<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div>Dear all,thank you very much for very interesting and insightful discussions.<br></div>I have been following them very keenly. Though the discussions have come<br></div>to "new beginning" rather than to an end as Dr Plamen has rightly put it.,I want to<br></div>add here couple of comments about quantum mechanics and biology.<br></div>Prof Kauffman has expressed the need for the deeper quantum mechanics which<br></div>surely must be due to the limited scope which present formulations and interpretations<br></div>provide. However I would say that quantum theory is full fledged paradigm which<br></div>has yet to be understood fully even after more than century after its inception by Planck.<br></div>Quantum theory keeps on throwing surprises as we delve deeper into it. However the fact<br></div>that quantum theory will provide a framework to understand biological phenomena was realized<br></div>early on by one of the pioneers of the theory,Erwin Schroedinger and he went on to write a famous  book<br></div>about it where concepts like "quantum jump" were used to understand discrete and probabilistic nature<br></div>of genetic phenomena. In recent times many authors have tried to look deeper into the relation between<br></div>quantum theory and biology and have dubbed this subject as "quantum biology".<br></div><div> There is a  lot of work that needs to be done to understand various aspects of quantum theory<br></div><div>in more mathematically and philosophically transparent way. My approach to the foundations is based<br></div><div>on Clifford algebras which are also central theme of other approaches like those of Bohm and Hiley,Penrose<br></div><div>via twistors,Kauffman's via iterants, Finkelestein via quantum sets and quantum logic,Hesten's via geometric algebra.<br></div><div>I am very hopeful that this approach will uncover the depths of quantum theory and will give us a very transport<br></div><div>formulation and interpretation of  this "jewel of physics".<br></div><div>Rukhsan<br></div><div>Thank you very much<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 31, 2016 at 4:45 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:fis-request@listas.unizar.es" target="_blank">fis-request@listas.unizar.es</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Send Fis mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:fis@listas.unizar.es">fis@listas.unizar.es</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis" rel="noreferrer" target="_blank">http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:fis-request@listas.unizar.es">fis-request@listas.unizar.es</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:fis-owner@listas.unizar.es">fis-owner@listas.unizar.es</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of Fis digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1. Re: concluding by beginning (Dr. Plamen L. Simeonov)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Thu, 31 Mar 2016 13:14:45 +0200<br>
From: "Dr. Plamen L. Simeonov" <<a href="mailto:plamen.l.simeonov@gmail.com">plamen.l.simeonov@gmail.com</a>><br>
To: Louis H Kauffman <<a href="mailto:loukau@gmail.com">loukau@gmail.com</a>><br>
Cc: fis <<a href="mailto:fis@listas.unizar.es">fis@listas.unizar.es</a>>, Joel Isaacson <<a href="mailto:isaacsonj@hotmail.com">isaacsonj@hotmail.com</a>><br>
Subject: Re: [Fis] concluding by beginning<br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:CAMBikj5o_c1otwJKXYtvdi_q1WKS_%2BfJz4-fFEq5Ba22iNe1qw@mail.gmail.com">CAMBikj5o_c1otwJKXYtvdi_q1WKS_+fJz4-fFEq5Ba22iNe1qw@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Dear FIS Fellows,<br>
<br>
I was also about writing some concluding remarks, since our time for math<br>
in bio is about to end this week, but realized that Lou was fast with an<br>
excellent final comment and list of references for postprocessing. I am<br>
happy that after some initial hesitation on the forum the key messages came<br>
accross and we were able to cover within short time the broad span of views<br>
within short time. You are very welcome to continue the discussion also<br>
privately and of course, within the scope of the next themes to come:<br>
bio/cybersemiotics with Soeren Brier and physics with Alex Hankey, which<br>
were nicely introduced by some earlier comments and associations like Bob's<br>
triad from his inspiring book "The Third Window" which I see related to<br>
C.S. Pierce's initiations in math, philosophy and semiotics. It became<br>
clear that such important issues as circularity and recursion/repetition in<br>
