Dr Plamen <br></div>I find many common themes in your work and my approach<br></div>to the foundational questions of physics mathematics and biology.<br></div>I find integral biomaths approach very appealing and it fits very well<br></div>with my understanding from quantum field theory approach to<br></div>quantum matter. <br></div><div>I would like to know about the biologists who use Grassmann algebra.<br></div><div>As regards your criticism about the quantum approach to biology my reply<br></div><div>is that quantum theory shares the categorical structure with biology. In other<br></div><div>words to see how quantum theory is related to biology we must realize<br></div><div>that both quantum theory and biology have category theoretical formulations<br></div><div>and hence both share the similar algebraic structures and hence the underlying<br></div><div>philosophy is Whiteheadean process philosophy which has been discussed<br></div><div>by authors like Henry Stapp.<br></div><div>I emphasize that one fundamental difference between classical mechanics and quantum<br></div><div>mechanics is that the latter has scope of accommodating life and mind which is because<br></div><div>of the reason that logical foundations of quantum theory are entirely different. I resonate<br></div><div>here with Robert Rosen who has worked out the logic of biology and I find striking similarities<br></div><div>between his work and quantum theory. So it opens up a field of research where we<br></div><div>need to use category theory to bring biology under the umbrella of quantum theory.<br></div><div>I invite all those interested in this endeavor to join the hands!<br></div><div><br></div><div>PLease refer me to the works about Grassmann algebra in biology.<br><br></div><div>Rukhsan <br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Apr 1, 2016 at 7:41 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:fis-request@listas.unizar.es" target="_blank">fis-request@listas.unizar.es</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Send Fis mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:fis@listas.unizar.es">fis@listas.unizar.es</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis" rel="noreferrer" target="_blank">http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:fis-request@listas.unizar.es">fis-request@listas.unizar.es</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:fis-owner@listas.unizar.es">fis-owner@listas.unizar.es</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of Fis digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1. _ Re: Postface on math:  Fis Digest, Vol 24, Issue 46<br>
      (Dr. Plamen L. Simeonov)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Fri, 1 Apr 2016 16:11:03 +0200<br>
From: "Dr. Plamen L. Simeonov" <<a href="mailto:plamen.l.simeonov@gmail.com">plamen.l.simeonov@gmail.com</a>><br>
To: Rukhsanulhaq <<a href="mailto:rukhsanulhaq@gmail.com">rukhsanulhaq@gmail.com</a>><br>
Cc: fis <<a href="mailto:fis@listas.unizar.es">fis@listas.unizar.es</a>>, Louis H Kauffman <<a href="mailto:loukau@gmail.com">loukau@gmail.com</a>><br>
Subject: [Fis] _ Re: Postface on math:  Fis Digest, Vol 24, Issue 46<br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:CAMBikj76UVsLWuKykGJKEMLjc1kbm-%2BaQ50_LvnMoO7k5ZisdA@mail.gmail.com">CAMBikj76UVsLWuKykGJKEMLjc1kbm-+aQ50_LvnMoO7k5ZisdA@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Dear All,<br>
<br>
I was about to close this chapter on math following Pedro's announcement of<br>
Soeren's theme to start this weekend, when I discovered these two messages<br>
by Rukhsan Ulhaq on QM.<br>
<br>
Relating this to recursion and what Pedro said in his final note on Lou's<br>
exposition, I'd like to refer to an older book by S. C. Kleene and R. S.<br>
Vesley entitled: "The Foundations of Intuitionistic Mathematics: Especially<br>
in Relation to Recursive Functions". It has impressed me once with its rich<br>
and powerful way of relating *Brouwer's inuitionistic theory of mathematics*<br>
(known for rejecting classical Aristotelian logic) to *recursive functions*.<br>
This is just as an idea where the way in modern constructive biomathematics<br>
could go again. An exciting survey on this aspect of developing mathematics<br>
was given by Fernando Zalamea (who also contributed to the 2015 special<br>
issue) in his 2012 book ?Synthetic Philosophy of Contemporary<br>
Mathematics?, commented<br>
by Longo<br>
<<a href="http://www.di.ens.fr/users/longo/files/PhilosophyAndCognition/Review-Zalamea-Grothendieck.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.di.ens.fr/users/longo/files/PhilosophyAndCognition/Review-Zalamea-Grothendieck.pdf</a>>.<br>
I liked Rukhsan's reference to Grassman's algebra in QM, which was already<br>
suggested for use in biology by some colleagues (perhaps with the same<br>
motivation). And I relate this again in the associative way that Robert<br>
Rosen would do to my earlier comment on Hamilton's distinction between<br>
algebra and geometry as the abstractions for the space and time continuums<br>
with the note by Gebser I used in my contribution to the special issue,<br>
that from the phenomenological perspective time is not a di-mention but an<br>
a-mension, i.e. it cannot be measurable in the way we do with the 3 spatial<br>
dimensions. And this is where the major conflict between modern natural<br>
scientists represented by Einstein and phenomenological philosophers,<br>
represented by Bergson, begins. We still do not have a solution of these<br>
two viewpoints and only began understanding each other after multiple<br>
recursive revisions of the 500+ pages contributions.<br>
<br>
<br>
Therefore, when picking up QM as a challenging paradoxal continuum which<br>
demands adequate mathematical formalisms, in particular in the context of<br>
biology, a few questions arise in my mind.<br>
<br>
Do we necessarily need a known mathematical technique for addressing some<br>
problem it was not developed for? We know that physicists are very skilled<br>
in developing their theories as pure new mathematics; take M-theory for<br>
instance. Why should biologists follow them? Do we need "classical" QM to<br>
answer biological questions?<br>
<br>
I think that we are mixing some very important aspects of living (incl.<br>
time's passing) by considering them measurable and computable in the usual<br>
sense. Rukhsan's question wether the quantum prioperties of matter do<br>
emerge from geometry needs a better formulation, because in its present<br>
version it is close to the contradicting and mistaken relation between<br>
potentiality and actuality discussed earlier by Lou and Bruno.<br>
<br>
In the course of this discussion we realised that we do not necessarily<br>
need genetics (a later developed memorization mechanism in evolution) to<br>
understad the emergence of biological forms. Why should be QM (as we know<br>
it today) the common denominator to understanding life, aside form the fact<br>
that Schr?dinger and others who followed him felt attracted to its unsolved<br>
puzzles? I believe that there is more in perpetuating life that has not<br>
been captured by QM yet. To capture this, it needs to be developed further.<br>
<br>
I do agree with both Lou and Rukhsan that geometry and algebra will be<br>
crucial in understanding the phenomena of life, but we also need to develop<br>
new mathematical thinking with respect to biology, just as Grassman,<br>
Brouwer and Grothendieck did for their domains.<br>
We may be able to use their approaches. But we will be strongly advised to<br>
always strive going beyond what we know at present.<br>
That Lou is using recursive functions and Spencer-Brown's "Laws"<br>
<a href="http://homepages.math.uic.edu/~kauffman/Laws.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://homepages.math.uic.edu/~kauffman/Laws.pdf</a><br>
is a fairly enlightening.<br>
<br>
All the best.<br>
<br>
Plamen<br>
<br>
____________________________________________________________<br>
<br>
<br>
On Thu, Mar 31, 2016 at 8:04 PM, Rukhsanulhaq <<a href="mailto:rukhsanulhaq@gmail.com">rukhsanulhaq@gmail.com</a>><br>
wrote:<br>
<br>
> Dear All<br>
> As Prof Kauffman has pointed out that there are many mysteries in quantum<br>
> theory which need to be decoded. The measurement problem being the central<br>
> one. And I agree with Prof Kauffman that taking the eigenvalue aspect of<br>
> quantum theory seriously and relating to Lambda calculus can help us to<br>
> understand its deeper aspects.<br>
> However I would like to point to yet another related aspect. Spin is<br>
> called essentially quantum mechanical property which has no classical<br>
> analogue. Yet when one does construct the formalism to treat spin we just<br>
> use SU(2) group which provides the double cover for SO((3) group and all of<br>
> it was known before quantum theory as well. Similarly fermions are also<br>
> very quantum objects but their algebra was once again developed by<br>
> Grassmann in an entirely different context. It begs the question how does<br>
> the Grassmann algebra which was developed to understand geometry is exactly<br>
> the same for building blocks of matter. Is somehow quantum<br>
> properties of matter coming from geometry. You will be surprised that in<br>
> recent developments in quantum theory(Berry phases) it has been found that<br>
> important physical properties of matter are related to geometry and<br>
> topology of space of quantum states.<br>
> So all of it suggests that we have a long way to go before we resolve the<br>
> paradoxes of quantum theory. Geometry and topology are going to be beacon<br>
> lights in this endeavor. I am not forgetting algebra and logic which are<br>
> already there in the quantum theory itself,Heisenberg commutation relations<br>
> are algebraic and logical expressions of underlying quantum world.<br>
><br>
> Rukhsan<br>
><br>
> On Thu, Mar 31, 2016 at 6:28 PM, <<a href="mailto:fis-request@listas.unizar.es">fis-request@listas.unizar.es</a>> wrote:<br>
><br>
>> Send Fis mailing list submissions to<br>
>>         <a href="mailto:fis@listas.unizar.es">fis@listas.unizar.es</a><br>
>><br>
>> To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
>>         <a href="http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis" rel="noreferrer" target="_blank">http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis</a><br>
>> or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
>>         <a href="mailto:fis-request@listas.unizar.es">fis-request@listas.unizar.es</a><br>
>><br>
>> You can reach the person managing the list at<br>
>>         <a href="mailto:fis-owner@listas.unizar.es">fis-owner@listas.unizar.es</a><br>
>><br>
>> When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
>> than "Re: Contents of Fis digest..."<br>
>><br>
>><br>
>> Today's Topics:<br>
>><br>
>>    1. _ Re: Fis Digest, Vol 24, Issue 45 (Rukhsanulhaq)<br>
>><br>
>><br>
>> ----------------------------------------------------------------------<br>
>><br>
>> Message: 1<br>
>> Date: Thu, 31 Mar 2016 18:28:28 +0530<br>
>> From: Rukhsanulhaq <<a href="mailto:rukhsanulhaq@gmail.com">rukhsanulhaq@gmail.com</a>><br>
>> To: <a href="mailto:fis@listas.unizar.es">fis@listas.unizar.es</a><br>
>> Subject: [Fis] _ Re: Fis Digest, Vol 24, Issue 45<br>
>> Message-ID:<br>
>>         <CAA-SiodrpjfDfijOLcg7pG_TX6pBg=<br>
>> <a href="mailto:YtDthU3qcHYEf2LW1Smw@mail.gmail.com">YtDthU3qcHYEf2LW1Smw@mail.gmail.com</a>><br>
>> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
>><br>
>> Dear all,thank you very much for very interesting and insightful<br>
>> discussions.<br>
>> I have been following them very keenly. Though the discussions have come<br>
>> to "new beginning" rather than to an end as Dr Plamen has rightly put<br>
>> it.,I<br>
>> want to<br>
>> add here couple of comments about quantum mechanics and biology.<br>
>> Prof Kauffman has expressed the need for the deeper quantum mechanics<br>
>> which<br>
>> surely must be due to the limited scope which present formulations and<br>
>> interpretations<br>
>> provide. However I would say that quantum theory is full fledged paradigm<br>
>> which<br>
>> has yet to be understood fully even after more than century after its<br>
>> inception by Planck.<br>
>> Quantum theory keeps on throwing surprises as we delve deeper into it.<br>
>> However the fact<br>
>> that quantum theory will provide a framework to understand biological<br>
>> phenomena was realized<br>
>> early on by one of the pioneers of the theory,Erwin Schroedinger and he<br>
>> went on to write a famous  book<br>
>> about it where concepts like "quantum jump" were used to understand<br>
>> discrete and probabilistic nature<br>
>> of genetic phenomena. In recent times many authors have tried to look<br>
>> deeper into the relation between<br>
>> quantum theory and biology and have dubbed this subject as "quantum<br>
>> biology".<br>
>>  There is a  lot of work that needs to be done to understand various<br>
>> aspects of quantum theory<br>
>> in more mathematically and philosophically transparent way. My approach to<br>
>> the foundations is based<br>
>> on Clifford algebras which are also central theme of other approaches like<br>
>> those of Bohm and Hiley,Penrose<br>
>> via twistors,Kauffman's via iterants, Finkelestein via quantum sets and<br>
>> quantum logic,Hesten's via geometric algebra.<br>
>> I am very hopeful that this approach will uncover the depths of quantum<br>
>> theory and will give us a very transport<br>
>> formulation and interpretation of  this "jewel of physics".<br>
>> Rukhsan<br>
>> Thank you very much<br>
>><br>
>> On Thu, Mar 31, 2016 at 4:45 PM, <<a href="mailto:fis-request@listas.unizar.es">fis-request@listas.unizar.es</a>> wrote:<br>
>><br>
>> > Send Fis mailing list submissions to<br>
>> >         <a href="mailto:fis@listas.unizar.es">fis@listas.unizar.es</a><br>
>> ><br>
>> > To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
>> >         <a href="http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis" rel="noreferrer" target="_blank">http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis</a><br>