biology are closely related to distiction, (autocatalytic re)action,<br>
memory, (negative) feedback, automation, self-organization, autocells on<br>
the one side and (prime) numbers, fractional calculus,<br>
triangular/quadrangular/polihedral structures, (Riemann) wave function<br>
(analysis), QM and fractal geometry on the other, with opening room for<br>
covering even more phenomenology and creating ideas along the multiple<br>
lines of causation up to the limits of thought and imagination, nicely<br>
reflected by the participants in the discussion. So I have no other chance<br>
but to say: that's real life in a nutshell of exchanged messages! The most<br>
astonishing characteristic of this communication which comes to end, but<br>
just began in my eyes, is that we succeed to build together something that<br>
is capabloe to not only link remote and sometimes obscure and absurd ideas<br>
and question, but also attribute, enfold and evolve them with what we call<br>
a trace of information, an ontology of a creative development process we<br>
are participating, as if life becomes that what we really discover, revolve<br>
and impress just in time: in Alex's words "a living from that e can<br>
interact with, and (which) we are". And this is recursively wraped again<br>
within Francesco's phrase: "la conoscenca ha fondamenti biologici ... e<br>
viceversa, la biologia ha fondamenti quantistici". How could I say this in<br>
Latin? Thank you all for this precious present! And welcome to the<br>
next/this discussion topic again.<br>
<br>
<br>
Plamen<br>
<br>
____________________________________________________________<br>
<br>
<br>
On Thu, Mar 31, 2016 at 9:49 AM, Louis H Kauffman <<a href="mailto:loukau@gmail.com">loukau@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
> Dear Folks,<br>
> I will close with some comments about the relationship between recursive<br>
> distinctioning and replication in biology.<br>
> This will be another example of the sort of modeling excursion that one<br>
> can make by looking at patterns and analogies.<br>
> See<br>
> <a href="http://homepages.math.uic.edu/~kauffman/RD.html" rel="noreferrer" target="_blank">homepages.math.uic.edu/~kauffman/RD.html</a><br>
><br>
> *RECURSIVE DISTINCTIONING This folder contains links to papers related to<br>
> Recursive Distinctioning. Recursive Distinctioning means just what it says.<br>
> A pattern of distinctions is given in a space based on a graphical<br>
> structure (such as a line of print or a planar lattice or given graph).<br>
> Each node of the graph is occupied by a letter from some arbitrary<br>
> alphabet. A specialized alphabet is given that can indicate distinctions<br>
> about neighbors of a given node. The neighbors of a node are all nodes that<br>
> are connected to the given node by edges in the graph. The letters in the<br>
> specialized alphabet (call it SA) are used to describe the states of the<br>
> letters in the given graph and at each stage in the recursion, letters in<br>
> SA are written at all nodes in the graph, describing its previous state.<br>
> The recursive structure that results from the iteration of descriptions is<br>
> called Recursive Distinctioning. Here is an example. We use a line graph<br>
> and represent it just as a finite row of letters. The Special Alphabet is<br>
> SA = { =, [, ], O} where "=" means that the letters to the left and to the<br>
> right are equal to the letter in the middle. Thus if we had AAA in the line<br>
> then the middle A would be replaced by =. The symbol "[" means that the<br>
> letter to the LEFT is different. Thus in ABB the middle letter would be<br>
> replaced by [. The symbol "]" means that the letter to the right is<br>
> different. And finally the symbol "O" means that the letters both to the<br>
> left and to the right are different. SA is a tiny language of elementary<br>
> letter-distinctions. Here is an example of this RD in operation where we<br>
> use the proverbial three dots to indicate a long string of letters in the<br>
> same pattern. For example,... AAAAAAAAAABAAAAAAAAAA ... is replaced by ...<br>
> =========]O[========= ... is replaced by ... ========]OOO[======== ... is<br>
> replaced by ... =======]O[=]O[======= ... . Note that the element ]O[<br>
> appears and it has replicated itself in a kind of mitosis. To see this in<br>
> more detail, here is a link to a page from a mathematica program written by<br>
> LK that uses a 'blank' or 'unmarked state' instead of the '=" sign. Program<br>
> and Output <<a href="https://dl.dropbox.com/u/11067256/RDL.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">https://dl.dropbox.com/u/11067256/RDL.pdf</a>>. Elementary RD<br>