>> > or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
>> >         <a href="mailto:fis-request@listas.unizar.es">fis-request@listas.unizar.es</a><br>
>> ><br>
>> > You can reach the person managing the list at<br>
>> >         <a href="mailto:fis-owner@listas.unizar.es">fis-owner@listas.unizar.es</a><br>
>> ><br>
>> > When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
>> > than "Re: Contents of Fis digest..."<br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > Today's Topics:<br>
>> ><br>
>> >    1. Re: concluding by beginning (Dr. Plamen L. Simeonov)<br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > ----------------------------------------------------------------------<br>
>> ><br>
>> > Message: 1<br>
>> > Date: Thu, 31 Mar 2016 13:14:45 +0200<br>
>> > From: "Dr. Plamen L. Simeonov" <<a href="mailto:plamen.l.simeonov@gmail.com">plamen.l.simeonov@gmail.com</a>><br>
>> > To: Louis H Kauffman <<a href="mailto:loukau@gmail.com">loukau@gmail.com</a>><br>
>> > Cc: fis <<a href="mailto:fis@listas.unizar.es">fis@listas.unizar.es</a>>, Joel Isaacson <<a href="mailto:isaacsonj@hotmail.com">isaacsonj@hotmail.com</a>><br>
>> > Subject: Re: [Fis] concluding by beginning<br>
>> > Message-ID:<br>
>> >         <<br>
>> > <a href="mailto:CAMBikj5o_c1otwJKXYtvdi_q1WKS_%2BfJz4-fFEq5Ba22iNe1qw@mail.gmail.com">CAMBikj5o_c1otwJKXYtvdi_q1WKS_+fJz4-fFEq5Ba22iNe1qw@mail.gmail.com</a>><br>
>> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
>> ><br>
>> > Dear FIS Fellows,<br>
>> ><br>
>> > I was also about writing some concluding remarks, since our time for<br>
>> math<br>
>> > in bio is about to end this week, but realized that Lou was fast with an<br>
>> > excellent final comment and list of references for postprocessing. I am<br>
>> > happy that after some initial hesitation on the forum the key messages<br>
>> came<br>
>> > accross and we were able to cover within short time the broad span of<br>
>> views<br>
>> > within short time. You are very welcome to continue the discussion also<br>
>> > privately and of course, within the scope of the next themes to come:<br>
>> > bio/cybersemiotics with Soeren Brier and physics with Alex Hankey, which<br>
>> > were nicely introduced by some earlier comments and associations like<br>
>> Bob's<br>
>> > triad from his inspiring book "The Third Window" which I see related to<br>
>> > C.S. Pierce's initiations in math, philosophy and semiotics. It became<br>
>> > clear that such important issues as circularity and<br>
>> recursion/repetition in<br>
>> > biology are closely related to distiction, (autocatalytic re)action,<br>
>> > memory, (negative) feedback, automation, self-organization, autocells on<br>
>> > the one side and (prime) numbers, fractional calculus,<br>
>> > triangular/quadrangular/polihedral structures, (Riemann) wave function<br>
>> > (analysis), QM and fractal geometry on the other, with opening room for<br>
>> > covering even more phenomenology and creating ideas along the multiple<br>
>> > lines of causation up to the limits of thought and imagination, nicely<br>
>> > reflected by the participants in the discussion. So I have no other<br>
>> chance<br>
>> > but to say: that's real life in a nutshell of exchanged messages! The<br>
>> most<br>
>> > astonishing characteristic of this communication which comes to end, but<br>
>> > just began in my eyes, is that we succeed to build together something<br>
>> that<br>
>> > is capabloe to not only link remote and sometimes obscure and absurd<br>
>> ideas<br>
>> > and question, but also attribute, enfold and evolve them with what we<br>
>> call<br>
>> > a trace of information, an ontology of a creative development process we<br>
>> > are participating, as if life becomes that what we really discover,<br>
>> revolve<br>
>> > and impress just in time: in Alex's words "a living from that e can<br>
>> > interact with, and (which) we are". And this is recursively wraped again<br>
>> > within Francesco's phrase: "la conoscenca ha fondamenti biologici ... e<br>
>> > viceversa, la biologia ha fondamenti quantistici". How could I say this<br>
>> in<br>
>> > Latin? Thank you all for this precious present! And welcome to the<br>
>> > next/this discussion topic again.<br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > Plamen<br>
>> ><br>
>> > ____________________________________________________________<br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > On Thu, Mar 31, 2016 at 9:49 AM, Louis H Kauffman <<a href="mailto:loukau@gmail.com">loukau@gmail.com</a>><br>
>> > wrote:<br>
>> ><br>
>> > > Dear Folks,<br>
>> > > I will close with some comments about the relationship between<br>
>> recursive<br>
>> > > distinctioning and replication in biology.<br>
>> > > This will be another example of the sort of modeling excursion that<br>
>> one<br>
>> > > can make by looking at patterns and analogies.<br>
>> > > See<br>
>> > > <a href="http://homepages.math.uic.edu/~kauffman/RD.html" rel="noreferrer" target="_blank">homepages.math.uic.edu/~kauffman/RD.html</a><br>
>> > ><br>
>> > > *RECURSIVE DISTINCTIONING This folder contains links to papers<br>
>> related to<br>
>> > > Recursive Distinctioning. Recursive Distinctioning means just what it<br>
>> > says.<br>
>> > > A pattern of distinctions is given in a space based on a graphical<br>
>> > > structure (such as a line of print or a planar lattice or given<br>
>> graph).<br>
>> > > Each node of the graph is occupied by a letter from some arbitrary<br>
>> > > alphabet. A specialized alphabet is given that can indicate<br>
>> distinctions<br>
>> > > about neighbors of a given node. The neighbors of a node are all nodes<br>
>> > that<br>
>> > > are connected to the given node by edges in the graph. The letters in<br>
>> the<br>
>> > > specialized alphabet (call it SA) are used to describe the states of<br>
>> the<br>
>> > > letters in the given graph and at each stage in the recursion,<br>
>> letters in<br>
>> > > SA are written at all nodes in the graph, describing its previous<br>
>> state.<br>
>> > > The recursive structure that results from the iteration of<br>
>> descriptions<br>
>> > is<br>
>> > > called Recursive Distinctioning. Here is an example. We use a line<br>
>> graph<br>
>> > > and represent it just as a finite row of letters. The Special<br>
>> Alphabet is<br>
>> > > SA = { =, [, ], O} where "=" means that the letters to the left and to<br>
>> > the<br>
>> > > right are equal to the letter in the middle. Thus if we had AAA in the<br>
>> > line<br>
>> > > then the middle A would be replaced by =. The symbol "[" means that<br>
>> the<br>
>> > > letter to the LEFT is different. Thus in ABB the middle letter would<br>
>> be<br>
>> > > replaced by [. The symbol "]" means that the letter to the right is<br>
>> > > different. And finally the symbol "O" means that the letters both to<br>
>> the<br>
>> > > left and to the right are different. SA is a tiny language of<br>
>> elementary<br>
>> > > letter-distinctions. Here is an example of this RD in operation where<br>
>> we<br>
>> > > use the proverbial three dots to indicate a long string of letters in<br>
>> the<br>
>> > > same pattern. For example,... AAAAAAAAAABAAAAAAAAAA ... is replaced by<br>
>> > ...<br>
>> > > =========]O[========= ... is replaced by ... ========]OOO[========<br>
>> ... is<br>
>> > > replaced by ... =======]O[=]O[======= ... . Note that the element ]O[<br>
>> > > appears and it has replicated itself in a kind of mitosis. To see<br>
>> this in<br>
>> > > more detail, here is a link to a page from a mathematica program<br>
>> written<br>
>> > by<br>
>> > > LK that uses a 'blank' or 'unmarked state' instead of the '=" sign.<br>
>> > Program<br>
>> > > and Output <<a href="https://dl.dropbox.com/u/11067256/RDL.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">https://dl.dropbox.com/u/11067256/RDL.pdf</a>>. Elementary RD<br>
>> > > patterns are fundamental and will be found in many structures at all<br>
>> > > levels. To see an cellular automaton example of this phenomenon, look<br>
>> at<br>
>> > > the next link. Here we see a replicator in 'HighLife' a modification<br>
>> of<br>
>> > > John Horton Conway's automaton 'Life'. The Highlife Replicator follows<br>
>> > the<br>
>> > > same pattern as our RD Replicator! We can begin to understand how the<br>
>> RD<br>
>> > > Replicator works. This gives a foundation for understanding how the<br>
>> more<br>
>> > > complex HighLife Replicator behaves in its context. HighLife<br>
>> Replicator.<br>
>> > > <<a href="https://en.m.wikipedia.org/wiki/Highlife_(cellular_automaton)" rel="noreferrer" target="_blank">https://en.m.wikipedia.org/wiki/Highlife_(cellular_automaton)</a>><br>
>> Finally,<br>
>> > > here is an excerpt from a paper by LK about replication in biology and<br>
>> > the<br>
>> > > role of RD. Excerpt.<br>
>> > > <<a href="https://dl.dropbox.com/u/11067256/KauffmanExcerpt.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">https://dl.dropbox.com/u/11067256/KauffmanExcerpt.pdf</a>>*<br>
>> > ><br>
>> > > *See RDLetter. <<a href="http://homepages.math.uic.edu/~kauffman/RDLetter.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://homepages.math.uic.edu/~kauffman/RDLetter.pdf</a>><br>
>> > This<br>
>> > > is the Isaacson-Kauffman report on RD, summarized in a<br>
>> > letter-to-the-editor<br>
>> > > of JSP, Vol. 4, No. 1, Spring 2015, directly accessed on this server.*<br>
>> > ><br>
>> > > *See Patent.<br>
>> > > <<a href="https://dl.dropbox.com/u/11067256/JoelIsaacsonPatentDocument.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">https://dl.dropbox.com/u/11067256/JoelIsaacsonPatentDocument.pdf</a><br>
>> >This<br>
>> > is<br>
>> > > Joel Isaacson's patent document for RD.*<br>
>> > ><br>
>> > ><br>
>> > > *See Biological Replication.<br>
>> > > <<a href="https://dl.dropbox.com/u/11067256/KauffmanJPBM1033.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">https://dl.dropbox.com/u/11067256/KauffmanJPBM1033.pdf</a>> This is a<br>
>> > related<br>
>> > > paper by Kauffman.You see above a very simple distinction making/using<br>
>> > > automaton that produces a ?cell?  ]O[ from an elementary distinction<br>
>> (of<br>
>> > > B from the background of equal A?s),and that this cell then undergoes<br>
>> > > mitosis. Then as an observer you must look again and note that the<br>
>> > nothing<br>
>> > > that happens in this automaton is local. The cell happensbecause of<br>
>> the<br>
>> > > global structure of the one-dimensional automata space. The apparent<br>
>> > > splitting from the inside of the cell is actually a consequence of the<br>
>> > > global condition of the cell in the whole space. The entire evolution<br>
>> of<br>
>> > > the process is a repeated articulation of the distinctions that are<br>
>> > present<br>
>> > > in the process. This isa new holistic modeling paradigm and we are<br>
>> > > exploring with simple examples the extent to which it will apply to<br>
>> more<br>
>> > > complex phenomena.A more extended paper by myself and Joel Isaacson<br>
>> will<br>
>> > be<br>
>> > > available soon.Best,Lou Kauffman*<br>
>> > ><br>
>> > > On Mar 30, 2016, at 7:18 AM, Pedro C. Marijuan <<br>
>> > <a href="mailto:pcmarijuan.iacs@aragon.es">pcmarijuan.iacs@aragon.es</a>><br>
>> > > wrote:<br>
>> > ><br>
>> > > Sorry but the dancing time is over... maybe tomorrow or on Friday Lou<br>
>> > > could send some concluding comment, and next Monday Soeren would start<br>
>> > the<br>
>> > > new part. The present Q. discussion can surface again during the<br>
>> coming<br>
>> > > session...<br>
>> > > best--Pedro<br>
>> > ><br>
>> > ><br>
>> > > El 30/03/2016 a las 1:06, Dr. Plamen L. Simeonov escribi?:<br>
>> > ><br>
>> > > I think you are right, Lou, with respect to Deutsch who actually met<br>
>> > > Everett III with the multiple universe hypothesis. The sole name<br>
>> > > ?constructor theory? invoked associations beyond the quantum frame in<br>
>> me,<br>
>> > > but he did not went that far. As for Josephson, I am not quite sure<br>
>> about<br>
>> > > his notion. Brian remains firmly on the quantum level in the papers I<br>
>> > > referred earlier, but he often returns to Ilexa Yarley?s ?circular<br>
>> > theory?<br>
>> > > which offers a much broader interpretation in my opinion. I expected<br>
>> your<br>
>> > > mentioning of (the vibrations of) ?thought forms?, which are supposed<br>
>> to<br>
>> > > invoke the emergence of word and action. I welcome your understanding<br>
>> for<br>
>> > > the necessity of a deeper QM to make the links between actuality and<br>
>> the<br>
>> > > bounded potentiality more comprehensive.<br>
>> > ><br>
>> > > Best,<br>
>> > ><br>
>> > > Plamen<br>
>> > ><br>
>> > ><br>
>> > ><br>
>> > ><br>
>> > > On Wed, Mar 30, 2016 at 12:33 AM, Louis H Kauffman < <<br>
>> <a href="mailto:kauffman@uic.edu">kauffman@uic.edu</a>><br>
>> > > <a href="mailto:kauffman@uic.edu">kauffman@uic.edu</a>> wrote:<br>
>> > ><br>
>> > >> Josephson and Deutsh are not ?deeper than QM?. Deutsch for example<br>
>> is a<br>
>> > >> very literal interpretation of QM that says that all the<br>
>> trajectories in<br>
>> > >> the Feynman path sum are real, and they occur in parallel universes.<br>
>> > This<br>
>> > >> is a nice mathematical way to think, but it is not deeper than<br>
>> present<br>
>> > QM!<br>
>> > >> Energy is conserved, but ?particles? and indeed universes can be<br>
>> created<br>
>> > >> from vacuum. If we want to go to discussion of ?holy spirit? then one<br>
>> > >> should look at the structure of thought itself. For it is at the<br>
>> level<br>
>> > of<br>
>> > >> thought that every concept has a life behind it. Every idea is real<br>
>> and<br>
>> > >> alive. Platonism asserts this directly in the belief in the<br>
>> existence of<br>
>> > >> form and this form is a living form that we interact with and we are.<br>
>> > How<br>
>> > >> these notions are related to QM probably does await the emergence of<br>
>> a<br>
>> > >> deeper QM.<br>
>> > >><br>
>> > >> On Mar 29, 2016, at 4:43 PM, Dr. Plamen L. Simeonov <<br>
>> > >> <a href="mailto:plamen.l.simeonov@gmail.com">plamen.l.simeonov@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> > >><br>