> patterns are fundamental and will be found in many structures at all<br>
> levels. To see an cellular automaton example of this phenomenon, look at<br>
> the next link. Here we see a replicator in 'HighLife' a modification of<br>
> John Horton Conway's automaton 'Life'. The Highlife Replicator follows the<br>
> same pattern as our RD Replicator! We can begin to understand how the RD<br>
> Replicator works. This gives a foundation for understanding how the more<br>
> complex HighLife Replicator behaves in its context. HighLife Replicator.<br>
> <<a href="https://en.m.wikipedia.org/wiki/Highlife_(cellular_automaton)" rel="noreferrer" target="_blank">https://en.m.wikipedia.org/wiki/Highlife_(cellular_automaton)</a>> Finally,<br>
> here is an excerpt from a paper by LK about replication in biology and the<br>
> role of RD. Excerpt.<br>
> <<a href="https://dl.dropbox.com/u/11067256/KauffmanExcerpt.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">https://dl.dropbox.com/u/11067256/KauffmanExcerpt.pdf</a>>*<br>
><br>
> *See RDLetter. <<a href="http://homepages.math.uic.edu/~kauffman/RDLetter.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://homepages.math.uic.edu/~kauffman/RDLetter.pdf</a>> This<br>
> is the Isaacson-Kauffman report on RD, summarized in a letter-to-the-editor<br>
> of JSP, Vol. 4, No. 1, Spring 2015, directly accessed on this server.*<br>
><br>
> *See Patent.<br>
> <<a href="https://dl.dropbox.com/u/11067256/JoelIsaacsonPatentDocument.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">https://dl.dropbox.com/u/11067256/JoelIsaacsonPatentDocument.pdf</a>>This is<br>
> Joel Isaacson's patent document for RD.*<br>
><br>
><br>
> *See Biological Replication.<br>
> <<a href="https://dl.dropbox.com/u/11067256/KauffmanJPBM1033.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">https://dl.dropbox.com/u/11067256/KauffmanJPBM1033.pdf</a>> This is a related<br>
> paper by Kauffman.You see above a very simple distinction making/using<br>
> automaton that produces a ?cell?  ]O[ from an elementary distinction (of<br>
> B from the background of equal A?s),and that this cell then undergoes<br>
> mitosis. Then as an observer you must look again and note that the nothing<br>
> that happens in this automaton is local. The cell happensbecause of the<br>
> global structure of the one-dimensional automata space. The apparent<br>
> splitting from the inside of the cell is actually a consequence of the<br>
> global condition of the cell in the whole space. The entire evolution of<br>
> the process is a repeated articulation of the distinctions that are present<br>
> in the process. This isa new holistic modeling paradigm and we are<br>
> exploring with simple examples the extent to which it will apply to more<br>
> complex phenomena.A more extended paper by myself and Joel Isaacson will be<br>
> available soon.Best,Lou Kauffman*<br>
><br>
> On Mar 30, 2016, at 7:18 AM, Pedro C. Marijuan <<a href="mailto:pcmarijuan.iacs@aragon.es">pcmarijuan.iacs@aragon.es</a>><br>
> wrote:<br>
><br>
> Sorry but the dancing time is over... maybe tomorrow or on Friday Lou<br>
> could send some concluding comment, and next Monday Soeren would start the<br>
> new part. The present Q. discussion can surface again during the coming<br>
> session...<br>
> best--Pedro<br>
><br>
><br>
> El 30/03/2016 a las 1:06, Dr. Plamen L. Simeonov escribi?:<br>
><br>
> I think you are right, Lou, with respect to Deutsch who actually met<br>
> Everett III with the multiple universe hypothesis. The sole name<br>
> ?constructor theory? invoked associations beyond the quantum frame in me,<br>
> but he did not went that far. As for Josephson, I am not quite sure about<br>
> his notion. Brian remains firmly on the quantum level in the papers I<br>
> referred earlier, but he often returns to Ilexa Yarley?s ?circular theory?<br>
> which offers a much broader interpretation in my opinion. I expected your<br>
> mentioning of (the vibrations of) ?thought forms?, which are supposed to<br>
> invoke the emergence of word and action. I welcome your understanding for<br>
> the necessity of a deeper QM to make the links between actuality and the<br>
> bounded potentiality more comprehensive.<br>
><br>
> Best,<br>
><br>
> Plamen<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> On Wed, Mar 30, 2016 at 12:33 AM, Louis H Kauffman < <<a href="mailto:kauffman@uic.edu">kauffman@uic.edu</a>><br>
> <a href="mailto:kauffman@uic.edu">kauffman@uic.edu</a>> wrote:<br>
><br>
>> Josephson and Deutsh are not ?deeper than QM?. Deutsch for example is a<br>
>> very literal interpretation of QM that says that all the trajectories in<br>