>> > >><br>
>> > >><br>
>> > >> Thank you for your responses, Lou and Stan. I am aware about the<br>
>> details<br>
>> > >> of the autopoietic model. What I was actually addressing by the<br>
>> > transition<br>
>> > >> from abiotic to biotic structures and the later emergence of RNA and<br>
>> DNA<br>
>> > >> was  this elusive aspect of ?mass action? which Stan mentioned, that<br>
>> in<br>
>> > my<br>
>> > >> opinion must have emerged out of the field of ?triggered  (by<br>
>> resonance)<br>
>> > >> potentialities  which deeper theories than QM are trying to develop<br>
>> (cf.<br>
>> > >> Josephson and Deutsch mentioned earlier). This enigmatic emergence of<br>
>> > >> action out of nothing (vacuum or pure potentiality) naturally allows<br>
>> > the<br>
>> > >> (co-)existence of such  heretic ideas as the immaterial ?Holy<br>
>> Spirit? or<br>
>> > >> Hans Driesch?s vitalism, Jean Sharon?s eternal electron, or ?The<br>
>> Matrix<br>
>> > of<br>
>> > >> Matter and Life?at the sub-Planckian scale. How about this possible<br>
>> > link to<br>
>> > >> Platonism, theology, logic and algebra?<br>
>> > >><br>
>> > >> All the best,<br>
>> > >><br>
>> > >> Plamen<br>
>> > >><br>
>> > >> PS. I do not know why my notes appear twice on this list.<br>
>> > >><br>
>> > >><br>
>> > >><br>
>> > >> On Tue, Mar 29, 2016 at 10:55 PM, Louis H Kauffman < <<br>
>> <a href="mailto:kauffman@uic.edu">kauffman@uic.edu</a>><br>
>> > >> <a href="mailto:kauffman@uic.edu">kauffman@uic.edu</a>> wrote:<br>
>> > >><br>
>> > >>> This is a reply to Plamen?s comment about autopoeisis. In their<br>
>> paper<br>
>> > >>> Maturana,Uribe and Varela give a working model (computer model) for<br>
>> > >>> autopoeisis.<br>
>> > >>> It is very simple, consisting of a subtrate of nodal elements that<br>
>> tend<br>
>> > >>> to bond when in proximity, and a collection of catalytic nodal<br>
>> elements<br>
>> > >>> that promote bonding in their vicinity. The result of this dynamics<br>
>> is<br>
>> > that<br>
>> > >>> carapaces of linked nodal elements form around the catalytic<br>
>> elements<br>
>> > and<br>
>> > >>> these photo-cells tend to keep surviving the perturbations built<br>
>> into<br>
>> > the<br>
>> > >>> system. This model shows that cells can arise from a very simple<br>
>> > dynmamic<br>
>> > >>> geometric/topological substrate long before anything as<br>
>> sophisticated<br>
>> > as<br>
>> > >>> DNA has happened.<br>
>> > >>><br>
>> > >>> On Mar 29, 2016, at 2:54 PM, Stanley N Salthe < <<br>
>> > <a href="mailto:ssalthe@binghamton.edu">ssalthe@binghamton.edu</a>><br>
>> > >>> <a href="mailto:ssalthe@binghamton.edu">ssalthe@binghamton.edu</a>> wrote:<br>
>> > >>><br>
>> > >>> Plamen wrote:<br>
>> > >>><br>
>> > >>>  I begin to believe that the transition from abiotic to biotic<br>
>> > >>> structures, incl. Maturana-Varela.-Uribe?s autopoiesis may, really<br>
>> have<br>
>> > >>> some underlying matrix/?skeleton?/?programme? which has nothing in<br>
>> > common<br>
>> > >>> with the nature of DNA, and that DNA and RNA as we know them today<br>
>> may<br>
>> > >>> have emerged as secondary or even tertiary ?memory? of something<br>
>> > underlying<br>
>> > >>> deeper below the microbiological surface. It is at least worth<br>
>> > thinking in<br>
>> > >>> this direction. I do not mean necessarily the role of the number<br>
>> > concept<br>
>> > >>> and Platonic origin of the universe, but something probably much<br>
>> more<br>
>> > >>> ?physical?<br>
>> > >>><br>
>> > >>><br>
>> > >>><br>
>> > >>> S: An interesting recently published effort along these lines is:<br>
>> > >>><br>
>> > >>> Alvaro Moreno and Matteo Mossio: Biological Autonomy: A<br>
>> Philosophical<br>
>> > >>> and Theoretical Enquiry (History, Philosophy and Theory of the Life<br>
>> > >>> Sciences 12) Springer<br>
>> > >>><br>
>> > >>> They seek a materialist understanding of biology as a system,<br>
>> > attempting<br>
>> > >>> to refer to the genetic system as little as possible.<br>
>> > >>><br>
>> > >>> I have until very recently attempted to evade/avoid mechanistic<br>
>> > thinking<br>
>> > >>> in regard to biology, but, on considering the origin of life<br>
>> generally<br>
>> > >>> while keeping Howard Pattee's thinking in mind, I have been struck<br>
>> by<br>
>> > the<br>
>> > >>> notion that the origin of life (that is: WITH the genetic system)<br>
>> was<br>
>> > the<br>
>> > >>> origin of mechanism in the universe.  Before that coding system,<br>
>> > everything<br>
>> > >>> was mass action.  I think we still do not understand how this<br>
>> mechanism<br>
>> > >>> evolved.<br>
>> > >>><br>
>> > >>> STAN<br>
>> > >>><br>
>> > >>> On Tue, Mar 29, 2016 at 7:40 AM, Dr. Plamen L. Simeonov <<br>
>> > >>> <<a href="mailto:plamen.l.simeonov@gmail.com">plamen.l.simeonov@gmail.com</a>><a href="mailto:plamen.l.simeonov@gmail.com">plamen.l.simeonov@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> > >>><br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> Dear Lou, Pedro and All,<br>
>> > >>>><br>
>> > >>>><br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> I am going to present a few opportunistic ideas related to what was<br>
>> > >>>> said before in this session. Coming back to Pivar?s speculative<br>
>> > >>>> mechano-topological model of life excluding genetics I wish to turn<br>
>> > your<br>
>> > >>>> attention to another author with a similar idea but on a sound<br>
>> > mathematical<br>
>> > >>>> base, Davide Ambrosi with his resume at<br>
>> > >>>><br>
>> ><br>
>> <a href="https://www.uni-muenster.de/imperia/md/content/cim/events/cim-mathmod-workshop-2015_abstracts.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.uni-muenster.de/imperia/md/content/cim/events/cim-mathmod-workshop-2015_abstracts.pdf</a><br>
>> > >>>> :<br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> ?Davide Ambrosi:<br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> A role for mechanics in the growth, remodelling and morphogenesis<br>
>> of<br>
>> > >>>> living systems  In the XX Century the interactions between<br>
>> mechanics<br>
>> > >>>> in biology were much  biased by a bioengineering attitude: people<br>
>> were<br>
>> > >>>> mainly interested in  evaluating the state of stress that bones and<br>
>> > >>>> tissues undergo in order to  properly design prosthesis and<br>
>> devices.<br>
>> > >>>> However in the last decades a new vision is emerging.<br>
>> > "Mechano-biology" is<br>
>> > >>>> changing the point of view, with respect to "Bio-mechanics",<br>
>> > emphasizing<br>
>> > >>>> the biological feedback. Cells, tissues and organs do not only<br>
>> deform<br>
>> > when<br>
>> > >>>> loaded: they reorganize, they duplicate, they actively produce<br>
>> dynamic<br>
>> > >>>> patterns that apparently have multiple biological aims.<br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> In this talk I will concentrate on two paradigmatic systems where<br>
>> the<br>
>> > >>>> interplay between mechanics and biology is, in my opinion,<br>
>> > particularly<br>