>> the Feynman path sum are real, and they occur in parallel universes. This<br>
>> is a nice mathematical way to think, but it is not deeper than present QM!<br>
>> Energy is conserved, but ?particles? and indeed universes can be created<br>
>> from vacuum. If we want to go to discussion of ?holy spirit? then one<br>
>> should look at the structure of thought itself. For it is at the level of<br>
>> thought that every concept has a life behind it. Every idea is real and<br>
>> alive. Platonism asserts this directly in the belief in the existence of<br>
>> form and this form is a living form that we interact with and we are. How<br>
>> these notions are related to QM probably does await the emergence of a<br>
>> deeper QM.<br>
>><br>
>> On Mar 29, 2016, at 4:43 PM, Dr. Plamen L. Simeonov <<br>
>> <a href="mailto:plamen.l.simeonov@gmail.com">plamen.l.simeonov@gmail.com</a>> wrote:<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> Thank you for your responses, Lou and Stan. I am aware about the details<br>
>> of the autopoietic model. What I was actually addressing by the transition<br>
>> from abiotic to biotic structures and the later emergence of RNA and DNA<br>
>> was  this elusive aspect of ?mass action? which Stan mentioned, that in my<br>
>> opinion must have emerged out of the field of ?triggered  (by resonance)<br>
>> potentialities  which deeper theories than QM are trying to develop (cf.<br>
>> Josephson and Deutsch mentioned earlier). This enigmatic emergence of<br>
>> action out of nothing (vacuum or pure potentiality) naturally allows  the<br>
>> (co-)existence of such  heretic ideas as the immaterial ?Holy Spirit? or<br>
>> Hans Driesch?s vitalism, Jean Sharon?s eternal electron, or ?The Matrix of<br>
>> Matter and Life?at the sub-Planckian scale. How about this possible link to<br>
>> Platonism, theology, logic and algebra?<br>
>><br>
>> All the best,<br>
>><br>
>> Plamen<br>
>><br>
>> PS. I do not know why my notes appear twice on this list.<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> On Tue, Mar 29, 2016 at 10:55 PM, Louis H Kauffman < <<a href="mailto:kauffman@uic.edu">kauffman@uic.edu</a>><br>
>> <a href="mailto:kauffman@uic.edu">kauffman@uic.edu</a>> wrote:<br>
>><br>
>>> This is a reply to Plamen?s comment about autopoeisis. In their paper<br>
>>> Maturana,Uribe and Varela give a working model (computer model) for<br>
>>> autopoeisis.<br>
>>> It is very simple, consisting of a subtrate of nodal elements that tend<br>
>>> to bond when in proximity, and a collection of catalytic nodal elements<br>
>>> that promote bonding in their vicinity. The result of this dynamics is that<br>
>>> carapaces of linked nodal elements form around the catalytic elements and<br>
>>> these photo-cells tend to keep surviving the perturbations built into the<br>
>>> system. This model shows that cells can arise from a very simple dynmamic<br>
>>> geometric/topological substrate long before anything as sophisticated as<br>
>>> DNA has happened.<br>
>>><br>
>>> On Mar 29, 2016, at 2:54 PM, Stanley N Salthe < <<a href="mailto:ssalthe@binghamton.edu">ssalthe@binghamton.edu</a>><br>
>>> <a href="mailto:ssalthe@binghamton.edu">ssalthe@binghamton.edu</a>> wrote:<br>
>>><br>
>>> Plamen wrote:<br>
>>><br>
>>>  I begin to believe that the transition from abiotic to biotic<br>
>>> structures, incl. Maturana-Varela.-Uribe?s autopoiesis may, really have<br>
>>> some underlying matrix/?skeleton?/?programme? which has nothing in common<br>
>>> with the nature of DNA, and that DNA and RNA as we know them today may<br>
>>> have emerged as secondary or even tertiary ?memory? of something underlying<br>
>>> deeper below the microbiological surface. It is at least worth thinking in<br>
>>> this direction. I do not mean necessarily the role of the number concept<br>
>>> and Platonic origin of the universe, but something probably much more<br>
>>> ?physical?<br>
>>><br>
>>><br>
>>><br>
>>> S: An interesting recently published effort along these lines is:<br>
>>><br>
>>> Alvaro Moreno and Matteo Mossio: Biological Autonomy: A Philosophical<br>
>>> and Theoretical Enquiry (History, Philosophy and Theory of the Life<br>
>>> Sciences 12) Springer<br>
>>><br>
>>> They seek a materialist understanding of biology as a system, attempting<br>
>>> to refer to the genetic system as little as possible.<br>
>>><br>
>>> I have until very recently attempted to evade/avoid mechanistic thinking<br>
>>> in regard to biology, but, on considering the origin of life generally<br>
>>> while keeping Howard Pattee's thinking in mind, I have been struck by the<br>
>>> notion that the origin of life (that is: WITH the genetic system) was the<br>