>> > >>>> challenging: the homeostatic stress as a driver for remodeling of<br>
>> soft<br>
>> > >>>> tissue and the tension as a mechanism to transmit information about<br>
>> > the<br>
>> > >>>> size of organs during morphogenesis. In both cases it seems that<br>
>> > mechanics<br>
>> > >>>> plays a role which at least accompanies and enforces the<br>
>> biochemical<br>
>> > >>>> signaling.?<br>
>> > >>>><br>
>> > >>>><br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> Some more details about this approach can be found here:<br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> <a href="http://rsta.royalsocietypublishing.org/content/367/1902/3335" rel="noreferrer" target="_blank">http://rsta.royalsocietypublishing.org/content/367/1902/3335</a><br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> <a href="http://biomechanics.stanford.edu/paper/MFOreport.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://biomechanics.stanford.edu/paper/MFOreport.pdf</a><br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> In other words, for the core information theorists in FIS, the<br>
>> > question<br>
>> > >>>> is: is there really only (epi)genetic evolution communication in<br>
>> > living<br>
>> > >>>> organisms. Stan Salthe and Lou Kauffman already provided some<br>
>> > answers. I<br>
>> > >>>> begin to believe that the transition from abiotic to biotic<br>
>> > structures,<br>
>> > >>>> incl. Maturana-Varela.-Uribe?s autopoiesis may, really have some<br>
>> > underlying<br>
>> > >>>> matrix/?skeleton?/?programme? which has nothing in common with the<br>
>> > nature<br>
>> > >>>> of DNA, and that DNA and RNA as we know them today<br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> <<br>
>> <a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519314006778" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519314006778</a>><br>
>> > >>>> <a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519314006778" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519314006778</a><br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> <<br>
>> <a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519316001260" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519316001260</a>><br>
>> > >>>> <a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519316001260" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519316001260</a><br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> <<a href="https://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150107101405.htm" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150107101405.htm</a>><br>
>> > >>>> <a href="https://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150107101405.htm" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150107101405.htm</a><br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> may have emerged as secondary or even tertiary ?memory? of<br>
>> something<br>
>> > >>>> underlying deeper below the microbiological surface. It is at least<br>
>> > worth<br>
>> > >>>> thinking in this direction. I do not mean necessarily the role of<br>
>> the<br>
>> > >>>> number concept and Platonic origin of the universe, but something<br>
>> > probably<br>
>> > >>>> much more ?physical? or at least staying at the edge between<br>
>> > >>>> physical/material and immaterial such as David Deutsch?s<br>
>> constructor<br>
>> > theory<br>
>> > >>>> ( <<a href="http://constructortheory.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://constructortheory.org/</a>><a href="http://constructortheory.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://constructortheory.org/</a>)<br>
>> and<br>
>> > >>>> Brian Josephson?s ?structural/circular theory? (<br>
>> > >>>> <<a href="http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1502/1502.02429.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1502/1502.02429.pdf</a>><br>
>> > >>>> <a href="http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1502/1502.02429.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1502/1502.02429.pdf</a>;<br>
>> > >>>> <<a href="http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1506/1506.06774.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1506/1506.06774.pdf</a>><br>
>> > >>>> <a href="http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1506/1506.06774.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1506/1506.06774.pdf</a>;<br>
>> > >>>> <<a href="http://arxiv.org/pdf/1108.4860.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://arxiv.org/pdf/1108.4860.pdf</a>><br>
>> > <a href="http://arxiv.org/pdf/1108.4860.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://arxiv.org/pdf/1108.4860.pdf</a>)<br>
>> > >>>> searching for the theories underpinning the foundations of the<br>
>> > physical<br>
>> > >>>> laws (and following Wheeler?s definition for a ?Law without Law?.<br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> Some of you may say that QT and Gravitation Theory are responsible<br>
>> for<br>
>> > >>>> such kind of strange effects, but I would rather leave the brackets<br>
>> > open,<br>
>> > >>>> because the recent discussion about potentialities and actualities<br>
>> in<br>
>> > QM<br>
>> > >>>> brings up the idea that there are still different ways of looking<br>
>> at<br>
>> > those<br>
>> > >>>> concepts (although they are strictly defined in their core<br>
>> domains).<br>
>> > This<br>
>> > >>>> was actually also the lesson from the last special issue on<br>
>> integral<br>
>> > >>>> biomathics (2015) dedicated to phenomenology, with the different<br>
>> > opinions<br>
>> > >>>> of scientists and philosophers on obviously clear matters in their<br>
>> > domains.<br>
>> > >>>> This is why also the question of what we define as science needs<br>
>> to be<br>
>> > >>>> probably revised in future to include also such issues that are<br>
>> ?felt?<br>
>> > >>>> rather than ?reasoned?, even if we do not have the ?proofs? yet,<br>
>> > because<br>
>> > >>>> the proofs also emerge as subjective (or perhaps ?suggested?! ? ask<br>
>> > the<br>
>> > >>>> psychologists for that aspect) thoughts in the minds of the<br>
>> > mathematicians.<br>
>> > >>>> I am really glad that we began such a phenomenological discussion<br>
>> on<br>
>> > this<br>
>> > >>>> aspect such as Hipolito?s paper (<br>
>> > >>>> <<br>
>> <a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0079610715000899" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0079610715000899</a>><br>
>> > >>>> <a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0079610715000899" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0079610715000899</a><br>
>> )<br>
>> > >>>> that was widely commented in the reviewer?s circle. In many cases<br>
>> > when we<br>
>> > >>>> have a ?fuzzy? intuition about a certain relationship or analogy we<br>
>> > miss<br>
>> > >>>> the correct definitions and concepts, and so in a creative act to<br>
>> > hold down<br>
>> > >>>> the flying thought we move to using examples, metaphors, pictures.<br>
>> > Pedro<br>
>> > >>>> correctly addressed the explanatory problem of science which<br>