>>> origin of mechanism in the universe.  Before that coding system, everything<br>
>>> was mass action.  I think we still do not understand how this mechanism<br>
>>> evolved.<br>
>>><br>
>>> STAN<br>
>>><br>
>>> On Tue, Mar 29, 2016 at 7:40 AM, Dr. Plamen L. Simeonov <<br>
>>> <<a href="mailto:plamen.l.simeonov@gmail.com">plamen.l.simeonov@gmail.com</a>><a href="mailto:plamen.l.simeonov@gmail.com">plamen.l.simeonov@gmail.com</a>> wrote:<br>
>>><br>
>>>><br>
>>>> Dear Lou, Pedro and All,<br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>> I am going to present a few opportunistic ideas related to what was<br>
>>>> said before in this session. Coming back to Pivar?s speculative<br>
>>>> mechano-topological model of life excluding genetics I wish to turn your<br>
>>>> attention to another author with a similar idea but on a sound mathematical<br>
>>>> base, Davide Ambrosi with his resume at<br>
>>>> <a href="https://www.uni-muenster.de/imperia/md/content/cim/events/cim-mathmod-workshop-2015_abstracts.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.uni-muenster.de/imperia/md/content/cim/events/cim-mathmod-workshop-2015_abstracts.pdf</a><br>
>>>> :<br>
>>>><br>
>>>> ?Davide Ambrosi:<br>
>>>><br>
>>>> A role for mechanics in the growth, remodelling and morphogenesis of<br>
>>>> living systems  In the XX Century the interactions between mechanics<br>
>>>> in biology were much  biased by a bioengineering attitude: people were<br>
>>>> mainly interested in  evaluating the state of stress that bones and<br>
>>>> tissues undergo in order to  properly design prosthesis and devices.<br>
>>>> However in the last decades a new vision is emerging. "Mechano-biology" is<br>
>>>> changing the point of view, with respect to "Bio-mechanics", emphasizing<br>
>>>> the biological feedback. Cells, tissues and organs do not only deform when<br>
>>>> loaded: they reorganize, they duplicate, they actively produce dynamic<br>
>>>> patterns that apparently have multiple biological aims.<br>
>>>><br>
>>>> In this talk I will concentrate on two paradigmatic systems where the<br>
>>>> interplay between mechanics and biology is, in my opinion, particularly<br>
>>>> challenging: the homeostatic stress as a driver for remodeling of soft<br>
>>>> tissue and the tension as a mechanism to transmit information about the<br>
>>>> size of organs during morphogenesis. In both cases it seems that mechanics<br>
>>>> plays a role which at least accompanies and enforces the biochemical<br>
>>>> signaling.?<br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>> Some more details about this approach can be found here:<br>
>>>><br>
>>>> <a href="http://rsta.royalsocietypublishing.org/content/367/1902/3335" rel="noreferrer" target="_blank">http://rsta.royalsocietypublishing.org/content/367/1902/3335</a><br>
>>>><br>
>>>> <a href="http://biomechanics.stanford.edu/paper/MFOreport.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://biomechanics.stanford.edu/paper/MFOreport.pdf</a><br>
>>>><br>
>>>> In other words, for the core information theorists in FIS, the question<br>
>>>> is: is there really only (epi)genetic evolution communication in living<br>
>>>> organisms. Stan Salthe and Lou Kauffman already provided some answers. I<br>
>>>> begin to believe that the transition from abiotic to biotic structures,<br>
>>>> incl. Maturana-Varela.-Uribe?s autopoiesis may, really have some underlying<br>
>>>> matrix/?skeleton?/?programme? which has nothing in common with the nature<br>
>>>> of DNA, and that DNA and RNA as we know them today<br>
>>>><br>
>>>> <<a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519314006778" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519314006778</a>><br>
>>>> <a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519314006778" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519314006778</a><br>
>>>><br>
>>>> <<a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519316001260" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519316001260</a>><br>
>>>> <a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519316001260" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519316001260</a><br>
>>>><br>
>>>> <<a href="https://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150107101405.htm" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150107101405.htm</a>><br>
>>>> <a href="https://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150107101405.htm" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150107101405.htm</a><br>
>>>><br>
>>>> may have emerged as secondary or even tertiary ?memory? of something<br>
>>>> underlying deeper below the microbiological surface. It is at least worth<br>
>>>> thinking in this direction. I do not mean necessarily the role of the<br>
>>>> number concept and Platonic origin of the universe, but something probably<br>
>>>> much more ?physical? or at least staying at the edge between<br>
>>>> physical/material and immaterial such as David Deutsch?s constructor theory<br>
>>>> ( <<a href="http://constructortheory.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://constructortheory.org/</a>><a href="http://constructortheory.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://constructortheory.org/</a>) and<br>
>>>> Brian Josephson?s ?structural/circular theory? (<br>
>>>> <<a href="http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1502/1502.02429.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1502/1502.02429.pdf</a>><br>
>>>> <a href="http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1502/1502.02429.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1502/1502.02429.pdf</a>;<br>
>>>> <<a href="http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1506/1506.06774.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1506/1506.06774.pdf</a>><br>
>>>> <a href="http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1506/1506.06774.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1506/1506.06774.pdf</a>;<br>
>>>> <<a href="http://arxiv.org/pdf/1108.4860.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://arxiv.org/pdf/1108.4860.pdf</a>><a href="http://arxiv.org/pdf/1108.4860.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://arxiv.org/pdf/1108.4860.pdf</a>)<br>
>>>> searching for the theories underpinning the foundations of the physical<br>
>>>> laws (and following Wheeler?s definition for a ?Law without Law?.<br>
>>>><br>
>>>> Some of you may say that QT and Gravitation Theory are responsible for<br>
>>>> such kind of strange effects, but I would rather leave the brackets open,<br>
>>>> because the recent discussion about potentialities and actualities in QM<br>
>>>> brings up the idea that there are still different ways of looking at those<br>
>>>> concepts (although they are strictly defined in their core domains). This<br>
>>>> was actually also the lesson from the last special issue on integral<br>
>>>> biomathics (2015) dedicated to phenomenology, with the different opinions<br>
>>>> of scientists and philosophers on obviously clear matters in their domains.<br>
>>>> This is why also the question of what we define as science needs to be<br>
>>>> probably revised in future to include also such issues that are ?felt?<br>
>>>> rather than ?reasoned?, even if we do not have the ?proofs? yet, because<br>
>>>> the proofs also emerge as subjective (or perhaps ?suggested?! ? ask the<br>
>>>> psychologists for that aspect) thoughts in the minds of the mathematicians.<br>
>>>> I am really glad that we began such a phenomenological discussion on this<br>
>>>> aspect such as Hipolito?s paper (<br>
>>>> <<a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0079610715000899" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0079610715000899</a>><br>
>>>> <a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0079610715000899" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0079610715000899</a>)<br>
>>>> that was widely commented in the reviewer?s circle. In many cases when we<br>
>>>> have a ?fuzzy? intuition about a certain relationship or analogy we miss<br>
>>>> the correct definitions and concepts, and so in a creative act to hold down<br>
>>>> the flying thought we move to using examples, metaphors, pictures. Pedro<br>
>>>> correctly addressed the explanatory problem of science which presupposes a<br>
>>>> certain causative and predicative ?workflow? to derive a conclusion from<br>
>>>> the facts, and this is the way in which also proofs are (selectively) made.<br>
>>>> As a young scholar I often wondered how artificially people like Gauss,<br>
>>>> Cauchy and Weierstrass  design their proofs, but then I got used to<br>
>>>> that style. I am thankful to Lou for his response on my question about<br>
>>>> using adequate ?resonant? methods to model developmental biology, because<br>
>>>> this is also an important aspect of the biology (and physics as well)<br>
>>>> including the phenomenological/first-person view of an<br>
>>>> ?observer-participant? (to use Vrobel?s term) which is crucial for<br>
>>>> understanding the process of self-reflection/recursion/cycle in science,<br>
>>>> which is usually led by what?: the intuition, also well recognized by such<br>
>>>> giants like Poincare and Einstein. Isn?t not ?resonance? in the core of<br>