>> > presupposes a<br>
>> > >>>> certain causative and predicative ?workflow? to derive a conclusion<br>
>> > from<br>
>> > >>>> the facts, and this is the way in which also proofs are<br>
>> (selectively)<br>
>> > made.<br>
>> > >>>> As a young scholar I often wondered how artificially people like<br>
>> > Gauss,<br>
>> > >>>> Cauchy and Weierstrass  design their proofs, but then I got used to<br>
>> > >>>> that style. I am thankful to Lou for his response on my question<br>
>> about<br>
>> > >>>> using adequate ?resonant? methods to model developmental biology,<br>
>> > because<br>
>> > >>>> this is also an important aspect of the biology (and physics as<br>
>> well)<br>
>> > >>>> including the phenomenological/first-person view of an<br>
>> > >>>> ?observer-participant? (to use Vrobel?s term) which is crucial for<br>
>> > >>>> understanding the process of self-reflection/recursion/cycle in<br>
>> > science,<br>
>> > >>>> which is usually led by what?: the intuition, also well recognized<br>
>> by<br>
>> > such<br>
>> > >>>> giants like Poincare and Einstein. Isn?t not ?resonance? in the<br>
>> core<br>
>> > of<br>
>> > >>>> detecting such vibration between the observer and the observed?<br>
>> > Because<br>
>> > >>>> logic, back trace, prove come later.<br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> And finally, when looking at the clear simple mathematical<br>
>> > abstractions<br>
>> > >>>> of numbers, vectors, directions, sets, algebras, geometries, etc.<br>
>> > used by<br>
>> > >>>> many without scrutinizing when developing system (biological)<br>
>> models<br>
>> > of yet<br>
>> > >>>> another kind of mechanics/automation/machinery of the physical<br>
>> > reality, I<br>
>> > >>>> am asking myself which are the premises for using such tools to<br>
>> > describe a<br>
>> > >>>> model: the parameters, or the idea behind? It is probably not a<br>
>> > commonly<br>
>> > >>>> known fact (even for those who are engaged with such exciting<br>
>> > disciplines<br>
>> > >>>> as algebraic geometry and geometrical algebra, now considered to be<br>
>> > very<br>
>> > >>>> close to what we wish to express in biology) that William Hamilton,<br>
>> > the<br>
>> > >>>> inventor of the quaternions did not simply use the already known<br>
>> > concept of<br>
>> > >>>> ?vector? in his method. Instead he used ?step? with ?direction? to<br>
>> > express<br>
>> > >>>> a duration of time (or ?duree? as Husserl called it from the other<br>
>> > side of<br>
>> > >>>> the phenomenological divide) and action (to move from A to B): two<br>
>> > very<br>
>> > >>>> biology-related concepts at that time (although they may be<br>
>> > considered as<br>
>> > >>>> physical or computational today). He actually stated that if there<br>
>> is<br>
>> > >>>> geometry as a pure science of space, then algebra must be the pure<br>
>> > science<br>
>> > >>>> of time [1]. What did we actually gain for biology from merging<br>
>> space<br>
>> > and<br>
>> > >>>> time in physics?<br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> Reference:<br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> [1] W. R. Hamilton, 1835. Theory of Conjugate Functions, or<br>
>> Algebraic<br>
>> > >>>> Couples; with a Preliminary or Elementary Essay on Algebra as the<br>
>> > Science<br>
>> > >>>> of Pure Time. *Trans. Royal Irish Acad*., Vol. XVII, Part II.<br>
>> 292-422.<br>
>> > >>>><br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> Best,<br>
>> > >>>><br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> Plamen<br>
>> > >>>><br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> I have a few provoking notes related to what was said before in<br>
>> this<br>
>> > >>>> session. Coming back to Pivar?s speculative mechano-topological<br>
>> model<br>
>> > of<br>
>> > >>>> life excluding genetics I wish to turn your attention to another<br>
>> > author<br>
>> > >>>> with a similar idea but on a sound mathematical base, Davide<br>
>> Ambrosi<br>
>> > with<br>
>> > >>>> his resume at<br>
>> > >>>><br>
>> ><br>
>> <a href="https://www.uni-muenster.de/imperia/md/content/cim/events/cim-mathmod-workshop-2015_abstracts.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.uni-muenster.de/imperia/md/content/cim/events/cim-mathmod-workshop-2015_abstracts.pdf</a><br>
>> > >>>> :<br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> ?Davide Ambrosi:<br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> A role for mechanics in the growth, remodelling and morphogenesis<br>
>> of<br>
>> > >>>> living systems  In the XX Century the interactions between<br>
>> mechanics<br>
>> > >>>> in biology were much  biased by a bioengineering attitude: people<br>
>> were<br>
>> > >>>> mainly interested in  evaluating the state of stress that bones and<br>
>> > >>>> tissues undergo in order to  properly design prosthesis and<br>
>> devices.<br>
>> > >>>> However in the last decades a new vision is emerging.<br>
>> > "Mechano-biology" is<br>
>> > >>>> changing the point of view, with respect to "Bio-mechanics",<br>
>> > emphasizing<br>
>> > >>>> the biological feedback. Cells, tissues and organs do not only<br>
>> deform<br>
>> > when<br>
>> > >>>> loaded: they reorganize, they duplicate, they actively produce<br>
>> dynamic<br>
>> > >>>> patterns that apparently have multiple biological aims.<br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> In this talk I will concentrate on two paradigmatic systems where<br>
>> the<br>
>> > >>>> interplay between mechanics and biology is, in my opinion,<br>
>> > particularly<br>
>> > >>>> challenging: the homeostatic stress as a driver for remodeling of<br>
>> soft<br>
>> > >>>> tissue and the tension as a mechanism to transmit information about<br>
>> > the<br>
>> > >>>> size of organs during morphogenesis. In both cases it seems that<br>
>> > mechanics<br>
>> > >>>> plays a role which at least accompanies and enforces the<br>
>> biochemical<br>
>> > >>>> signaling.?<br>
>> > >>>><br>
>> > >>>><br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> Some more details about this approach can be found here:<br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> <a href="http://rsta.royalsocietypublishing.org/content/367/1902/3335" rel="noreferrer" target="_blank">http://rsta.royalsocietypublishing.org/content/367/1902/3335</a><br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> <a href="http://biomechanics.stanford.edu/paper/MFOreport.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://biomechanics.stanford.edu/paper/MFOreport.pdf</a><br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> In other words, for the core information theorists in FIS, the<br>
>> > question<br>
>> > >>>> is: is there really only (epi)genetic evolution communication in<br>
>> > living<br>
>> > >>>> organisms. Stan Salthe and Lou Kauffman already provided some<br>
>> > answers. I<br>
>> > >>>> begin to believe that the transition from abiotic to biotic<br>
>> > structures,<br>
>> > >>>> incl. Maturana-Varela.-Uribe?s autopoiesis may, really have some<br>
>> > underlying<br>