>>>> detecting such vibration between the observer and the observed? Because<br>
>>>> logic, back trace, prove come later.<br>
>>>><br>
>>>> And finally, when looking at the clear simple mathematical abstractions<br>
>>>> of numbers, vectors, directions, sets, algebras, geometries, etc. used by<br>
>>>> many without scrutinizing when developing system (biological) models of yet<br>
>>>> another kind of mechanics/automation/machinery of the physical reality, I<br>
>>>> am asking myself which are the premises for using such tools to describe a<br>
>>>> model: the parameters, or the idea behind? It is probably not a commonly<br>
>>>> known fact (even for those who are engaged with such exciting disciplines<br>
>>>> as algebraic geometry and geometrical algebra, now considered to be very<br>
>>>> close to what we wish to express in biology) that William Hamilton, the<br>
>>>> inventor of the quaternions did not simply use the already known concept of<br>
>>>> ?vector? in his method. Instead he used ?step? with ?direction? to express<br>
>>>> a duration of time (or ?duree? as Husserl called it from the other side of<br>
>>>> the phenomenological divide) and action (to move from A to B): two very<br>
>>>> biology-related concepts at that time (although they may be considered as<br>
>>>> physical or computational today). He actually stated that if there is<br>
>>>> geometry as a pure science of space, then algebra must be the pure science<br>
>>>> of time [1]. What did we actually gain for biology from merging space and<br>
>>>> time in physics?<br>
>>>><br>
>>>> Reference:<br>
>>>><br>
>>>> [1] W. R. Hamilton, 1835. Theory of Conjugate Functions, or Algebraic<br>
>>>> Couples; with a Preliminary or Elementary Essay on Algebra as the Science<br>
>>>> of Pure Time. *Trans. Royal Irish Acad*., Vol. XVII, Part II. 292-422.<br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>> Best,<br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>> Plamen<br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>> I have a few provoking notes related to what was said before in this<br>
>>>> session. Coming back to Pivar?s speculative mechano-topological model of<br>
>>>> life excluding genetics I wish to turn your attention to another author<br>
>>>> with a similar idea but on a sound mathematical base, Davide Ambrosi with<br>
>>>> his resume at<br>
>>>> <a href="https://www.uni-muenster.de/imperia/md/content/cim/events/cim-mathmod-workshop-2015_abstracts.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.uni-muenster.de/imperia/md/content/cim/events/cim-mathmod-workshop-2015_abstracts.pdf</a><br>
>>>> :<br>
>>>><br>
>>>> ?Davide Ambrosi:<br>
>>>><br>
>>>> A role for mechanics in the growth, remodelling and morphogenesis of<br>
>>>> living systems  In the XX Century the interactions between mechanics<br>
>>>> in biology were much  biased by a bioengineering attitude: people were<br>
>>>> mainly interested in  evaluating the state of stress that bones and<br>
>>>> tissues undergo in order to  properly design prosthesis and devices.<br>
>>>> However in the last decades a new vision is emerging. "Mechano-biology" is<br>
>>>> changing the point of view, with respect to "Bio-mechanics", emphasizing<br>
>>>> the biological feedback. Cells, tissues and organs do not only deform when<br>
>>>> loaded: they reorganize, they duplicate, they actively produce dynamic<br>
>>>> patterns that apparently have multiple biological aims.<br>
>>>><br>
>>>> In this talk I will concentrate on two paradigmatic systems where the<br>
>>>> interplay between mechanics and biology is, in my opinion, particularly<br>
>>>> challenging: the homeostatic stress as a driver for remodeling of soft<br>
>>>> tissue and the tension as a mechanism to transmit information about the<br>
>>>> size of organs during morphogenesis. In both cases it seems that mechanics<br>
>>>> plays a role which at least accompanies and enforces the biochemical<br>
>>>> signaling.?<br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>> Some more details about this approach can be found here:<br>
>>>><br>
>>>> <a href="http://rsta.royalsocietypublishing.org/content/367/1902/3335" rel="noreferrer" target="_blank">http://rsta.royalsocietypublishing.org/content/367/1902/3335</a><br>
>>>><br>
>>>> <a href="http://biomechanics.stanford.edu/paper/MFOreport.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://biomechanics.stanford.edu/paper/MFOreport.pdf</a><br>
>>>><br>
>>>> In other words, for the core information theorists in FIS, the question<br>
>>>> is: is there really only (epi)genetic evolution communication in living<br>
>>>> organisms. Stan Salthe and Lou Kauffman already provided some answers. I<br>
>>>> begin to believe that the transition from abiotic to biotic structures,<br>
>>>> incl. Maturana-Varela.-Uribe?s autopoiesis may, really have some underlying<br>
>>>> matrix/?skeleton?/?programme? which has nothing in common with the nature<br>
>>>> of DNA, and that DNA and RNA as we know them today<br>
>>>><br>
>>>> <<a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519314006778" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519314006778</a>><br>
>>>> <a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519314006778" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519314006778</a><br>
>>>><br>
>>>> <<a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519316001260" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519316001260</a>><br>
>>>> <a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519316001260" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519316001260</a><br>
>>>><br>
>>>> <<a href="https://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150107101405.htm" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150107101405.htm</a>><br>
>>>> <a href="https://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150107101405.htm" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150107101405.htm</a><br>
>>>><br>
>>>> may have emerged as secondary or even tertiary ?memory? of something<br>
>>>> underlying deeper below the microbiological surface. It is at least worth<br>
>>>> thinking in this direction. I do not mean necessarily the role of the<br>
>>>> number concept and Platonic origin of the universe, but something probably<br>
>>>> much more ?physical? or at least staying at the edge between<br>
>>>> physical/material and immaterial such as David Deutsch?s constructor theory<br>
>>>> ( <<a href="http://constructortheory.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://constructortheory.org/</a>><a href="http://constructortheory.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://constructortheory.org/</a>) and<br>
>>>> Brian Josephson?s ?structural/circular theory? (<br>
>>>> <<a href="http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1502/1502.02429.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1502/1502.02429.pdf</a>><br>
>>>> <a href="http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1502/1502.02429.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1502/1502.02429.pdf</a>;<br>
>>>> <<a href="http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1506/1506.06774.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1506/1506.06774.pdf</a>><br>
>>>> <a href="http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1506/1506.06774.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://arxiv.org/ftp/arxiv/papers/1506/1506.06774.pdf</a>;<br>
>>>> <<a href="http://arxiv.org/pdf/1108.4860.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://arxiv.org/pdf/1108.4860.pdf</a>><a href="http://arxiv.org/pdf/1108.4860.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://arxiv.org/pdf/1108.4860.pdf</a>)<br>
>>>> searching for the theories underpinning the foundations of the physical<br>
>>>> laws (and following Wheeler?s definition for a ?Law without Law?.<br>
>>>><br>
>>>> Some of you may say that QT and Gravitation Theory are responsible for<br>
>>>> such kind of strange effects, but I would rather leave the brackets open,<br>
>>>> because the recent discussion about potentialities and actualities in QM<br>
>>>> brings up the idea that there are still different ways of looking at those<br>
>>>> concepts (although they are strictly defined in their core domains). This<br>
>>>> was actually also the lesson from the last special issue on integral<br>
>>>> biomathics (2015) dedicated to phenomenology,<br>
>>>><br>
>>> ...<br>
><br>
> [Message clipped]<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://listas.unizar.es/pipermail/fis/attachments/20160331/cf3d6554/attachment.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://listas.unizar.es/pipermail/fis/attachments/20160331/cf3d6554/attachment.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Subject: Digest Footer<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Fis mailing list<br>
<a href="mailto:Fis@listas.unizar.es">Fis@listas.unizar.es</a><br>
<a href="http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis" rel="noreferrer" target="_blank">http://listas.unizar.es/cgi-bin/mailman/listinfo/fis</a><br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
End of Fis Digest, Vol 24, Issue 45<br>
***********************************<br>
</blockquote></div><br></div>