>> > >>>> matrix/?skeleton?/?programme? which has nothing in common with the<br>
>> > nature<br>
>> > >>>> of DNA, and that DNA and RNA as we know them today<br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> <<br>
>> <a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519314006778" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519314006778</a>><br>
>> > >>>> <a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519314006778" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519314006778</a><br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> <<br>
>> <a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519316001260" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519316001260</a>><br>
>> > >>>> <a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519316001260" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519316001260</a><br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> <<a href="https://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150107101405.htm" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150107101405.htm</a>><br>
>> > >>>> <a href="https://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150107101405.htm" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150107101405.htm</a><br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> may have emerged as secondary or even tertiary ?memory? of<br>
>> something<br>
>> > >>>> underlying deeper below the microbiological surface. It is at least<br>
>> > worth<br>
>> > >>>> thinking in this direction. I do not mean necessarily the role of<br>
>> the<br>
>> > >>>> number concept and Platonic origin of the universe, but something<br>
>> > probably<br>
>> > >>>> much more ?physical? or at least staying at the edge between<br>
>> > >>>> physical/material and immaterial such as David Deutsch?s<br>
>> constructor<br>
>> > theory<br>
>> > >>>> ( <<a href="http://constructortheory.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://constructortheory.org/</a>><a href="http://constructortheory.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://constructortheory.org/</a>)<br>
>> and<br>
>> > >>>> Brian Josephson?s ?structural/circular theory? (<br>
>> > >>>> <<a href="http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1502/1502.02429.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1502/1502.02429.pdf</a>><br>
>> > >>>> <a href="http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1502/1502.02429.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1502/1502.02429.pdf</a>;<br>
>> > >>>> <<a href="http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1506/1506.06774.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1506/1506.06774.pdf</a>><br>
>> > >>>> <a href="http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1506/1506.06774.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1506/1506.06774.pdf</a>;<br>
>> > >>>> <<a href="http://arxiv.org/pdf/1108.4860.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://arxiv.org/pdf/1108.4860.pdf</a>><br>
>> > <a href="http://arxiv.org/pdf/1108.4860.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://arxiv.org/pdf/1108.4860.pdf</a>)<br>
>> > >>>> searching for the theories underpinning the foundations of the<br>
>> > physical<br>
>> > >>>> laws (and following Wheeler?s definition for a ?Law without Law?.<br>
>> > >>>><br>
>> > >>>> Some of you may say that QT and Gravitation Theory are responsible<br>
>> for<br>
>> > >>>> such kind of strange effects, but I would rather leave the brackets<br>
>> > open,<br>
>> > >>>> because the recent discussion about potentialities and actualities<br>
>> in<br>
>> > QM<br>
>> > >>>> brings up the idea that there are still different ways of looking<br>
>> at<br>
>> > those<br>
>> > >>>> concepts (although they are strictly defined in their core<br>
>> domains).<br>
>> > This<br>
>> > >>>> was actually also the lesson from the last special issue on<br>
>> integral<br>
>> > >>>> biomathics (2015) dedicated to phenomenology,<br>
>> > >>>><br>
>> > >>> ...<br>
>> > ><br>
>> > > [Message clipped]<br>
>> > -------------- next part --------------<br>
>> > An HTML attachment was scrubbed...<br>
>> > URL: <<br>
>> ><br>
>> <a href="http://listas.unizar.es/pipermail/fis/attachments/20160331/cf3d6554/attachment.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://listas.unizar.es/pipermail/fis/attachments/20160331/cf3d6554/attachment.html</a><br>
>> > ><br>
>> ><br>
>> > ------------------------------<br>
>> ><br>
>> > Subject: Digest Footer<br>
>> ><br>
>> > _______________________________________________<br>
>> > Fis mailing list<br>
>> > <a href="mailto:Fis@listas.unizar.es">Fis@listas.unizar.es</a><br>
>> > <a href="http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis" rel="noreferrer" target="_blank">http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis</a><br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > ------------------------------<br>
>> ><br>
>> > End of Fis Digest, Vol 24, Issue 45<br>
>> > ***********************************<br>
>> ><br>
>> -------------- next part --------------<br>
>> An HTML attachment was scrubbed...<br>
>> URL: <<br>
>> <a href="http://listas.unizar.es/pipermail/fis/attachments/20160331/00f584ff/attachment.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://listas.unizar.es/pipermail/fis/attachments/20160331/00f584ff/attachment.html</a><br>
>> ><br>
>><br>
>> ------------------------------<br>
>><br>
>> Subject: Digest Footer<br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> Fis mailing list<br>
>> <a href="mailto:Fis@listas.unizar.es">Fis@listas.unizar.es</a><br>
>> <a href="http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis" rel="noreferrer" target="_blank">http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis</a><br>
>><br>
>><br>
>> ------------------------------<br>
>><br>
>> End of Fis Digest, Vol 24, Issue 46<br>
>> ***********************************<br>
>><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Fis mailing list<br>
> <a href="mailto:Fis@listas.unizar.es">Fis@listas.unizar.es</a><br>
> <a href="http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis" rel="noreferrer" target="_blank">http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis</a><br>
><br>
><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://listas.unizar.es/pipermail/fis/attachments/20160401/fb7d97e0/attachment.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://listas.unizar.es/pipermail/fis/attachments/20160401/fb7d97e0/attachment.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Subject: Digest Footer<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Fis mailing list<br>
<a href="mailto:Fis@listas.unizar.es">Fis@listas.unizar.es</a><br>
<a href="http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis" rel="noreferrer" target="_blank">http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis</a><br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
End of Fis Digest, Vol 25, Issue 3<br>
**********************************<br>
</blockquote></div><br></div>